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- PDB-2i45: Crystal structure of protein NMB1881 from Neisseria meningitidis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i45
タイトルCrystal structure of protein NMB1881 from Neisseria meningitidis
要素Hypothetical protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Neisseria meningitidis Cupin domain / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / Cupin_2 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Chang, C. / Hatzos, C. / Bargassa, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of protein NMB1881 from Neisseria meningitidis
著者: Chang, C. / Hatzos, C. / Bargassa, M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2006年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein
B: Hypothetical protein
C: Hypothetical protein
D: Hypothetical protein
E: Hypothetical protein
F: Hypothetical protein
G: Hypothetical protein
H: Hypothetical protein
I: Hypothetical protein
J: Hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,98110
ポリマ－121,98110
非ポリマー00
水4,378243
1
A: Hypothetical protein
B: Hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3962
ポリマ－24,3962
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2240 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area9600 Å2
手法PISA
2
C: Hypothetical protein
D: Hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3962
ポリマ－24,3962
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2230 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area9670 Å2
手法PISA
3
E: Hypothetical protein
F: Hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3962
ポリマ－24,3962
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2150 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area9750 Å2
手法PISA
4
G: Hypothetical protein
H: Hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3962
ポリマ－24,3962
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area9960 Å2
手法PISA
5
I: Hypothetical protein
J: Hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3962
ポリマ－24,3962
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area9910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.932, 94.932, 155.704
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

-
要素

#1: タンパク質
Hypothetical protein


分子量: 12198.138 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
遺伝子: NMB1881 / プラスミド: pMCSG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivative / 参照: UniProt: Q9JXU4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.22 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: K/Na Tartrate, CHES, Lithium sulfate, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月4日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 47392 / Num. obs: 46681 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.52 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.455 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 968 / % possible all: 82.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 22.402 / SU ML: 0.24 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.405 / ESU R Free: 0.29 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26793 2366 5.1 %RANDOM
Rwork0.19897 ---
all0.20245 44271 --
obs0.20245 44271 98.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.679 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.17 Å20 Å20 Å2
2---3.17 Å20 Å2
3---6.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7682 0 0 243 7925
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0217862
