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- PDB-2i60: Crystal structure of [Phe23]M47, a scorpion-toxin mimic of CD4, i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i60
タイトルCrystal structure of [Phe23]M47, a scorpion-toxin mimic of CD4, in complex with HIV-1 YU2 GP120 envelope glycoprotein and anti-HIV-1 antibody 17B
要素
  • (ANTIBODY 17B ...) x 2
  • EXTERIOR MEMBRANE GLYCOPROTEIN(GP120)
  • [PHE23]M47, SCORPION-TOXIN MIMIC OF CD4
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HIV-1 / GP120 / YU2 / scorpion toxin / CD4 mimic / [Phe23]M47 / antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell ...Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulins ...HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Huang, C.-C. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Combinatorial optimization of a CD4-mimetic miniprotein and cocrystal structures with HIV-1 gp120 envelope glycoprotein.
著者: Stricher, F. / Huang, C.C. / Descours, A. / Duquesnoy, S. / Combes, O. / Decker, J.M. / Kwon, Y.D. / Lusso, P. / Shaw, G.M. / Vita, C. / Kwong, P.D. / Martin, L.
履歴
登録2006年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32012年6月6日Group: Structure summary
改定 1.42017年8月16日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR ENTITIES 2, 3 AND 4 DOES NOT CURRENTLY EXIST

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: EXTERIOR MEMBRANE GLYCOPROTEIN(GP120)
L: ANTIBODY 17B LIGHT CHAIN
H: ANTIBODY 17B HEAVY CHAIN
M: [PHE23]M47, SCORPION-TOXIN MIMIC OF CD4
P: EXTERIOR MEMBRANE GLYCOPROTEIN(GP120)
Q: ANTIBODY 17B LIGHT CHAIN
R: ANTIBODY 17B HEAVY CHAIN
S: [PHE23]M47, SCORPION-TOXIN MIMIC OF CD4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,94326
ポリマ－171,2838
非ポリマー3,66018
水8,737485
1
G: EXTERIOR MEMBRANE GLYCOPROTEIN(GP120)
L: ANTIBODY 17B LIGHT CHAIN
H: ANTIBODY 17B HEAVY CHAIN
M: [PHE23]M47, SCORPION-TOXIN MIMIC OF CD4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,47113
ポリマ－85,6424
非ポリマー1,8309
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
P: EXTERIOR MEMBRANE GLYCOPROTEIN(GP120)
Q: ANTIBODY 17B LIGHT CHAIN
R: ANTIBODY 17B HEAVY CHAIN
S: [PHE23]M47, SCORPION-TOXIN MIMIC OF CD4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,47113
ポリマ－85,6424
非ポリマー1,8309
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.439, 157.765, 109.846
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.74, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 LQHR

#2: 抗体 ANTIBODY 17B LIGHT CHAIN


分子量: 23399.898 Da / 分子数: 2 / 断片: ANTIGEN-BINDING FRAGMENT, FAB / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 属 (発現宿主): Lymphocryptovirus
発現宿主: Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
#3: 抗体 ANTIBODY 17B HEAVY CHAIN


分子量: 24457.387 Da / 分子数: 2 / 断片: ANTIGEN-BINDING FRAGMENT, FAB / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 属 (発現宿主): Lymphocryptovirus
発現宿主: Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 20分子 GPMS

#1: タンパク質 EXTERIOR MEMBRANE GLYCOPROTEIN(GP120) / HIV-1 YU2 GP120


分子量: 34838.691 Da / 分子数: 2 / 断片: CORE / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 株: YU2 / 遺伝子: Env
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P35961
#4: タンパク質・ペプチド [PHE23]M47, SCORPION-TOXIN MIMIC OF CD4


分子量: 2945.642 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: This protein is a mimic of the protein that occurs naturally in Leiurus quinquestriatus hebraeus (Israeli scorpion)
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 487分子

#6: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 485 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG 4000, ISOPROPANOL, SODIUM citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月20日 / 詳細: Si (220)
放射モノクロメーター: Si (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 67879 / % possible obs: 71.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 1.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.288 / % possible all: 19.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1YYM

1yym


解像度: 2.4→19.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 363147.68 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 5788 10.2 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.215 56951 83.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.4433 Å2 / ksol: 0.322487 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.42 Å20 Å2-2.62 Å2
2--0.64 Å20 Å2
3---12.78 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11717 0 232 485 12434
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 300 10.1 %
Rwork0.297 2685 -
obs--43.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION3iso.pariso.top
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.paramwater_rep.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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