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万見
- PDB-2i61: Depressant anti-insect neurotoxin, LqhIT2 from Leiurus quinquestr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i61
タイトルDepressant anti-insect neurotoxin, LqhIT2 from Leiurus quinquestriatus hebraeus
要素Insect toxin 2
キーワードTOXIN / Scorpion toxin / depressant / anti-insect / sodium channel modifer
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium channel inhibitor activity / : / defense response / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Scorpion long chain toxin / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / Scorpion long chain toxin/defensin / Scorpion toxin-like domain / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / CARBON DIOXIDE / : / Beta-insect depressant toxin LqhIT2
類似検索 - 構成要素
生物種Leiurus quinquestriatus hebraeus (サソリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Frolow, F. / Gurevitz, M. / Karbat, I. / Turkov, M. / Gordon, D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: X-ray Structure and Mutagenesis of the Scorpion Depressant Toxin LqhIT2 Reveals Key Determinants Crucial for Activity and Anti-Insect Selectivity.
著者: Karbat, I. / Turkov, M. / Cohen, L. / Kahn, R. / Gordon, D. / Gurevitz, M. / Frolow, F.
履歴
登録2006年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insect toxin 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,31310
ポリマ－6,9061
非ポリマー4079
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)19.660, 51.423, 28.917
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Insect toxin 2 / Lqh IT2 / LqhIT2 / LqhIT2-44 / anti-insect depressant neurotoxin


分子量: 6905.811 Da / 分子数: 1 / 断片: Peptide modifier of voltage-gated sodium channels / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leiurus quinquestriatus hebraeus (サソリ)
生物種: Leiurus quinquestriatus / 株: hebraeus / プラスミド: pET11c / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q26292

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非ポリマー , 6種, 95分子

#2: 化合物 ChemComp-LI / LITHIUM ION / リチウムカチオン


分子量: 6.941 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE / 二酸化炭素


分子量: 44.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO2
#6: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.98 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: protein concentration 8mg/ml, precepitant 1.5 M LiSO4, buffer 0.1 M NA, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.0052 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月16日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0052 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→50 Å / Num. all: 16312 / Num. obs: 16312 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 6.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rsym value: 0.038 / Χ2: 2.619 / Net I/σ(I): 43.63
反射 シェル解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Mean I/σ(I) obs: 22.77 / Num. unique all: 773 / Rsym value: 0.046 / Χ2: 1.512 / % possible all: 90.5

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位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å27.54 Å
Translation4 Å27.54 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ProDCデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2SN3

2sn3


解像度: 1.2→27.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / SU B: 0.659 / SU ML: 0.014 / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.03 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.12 830 5.1 %RANDOM
Rwork0.096 ---
all0.097 16312 --
obs0.097 16246 94.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.216 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å20 Å2-0.1 Å2
2--0.56 Å20 Å2
3----0.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→27.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数501 0 27 90 618
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.021543
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02390
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6591.965728
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9273.017932
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.479567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.91124.09122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.9161590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg2.314152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.266
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02595
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02111
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2620.2110
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1940.2383
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1910.2256
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.2296
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2290.248
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0950.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2280.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2910.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2480.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.110.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3873415
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5263138
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7415497
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.6427291
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.55510227
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.61131244
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free13.164389
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.063919
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.098 60 -
Rwork0.067 1090 -
obs-1150 90.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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