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- PDB-2i2s: Crystal Structure of the porcine CRW-8 rotavirus VP8* carbohydrat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i2s
タイトルCrystal Structure of the porcine CRW-8 rotavirus VP8* carbohydrate-recognising domain
要素Outer capsid protein VP4
キーワードVIRAL PROTEIN / beta-sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell rough endoplasmic reticulum / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / host cytoskeleton / viral outer capsid / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 / Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily / Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain / Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain / Outer Capsid protein VP4 (Hemagglutinin) Concanavalin-like domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 / Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily / Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain / Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain / Outer Capsid protein VP4 (Hemagglutinin) Concanavalin-like domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-O-methyl-5-N-acetyl-alpha-D-neuraminic acid / Outer capsid protein VP4 / Outer capsid protein VP4
類似検索 - 構成要素
生物種Porcine rotavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Blanchard, H.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Insight into Host Cell Carbohydrate-recognition by Human and Porcine Rotavirus from Crystal Structures of the Virion Spike Associated Carbohydrate-binding Domain (VP8*)
著者: Blanchard, H. / Yu, X. / Coulson, B.S. / von Itzstein, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of the sialic acid-binding domain (VP8*) of porcine rotavirus strain CRW-8
著者: Scott, S.A. / Holloway, G. / Coulson, B.S. / Szyczew, A.J. / Kiefel, M.J. / von Itzstein, M. / Blanchard, H.
履歴
登録2006年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer capsid protein VP4
B: Outer capsid protein VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,52713
ポリマ－36,8992
非ポリマー1,62911
水6,539363
1
A: Outer capsid protein VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3336
ポリマ－18,4491
非ポリマー8845
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Outer capsid protein VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1947
ポリマ－18,4491
非ポリマー7456
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.929, 64.663, 109.886
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological unit is a monomer of VP8* which forms part of the rotavirus spike protein (VP4). The spike protein is considered to be formed of a dimer (though some evidence suggests a trimer) of VP4. The crystallographic asymmetric unit contains two molecules of VP8*.

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 AB

#1: タンパク質 Outer capsid protein VP4 / spike protein


分子量: 18449.479 Da / 分子数: 2 / 断片: VP8* domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Porcine rotavirus (ウイルス) / 生物種: Rotavirus C / 株: strain CRW-8 / プラスミド: pGex-VP8*(64-224) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 DE3 / 参照: UniProt: P11114, UniProt: P0C6Y8*PLUS
#4: 糖 ChemComp-MNA / 2-O-methyl-5-N-acetyl-alpha-D-neuraminic acid / 2-O-METHYL-5-N-ACETYL-ALPHA-D- NEURAMINIC ACID


タイプ: D-saccharide / 分子量: 323.296 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H21NO9
識別子タイププログラム
2-O-methyl-5-N-acetyl-a-D-neuraminic acidIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 5種, 371分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.6 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 70% MPD, 0.1M HEPES pH 7.5, methyl-alpha-D-N-acetylneuraminide , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月16日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: silicon 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→55.9 Å / Num. obs: 17704

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XNEWMOデータ収集
FIPBM30Aデータ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Homology model based on the structure of Rhesus rotavirus VP8*

解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 5.307 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.32 / ESU R Free: 0.221 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21952 901 5.1 %RANDOM
Rwork0.16256 ---
all0.183 17658 --
obs0.1654 16756 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.243 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1 Å20 Å20 Å2
2--1.74 Å20 Å2
3----0.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2606 0 106 363 3075
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0222796
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.061.9743842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1085324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.63724.88125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.93415413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.175158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2447
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022098
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1870.21241
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.21926
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1230.2353
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.080.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1380.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1590.236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3061.51633
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.59322704
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.89231217
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.434.51138
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 72 -
Rwork0.178 1212 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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