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.261.93210622
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3175959
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.48624.016376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.246151323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9531540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1570.21149
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025962
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2750.23677
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3330.25055
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2530.2433
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2750.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1620.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3251.54956
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.66927673
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.78233353
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9734.52949
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.568 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 169 -
Rwork0.277 2817 -
obs--85.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9699-1.1888-0.596710.6987-1.88063.21410.21980.18080.1671-0.1199-0.06481.18050.3662-0.1773-0.15490.1385-0.0248-0.0446-0.1823-0.0165-0.216716.4151.67332.677
23.59-2.7027-0.15888.2978.303812.30390.44650.44010.2340.0618-0.5279-0.1397-0.4446-0.30540.08140.1520.0729-0.0357-0.0630.0243-0.263727.132-7.91430.937
37.7519-2.919-0.29525.8070.65970.69730.18330.66720.0238-0.1799-0.1877-0.45520.16110.24320.00440.1490.01930.0253-0.02890.0544-0.258625.84215.85930.661
46.0178-1.81194.71383.3435-4.58047.2638-0.0259-0.0643-0.15620.075-0.01060.44020.27960.15070.03650.08240.05620.0232-0.0958-0.043-0.021914.77525.36733.746
54.3598-1.3602-0.47515.8627-0.93032.8882-0.07540.04890.26250.18050.04730.5511-0.3431-0.14530.02820.113-0.03550.0522-0.1494-0.01720.029717.04751.53347.035
60.8880.76941.0775.23154.06837.91070.0119-0.2030.0695-0.1153-0.00930.105-0.24050.0543-0.00270.0073-0.04360.0338-0.12480.0721-0.040123.17138.71945.981
73.8989-0.6870.96388.4325-0.23853.3887-0.13010.1402-0.24980.4798-0.24-0.7718-0.57860.22070.37010.2262-0.1431-0.068-0.21030.0614-0.106630.85360.59543.967
81.41641.27351.374910.4523-5.40166.06830.4168-0.1057-0.40560.3872-0.2346-0.08250.47950.2051-0.18220.5315-0.055-0.0961-0.1441-0.0313-0.10924.80473.73845.519
93.2381-1.7322-0.7336.4206-1.20882.23920.05640.2557-0.085-0.17920.03920.6569-0.0662-0.2721-0.09560.0203-0.0129-0.0561-0.1395-0.03630.0152-28.337-8.93832.08
100.4516-0.4807-1.15633.44874.83438.97540.0781-0.16930.180.0829-0.11-0.3292-0.7035-0.11650.0320.09680.0578-0.0637-0.11760.0257-0.1136-17.236-18.27932.557
114.2114-3.129-0.79018.03780.34362.30540.06810.1873-0.0176-0.128-0.0929-0.51060.09330.06150.02480.05770.0097-0.0096-0.1420.0277-0.1225-18.835.05629.879
127.808-3.35664.81096.4291-3.98528.22810.46550.5428-0.01080.2586-0.23480.7080.15020.2137-0.23070.04060.0331-0.0163-0.07440.0261-0.1942-29.55414.64130.295
135.5857-0.043-0.24336.6676-1.36553.17420.17730.23660.50470.0737-0.04860.58720.1909-0.108-0.12870.0561-0.0575-0.0359-0.14390.0154-0.1404-29.56941.26945.055
143.9969-0.2549-3.44516.01761.94015.3554-0.07770.1174-0.2433-0.08430.1019-0.2591-0.2403-0.0662-0.02420.1187-0.0272-0.0608-0.07280.0533-0.1954-23.63428.30243.972
153.1407-1.1349-0.03416.8446-0.22541.72340.05730.1189-0.2038-0.036-0.0471-0.30510.02360.0868-0.01020.0572-0.04390.0387-0.0898-0.0111-0.18-15.43150.57344.549
