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万見
- PDB-2i48: Crystal structure of Bicarbonate Transport Protein CmpA from Syne... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i48
タイトルCrystal structure of Bicarbonate Transport Protein CmpA from Synechocystis sp. PCC 6803 in complex with carbonic acid
要素Bicarbonate transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / alpha-beta protein / C-clamp / ABC transporter / periplasmic solute-binding protein / bicarbonate-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic ion transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nitrate/bicarbonate ABC transporter substrate-binding domain / NMT1-like family / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBONATE ION / Bicarbonate-binding protein CmpA
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Koropatkin, N.M. / Smith, T.J. / Pakrasi, H.B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: The Structure of a Cyanobacterial Bicarbonate Transport Protein, CmpA.
著者: Koropatkin, N.M. / Koppenaal, D.W. / Pakrasi, H.B. / Smith, T.J.
履歴
登録2006年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bicarbonate transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1462
ポリマ－47,0861
非ポリマー601
水7,080393
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.540, 49.640, 57.780
Angle α, β, γ (deg.)87.330, 80.500, 75.310
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Bicarbonate transporter


分子量: 47085.863 Da / 分子数: 1 / 断片: solute-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: cmpA / プラスミド: pET-28rTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q55460
#2: 化合物 ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 1 / 断片: carbonic acid / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: batch/microseeding / pH: 5
詳細: Ammonium sulfate, succinate, sodium carbonate, pH 5.0, batch/microseeding, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97899, 0.97915, 0.97132
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978991
20.979151
30.971321
反射解像度: 1.6→40 Å / Num. all: 56952 / Num. obs: 56952 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 22.9
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 14.1 / Rsym value: 0.7 / % possible all: 89.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→37.02 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.191 5797 9.3 %random
Rwork0.175 ---
all0.175 56952 --
obs0.175 56952 91.4 %-
溶媒の処理Bsol: 47.536 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 13.158 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.006 Å20.955 Å22.129 Å2
2--3.541 Å2-0.645 Å2
3---0.465 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→37.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3123 0 4 393 3520
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.309
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.881.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.6342
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.2282
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.1872.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION5CO3.paramCO3.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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