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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2i5e | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a Protein of Unknown Function MM2497 from Methanosarcina mazei Go1, Probable Nucleotidyltransferase | ||||||
![]() | Hypothetical protein MM_2497 | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / APC86122 / Methanosarcina mazei Go1 / Hypothetic Protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | ![]() 2-phospho-L-lactate guanylyltransferase / phospholactate guanylyltransferase activity / F420-0 metabolic process / GTP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tan, K. / Du, J. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of a hypothetical protein MM_2497 from Methanosarcina mazei Go1 著者: Tan, K. / Du, J. / Clancy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAINS. ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAINS. THE BIOLOGICAL UNIT OF THE PROTEIN IS UNKNOWN |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 94.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 77.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 468.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 483.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23585.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-TRS / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.96 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 35% PEG3350, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月3日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Si 111 Crystal / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97929 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→38.81 Å / Num. all: 25854 / Num. obs: 25854 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 35.963 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 19.72 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.383 / Mean I/σ(I) obs: 2.52 / Num. unique all: 1364 / % possible all: 77.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.427 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
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