161.45690.32872.56896.4959-3.94637.7194-0.0643-0.2137-0.03060.1284-0.04460.41520.16710.15160.10880.07510.02120.0329-0.1081-0.0559-0.0583-21.56463.38746.913
177.838-2.51930.35874.3450.08122.4591-0.1450.51580.3764-0.05430.0107-0.43910.00630.25030.13430.00040.0177-0.0011-0.03460.0276-0.0879-2.68458.33817.707
185.2622-2.70815.60146.7781-3.58618.28390.19220.3268-0.2151-0.2415-0.1144-0.1690.6344-0.0394-0.07780.04320.03740.05040.0488-0.0255-0.3631-17.22260.79219.096
197.8825-1.2743-0.33113.8784-1.33472.67390.00550.6291-0.3341-0.16160.05590.21260.10370.0723-0.06140.04630.0447-0.0198-0.0493-0.084-0.1607-3.33441.33319.428
207.7302-1.1288-2.69467.66196.03998.8660.17820.9940.2153-0.429-0.2488-0.1156-0.6504-0.03610.07060.02220.0917-0.04630.04330.028-0.078411.3738.87518.849
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA4 - 374 - 37
2X-RAY DIFFRACTION1AA48 - 5648 - 56
3X-RAY DIFFRACTION1AA74 - 8274 - 82
4X-RAY DIFFRACTION1AA93 - 10193 - 101
5X-RAY DIFFRACTION2AA38 - 4538 - 45
6X-RAY DIFFRACTION2AA57 - 7357 - 73
7X-RAY DIFFRACTION2AA83 - 9283 - 92
8X-RAY DIFFRACTION3BB4 - 374 - 37
9X-RAY DIFFRACTION3BB47 - 5647 - 56
10X-RAY DIFFRACTION3BB74 - 8274 - 82
11X-RAY DIFFRACTION3BB93 - 10193 - 101
12X-RAY DIFFRACTION4BB38 - 4438 - 44
13X-RAY DIFFRACTION4BB57 - 7357 - 73
14X-RAY DIFFRACTION4BB83 - 9283 - 92
15X-RAY DIFFRACTION5CC4 - 374 - 37
16X-RAY DIFFRACTION5CC47 - 5647 - 56
17X-RAY DIFFRACTION5CC74 - 8274 - 82
18X-RAY DIFFRACTION5CC93 - 10193 - 101
19X-RAY DIFFRACTION6CC38 - 4638 - 46
20X-RAY DIFFRACTION6CC57 - 7357 - 73
21X-RAY DIFFRACTION6CC83 - 9283 - 92
22X-RAY DIFFRACTION7DD4 - 374 - 37
23X-RAY DIFFRACTION7DD47 - 5647 - 56
24X-RAY DIFFRACTION7DD74 - 8274 - 82
25X-RAY DIFFRACTION7DD93 - 10193 - 101
26X-RAY DIFFRACTION8DD38 - 4638 - 46
27X-RAY DIFFRACTION8DD57 - 7357 - 73
28X-RAY DIFFRACTION8DD83 - 9283 - 92
29X-RAY DIFFRACTION9EE4 - 374 - 37
30X-RAY DIFFRACTION9EE47 - 5647 - 56
31X-RAY DIFFRACTION9EE74 - 8274 - 82
32X-RAY DIFFRACTION9EE93 - 10193 - 101
33X-RAY DIFFRACTION10EE38 - 4538 - 45
34X-RAY DIFFRACTION10EE57 - 7357 - 73
35X-RAY DIFFRACTION10EE83 - 9283 - 92
36X-RAY DIFFRACTION11FF4 - 374 - 37
37X-RAY DIFFRACTION11FF47 - 5647 - 56
38X-RAY DIFFRACTION11FF74 - 8274 - 82
39X-RAY DIFFRACTION11FF93 - 10193 - 101
40X-RAY DIFFRACTION12FF38 - 4638 - 46
41X-RAY DIFFRACTION12FF57 - 7357 - 73
42X-RAY DIFFRACTION12FF83 - 9283 - 92
43X-RAY DIFFRACTION13GG4 - 374 - 37
44X-RAY DIFFRACTION13GG47 - 5647 - 56
45X-RAY DIFFRACTION13GG74 - 8274 - 82
46X-RAY DIFFRACTION13GG93 - 10193 - 101
47X-RAY DIFFRACTION14GG38 - 4638 - 46
48X-RAY DIFFRACTION14GG57 - 7357 - 73
49X-RAY DIFFRACTION14GG83 - 9283 - 92
50X-RAY DIFFRACTION15HH4 - 374 - 37
51X-RAY DIFFRACTION15HH47 - 5647 - 56
52X-RAY DIFFRACTION15HH74 - 8274 - 82
53X-RAY DIFFRACTION15HH93 - 10193 - 101
54X-RAY DIFFRACTION16HH38 - 4638 - 46
55X-RAY DIFFRACTION16HH57 - 7357 - 73
56X-RAY DIFFRACTION16HH83 - 9283 - 92
57X-RAY DIFFRACTION17II4 - 374 - 37
58X-RAY DIFFRACTION17II48 - 5648 - 56
59X-RAY DIFFRACTION17II74 - 8274 - 82
60X-RAY DIFFRACTION17II93 - 10193 - 101
61X-RAY DIFFRACTION18II38 - 4538 - 45
62X-RAY DIFFRACTION18II57 - 7357 - 73
63X-RAY DIFFRACTION18II83 - 9283 - 92
64X-RAY DIFFRACTION19JJ4 - 374 - 37
65X-RAY DIFFRACTION19JJ49 - 5649 - 56
66X-RAY DIFFRACTION19JJ74 - 8274 - 82
67X-RAY DIFFRACTION19JJ93 - 10193 - 101
68X-RAY DIFFRACTION20JJ38 - 4538 - 45
69X-RAY DIFFRACTION20JJ57 - 7357 - 73
70X-RAY DIFFRACTION20JJ83 - 9283 - 92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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