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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2i24 | ||||||
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タイトル | Crystal structure analysis of the nurse shark New Antigen Receptor PBLA8 variable domain | ||||||
![]() | New Antigen Receptor PBLA8 | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / immunoglobulin fold | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stanfield, R.L. / Wilson, I.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Maturation of Shark Single-domain (IgNAR) Antibodies: Evidence for Induced-fit Binding 著者: Stanfield, R.L. / Dooley, H. / Verdino, P. / Flajnik, M.F. / Wilson, I.A. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE AT THE TIME OF PROCESSING, A UNP REFERENCE SEQUENCE WAS NOT AVAILABLE FOR THE NEW ANTIGEN ...SEQUENCE AT THE TIME OF PROCESSING, A UNP REFERENCE SEQUENCE WAS NOT AVAILABLE FOR THE NEW ANTIGEN RECEPTOR PBLA8. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 63.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13437.806 Da / 分子数: 1 / 断片: variable domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pims100 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.55 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 24% PEG 400, 0.1M Na/K phosphate, 0.15M NaCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97623 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→44.7 Å / Num. all: 26060 / Num. obs: 26060 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 16.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 1.95 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 1226 / Rsym value: 0.46 / % possible all: 95.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1SQ2, CHAIN N 解像度: 1.35→44.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 2.008 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.06 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.858 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→44.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 30.9152 Å / Origin y: 4.6679 Å / Origin z: 61.9594 Å
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