PDB-2i00: Crystal structure of acetyltransferase (GNAT family) from Enteroc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2i00

タイトル

Crystal structure of acetyltransferase (GNAT family) from Enterococcus faecalis

要素

Acetyltransferase, GNAT family

キーワード

TRANSFERASE / acetyltransferase / GNAT family / structural genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acetyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecalis (乳酸球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Zhang, R. / Zhou, M. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published / 年: 2006
タイトル: The crystal structure of the acetyltransferase (GNAT family) from Enterococcus faecalis
著者: Zhang, R. / Zhou, M. / Moy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2006年8月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年9月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2i00.cif.gz	483.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2i00.ent.gz	404.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2i00.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2i00_validation.pdf.gz	473.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2i00_full_validation.pdf.gz	524.5 KB	表示
XML形式データ	2i00_validation.xml.gz	85.6 KB	表示
CIF形式データ	2i00_validation.cif.gz	117.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/2i00 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/2i00	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1l5j-1 4eu6-d 4kz0-d 3sd5-d 1po5-2 3qar-d 3qjz-d 4my3-3 6zd1-d 4eu8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC29390

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

その他のデータベース

TargetDB: APC29390

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (9) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Acetyltransferase, GNAT family

B: Acetyltransferase, GNAT family

C: Acetyltransferase, GNAT family

D: Acetyltransferase, GNAT family

E: Acetyltransferase, GNAT family

F: Acetyltransferase, GNAT family

288 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acetyltransferase, GNAT family

B: Acetyltransferase, GNAT family

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96.2 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Acetyltransferase, GNAT family

D: Acetyltransferase, GNAT family

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96.2 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Acetyltransferase, GNAT family

F: Acetyltransferase, GNAT family

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96.2 kDa, 2 ポリマー
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4

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.410, 177.091, 104.429
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.89, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

This protein exists as dimer. Molecules A and B, molecules C and D, molecules E and F are three dimers in the asymmetric unit.

#1: タンパク質	Acetyltransferase, GNAT family 分子量: 48077.145 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 株: V583 / 遺伝子: EF_2353 / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q831Y9, amino-acid N-acetyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Acetyltransferase, GNAT family

分子量: 48077.145 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 株: V583 / 遺伝子: EF_2353 / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q831Y9, amino-acid N-acetyltransferase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.23 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2M Tri-sodium citrate dihydrate, 20% PEG3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9798 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月20日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 117708 / Num. obs: 116355 / % possible obs: 98.85 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 52 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.06
反射シェル	解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 89.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXE		モデル構築
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→41.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 18.876 / SU ML: 0.223 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.381 / ESU R Free: 0.265
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26977	6179	5 %	RANDOM
R_work	0.21301	-	-	-
all	0.21582	116355	-	-
obs	0.21582	116355	98.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.709 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.13 Å²	0 Å²	-0.76 Å²
2-	-	-0.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.042 Å	0.034 Å
Luzzati d res low	-	6 Å
Luzzati sigma a	0.5 Å	0.32 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→41.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19902	0	0	376	20278

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	20541
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	17874
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.45	1.934	27906
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.879	3	41595
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.994	5	2381
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.567	24.303	1127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.155	15	3388
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.018	15	108
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	2891
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	22927
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4493
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	4210
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.189	0.2	19061
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	9672
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.09	0.2	11939
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	653
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.06	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.191	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.226	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.264	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.962	1.5	15381
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.12	1.5	4780
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.074	2	19378
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.478	3	10417
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.195	4.5	8528
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.342	394	-
R_work	0.287	7828	-
obs	-	-	89.73 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 44.9728 Å / Origin y: 26.1278 Å / Origin z: 126.1672 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.077 Å²	0.0093 Å²	-0.0214 Å²	-	-0.0522 Å²	0.0263 Å²	-	-	-0.0485 Å²
L	0.1378 °²	-0.0267 °²	-0.0335 °²	-	0.1657 °²	0.0086 °²	-	-	0.1529 °²
S	0.0171 Å °	0.0349 Å °	-0.009 Å °	0.0215 Å °	-0.0296 Å °	-0.0135 Å °	-0.0087 Å °	-0.0197 Å °	0.0126 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	10 - 150	10 - 150
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	151 - 300	151 - 300
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	301 - 406	301 - 406
4	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	11 - 150	11 - 150
5	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	151 - 300	151 - 300
6	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	301 - 406	301 - 406
7	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	9 - 150	9 - 150
8	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	151 - 300	151 - 300
9	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	301 - 406	301 - 406
10	X-RAY DIFFRACTION	1	D	D	11 - 150	11 - 150
11	X-RAY DIFFRACTION	1	D	D	151 - 300	151 - 300
12	X-RAY DIFFRACTION	1	D	D	301 - 406	301 - 406
13	X-RAY DIFFRACTION	1	E	E	11 - 150	11 - 150
14	X-RAY DIFFRACTION	1	E	E	151 - 300	151 - 300
15	X-RAY DIFFRACTION	1	E	E	301 - 406	301 - 406
16	X-RAY DIFFRACTION	1	F	F	9 - 150	9 - 150
17	X-RAY DIFFRACTION	1	F	F	151 - 300	151 - 300
18	X-RAY DIFFRACTION	1	F	F	301 - 406	301 - 406

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