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万見
- PDB-2i52: Crystal structure of protein PTO0218 from Picrophilus torridus, P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i52
タイトルCrystal structure of protein PTO0218 from Picrophilus torridus, Pfam DUF372
要素Hypothetical protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydroneopterin aldolase / dihydroneopterin aldolase activity
類似検索 - 分子機能
7,8-dihydroneopterin aldolase (MptD) / Dihydroneopterin aldolase MtpD, C-terminal domain / 7,8-dihydroneopterin aldolase, MptD / 7,8-dihydroneopterin aldolase (MptD) superfamily / Dihydroneopterin aldolase / Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dihydroneopterin aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Picrophilus torridus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Gilmore, J. / Toro, R. / Bain, K.T. / McKenzie, C. / Reyes, C. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of hypothetical protein PTO0218 from Picrophilus torridus
著者: Ramagopal, U.A. / Gilmore, J. / Toro, R. / Bain, K.T. / McKenzie, C. / Reyes, C. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2006年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.52021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 600HETEROGEN THE ASSIGNMENT OF SURFACE BOUND CA AND CL (calcium and chlorine ions) IS PURELY BASED ON ...HETEROGEN THE ASSIGNMENT OF SURFACE BOUND CA AND CL (calcium and chlorine ions) IS PURELY BASED ON THE OBSERVED ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIER AND ENVIRONEMENT OF THESE IONS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein
B: Hypothetical protein
C: Hypothetical protein
D: Hypothetical protein
E: Hypothetical protein
F: Hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,52623
ポリマ－82,6416
非ポリマー88517
水10,755597
1
A: Hypothetical protein
B: Hypothetical protein
C: Hypothetical protein
D: Hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,68615
ポリマ－55,0944
非ポリマー59211
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13030 Å2
ΔGint-152 kcal/mol
Surface area17960 Å2
手法PISA
2
E: Hypothetical protein
F: Hypothetical protein
ヘテロ分子

E: Hypothetical protein
F: Hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,67916
ポリマ－55,0944
非ポリマー58512
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
3
A: Hypothetical protein
B: Hypothetical protein
C: Hypothetical protein
D: Hypothetical protein
E: Hypothetical protein
F: Hypothetical protein
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein
B: Hypothetical protein
C: Hypothetical protein
D: Hypothetical protein
E: Hypothetical protein
F: Hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,05246
ポリマ－165,28312
非ポリマー1,77034
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area41680 Å2
ΔGint-482 kcal/mol
Surface area51420 Å2
手法PISA
4
A: Hypothetical protein
C: Hypothetical protein
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein
C: Hypothetical protein
ヘテロ分子

B: Hypothetical protein
D: Hypothetical protein
E: Hypothetical protein
F: Hypothetical protein
ヘテロ分子

B: Hypothetical protein
D: Hypothetical protein
E: Hypothetical protein
F: Hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,05246
ポリマ－165,28312
非ポリマー1,77034
水21612
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation6_554-x+1/2,-y+1/2,z-1/21
crystal symmetry operation8_555x+1/2,-y+1/2,-z1
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-1/21
Buried area24200 Å2
ΔGint-285 kcal/mol
Surface area68220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.764, 143.485, 129.799
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-812-

HOH

21E-813-

HOH

31F-905-

HOH

詳細The molecules A, B, C and D together appears to form a Biological assembly.

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要素

#1: タンパク質
Hypothetical protein


分子量: 13773.552 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Picrophilus torridus (古細菌) / 株: DSM 9790 / プラスミド: BS-pSGX4(BS) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-codon+RIL / 参照: UniProt: Q6L2J9
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 597 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Calcium Chloride dihydrate, 0.1 M HEPES - Na pH 7.5, 28% v/v Polyethylene Glycol 400, pH 6.5, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1.743 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.743 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 10.6 % / Av σ(I) over netI: 17 / 数: 1006963 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Χ2: 1.11 / D res high: 2.08 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 95431 / % possible obs: 96.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.485099.910.0390.99512.7
3.564.4810010.0391.00812.7
3.113.5610010.0471.0712.6
2.823.1110010.0621.13812.5
2.622.8210010.0811.19912.4
2.472.6210010.1041.18412.3
2.342.4710010.1391.15611.1
2.242.3499.810.1571.157.8
2.152.2492.910.1711.1715.2
2.082.1574.410.2081.0834
反射解像度: 2.08→50 Å / Num. all: 49920 / Num. obs: 49920 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 20.2 % / Biso Wilson estimate: 28.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.051 / Χ2: 1.111 / Net I/σ(I): 59.4
反射 シェル解像度: 2.08→2.15 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.223 / Mean I/σ(I) obs: 9 / Num. unique all: 3969 / Rsym value: 0.224 / Χ2: 1.083 / % possible all: 78.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
CCP4(DM)位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.08→40.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 4.094 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 2532 5.1 %RANDOM
Rwork0.176 ---
all0.179 49920 --
obs0.179 49892 97.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20 Å2
2--0.54 Å20 Å2
3----0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→40.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5608 0 37 597 6242
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0225987
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0841.9638126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6255739
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.89725.117299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.173151034
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.421522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2874
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024650
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.22723
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.24199
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2594
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1250.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1880.2124
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.140.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.1910.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7041.53767
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.15525897
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.59532574
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4414.52229
LS精密化 シェル解像度: 2.08→2.132 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 149 -
Rwork0.208 2698 -
obs-2847 76.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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