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- PDB-2i05: Escherichia Coli Replication Terminator Protein (Tus) Complexed W... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i05
タイトルEscherichia Coli Replication Terminator Protein (Tus) Complexed With TerA DNA
要素
  • 5'-D(*T*TP*AP*GP*TP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*AP*TP*AP*CP*T)-3'
  • 5'-D(*TP*AP*GP*TP*AP*TP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*AP*CP*TP*A)-3'
  • DNA replication terminus site-binding protein
キーワードREPLICATION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / REPLICATION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


replication fork arrest involved in DNA replication termination / DNA replication termination / sequence-specific DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Replication Terminator Protein; Chain A, domain 2 - #10 / Replication Terminator Protein (Tus); Chain A, domain 1 / Replication terminator Tus, domain 1 superfamily/Replication terminator Tus / DNA replication terminus site-binding protein / Replication terminator Tus, domain 1 / Replication terminator Tus superfamily / DNA replication terminus site-binding protein (Ter protein) / Replication Terminator Protein; Chain A, domain 2 / 3-Layer(bba) Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / DNA / DNA (> 10) / DNA replication terminus site-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Oakley, A.J. / Mulcair, M.D. / Schaeffer, P.M. / Dixon, N.E.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Polarity of Termination of DNA Replication in E. coli
著者: Oakley, A.J. / Mulcair, M.D. / Schaeffer, P.M. / Dixon, N.E.
#1: ジャーナル: CELL(CAMBRIDGE,MASS.) / 年: 2006
タイトル: A molecular mousetrap determines polarity of termination of DNA replication in E. coli
著者: Mulcair, M.D. / Schaeffer, P.M. / Oakley, A.J. / Cross, H.F. / Neylon, C. / Hill, T.M. / Dixon, N.E.
履歴
登録2006年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*T*TP*AP*GP*TP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*AP*TP*AP*CP*T)-3'
C: 5'-D(*TP*AP*GP*TP*AP*TP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*AP*CP*TP*A)-3'
A: DNA replication terminus site-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8805
ポリマ－45,6273
非ポリマー2542
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.373, 63.373, 252.652
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*T*TP*AP*GP*TP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*AP*TP*AP*CP*T)-3'


分子量: 4856.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*AP*GP*TP*AP*TP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*AP*CP*TP*A)-3'


分子量: 4927.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 DNA replication terminus site-binding protein / Ter-binding protein


分子量: 35843.188 Da / 分子数: 1 / Fragment: TUS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tus / プラスミド: pCM847 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AN1459 / 参照: UniProt: P16525
#4: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12.5% PEG 3350, 50mM Bis-Tris pH6.5, 200mM NaI, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 335011
2sodium iodide11
3Bis-Tris11
4water11
5PEG 335012
6sodium iodide12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月2日
詳細: Rosenbaum-Rock monochromator, high-resolution double-crystal sagittal focusing, double crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 13969 / % possible obs: 82 % / Observed criterion σ(F): -2 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 56.028 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 28.36
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.259 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 421 / Rsym value: 0.259 / % possible all: 25.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2EWJ

2ewj


解像度: 2.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 29.777 / SU ML: 0.287 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -2 / ESU R: 1.345 / ESU R Free: 0.429 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3124 690 5 %RANDOM
Rwork0.22624 ---
all0.23029 13161 --
obs0.23029 13161 82.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.288 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.46 Å20 Å20 Å2
2--2.46 Å20 Å2
3----4.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2495 608 2 10 3115
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0213233
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1452.1924513
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8165304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.3423.615130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.89415454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2591523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2505
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022261
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2630.21347
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3290.22124
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.2107
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2540.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2520.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8671.51547
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.57422490
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.97732053
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2444.52023
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 20 -
Rwork0.338 290 -
obs--25.58 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 38.127 Å / Origin y: 4.4711 Å / Origin z: 50.221 Å
111213212223313233
T-0.1585 Å20.0262 Å2-0.0298 Å2--0.0791 Å2-0.0506 Å2---0.0019 Å2
L0.9649 °20.517 °2-0.571 °2-1.014 °20.2471 °2--3.8445 °2
S-0.0017 Å °-0.0973 Å °-0.1342 Å °0.1175 Å °-0.0489 Å °-0.0853 Å °0.1604 Å °0.0873 Å °0.0506 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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