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- PDB-2hyt: CRYSTAL STRUCTURE OF A TETR-FAMILY TRANSCRIPTIONAL REGULATOR (ECA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hyt
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A TETR-FAMILY TRANSCRIPTIONAL REGULATOR (ECA1819) FROM PECTOBACTERIUM ATROSEPTICUM AT 1.64 A RESOLUTION
要素TetR-family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / TETR-FAMILY TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TetR-family transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Pectobacterium atrosepticum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of TetR-family transcriptional regulator (YP_049917.1) from Erwinia Cartovora Atroseptica SCRI1043 at 1.64 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2006年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.52023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE BIOLOGICAL UNIT IS SUPPORTED BY SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TetR-family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3356
ポリマ－22,0251
非ポリマー3105
水5,260292
1
A: TetR-family transcriptional regulator
ヘテロ分子

A: TetR-family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,67112
ポリマ－44,0502
非ポリマー62110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.858, 82.858, 56.054
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-448-

HOH

詳細ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE BIOLOGICAL UNIT IS SUPPORTED BY SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY.

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要素

#1: タンパク質 TetR-family transcriptional regulator


分子量: 22025.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pectobacterium atrosepticum (バクテリア)
遺伝子: YP_049917.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6D668
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.22 %
解説: THE STRUCTURE WAS INITIALLY SOLVED BY MAD FROM ONE CRYSTAL AND REFINEMENT WAS AGAINST DATA FROM A SECOND HIGHER RESOLUTION CRYSTAL
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 6.2
詳細: 0.2M NH4F, 20.0% PEG-3350, No Buffer pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL11-111.000001
シンクロトロンSSRL BL11-120.979197,0.918370
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月17日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0000011
20.9791971
30.918371
反射解像度: 1.6→27.126 Å / Num. obs: 27542 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.64-1.685.80.79811140019730.79899.9
1.68-1.735.80.6831.11150319890.68399.9
1.73-1.785.80.5151.51101118870.515100
1.78-1.835.80.4051.91086518620.405100
1.83-1.895.90.3422.21054918000.342100
1.89-1.965.80.2532.91026817630.253100
1.96-2.035.90.1913.9976816690.191100
2.03-2.128.40.2023.41379216330.202100
2.12-2.2111.10.17341729015540.173100
2.21-2.32110.1464.61641114980.146100
2.32-2.44110.125.71577014280.12100
2.44-2.59110.0966.91465913350.096100
2.59-2.7710.90.0857.51393312800.085100
2.77-2.9910.90.0787.61271911720.078100
2.99-3.2810.80.0659.11196011080.065100
3.28-3.6710.60.069.9105879960.06100
3.67-4.2310.10.05311.289888910.053100
4.23-5.1910.60.05411.180907610.054100
5.19-7.3310.60.05111.763215990.051100
7.33-28.048.60.04312.329573440.04397.8

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
SHELX位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT2データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.64→27.126 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 3.26 / SU ML: 0.057 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.089
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. EDO MOLECULES FROM THE CRYO SOLUTION ARE MODELED. 4. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 1386 5 %RANDOM
Rwork0.163 ---
obs0.165 27537 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.116 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.61 Å20.3 Å20 Å2
2--0.61 Å20 Å2
3----0.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→27.126 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1462 0 20 292 1774
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221577
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021088
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3551.9782145
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90732647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.0795222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.41723.64974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.73815276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.1191517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021816
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02323
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2520.2346
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2050.21174
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.2784
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.2831
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.2202
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2960.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.240.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1890.226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.39531077
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5263409
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.76251599
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6588609
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.47511531
LS精密化 シェル解像度: 1.64→1.683 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 104 -
Rwork0.216 1880 -
obs-1984 99.9 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.46 Å / Origin y: 41.354 Å / Origin z: 12.35 Å
111213212223313233
T-0.0176 Å20.0272 Å20.0011 Å2-0.004 Å20.0016 Å2--0.0344 Å2
L0.0853 °20.1253 °2-0.1518 °2-0.1992 °2-0.1739 °2--0.4291 °2
S0.0353 Å °-0.0427 Å °0.0043 Å °0.0015 Å °-0.0321 Å °0.0171 Å °-0.0022 Å °0.0392 Å °-0.0032 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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