PDB-2hyt: CRYSTAL STRUCTURE OF A TETR-FAMILY TRANSCRIPTIONAL REGULATOR (ECA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hyt

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A TETR-FAMILY TRANSCRIPTIONAL REGULATOR (ECA1819) FROM PECTOBACTERIUM ATROSEPTICUM AT 1.64 A RESOLUTION

要素

TetR-family transcriptional regulator

キーワード

TRANSCRIPTION / TETR-FAMILY TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pectobacterium atrosepticum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of TetR-family transcriptional regulator (YP_049917.1) from Erwinia Cartovora Atroseptica SCRI1043 at 1.64 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2006年8月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.5	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2024年11月20日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 300

BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hyt.cif.gz	60.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hyt.ent.gz	43.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hyt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2hyt_validation.pdf.gz	432.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2hyt_full_validation.pdf.gz	434.2 KB	表示
XML形式データ	2hyt_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	2hyt_validation.cif.gz	19 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/2hyt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/2hyt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5n7o-d 5j1r-1 6hrw-d 6ho9-1 6hrx-d 6hs1-d 4m3b-1 5ip6-1 5j3l-1 5qsv-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 367950

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TetR-family transcriptional regulator

ヘテロ分子

22.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TetR-family transcriptional regulator

ヘテロ分子

A: TetR-family transcriptional regulator

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
44.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.858, 82.858, 56.054
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-448- HOH

詳細

ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE BIOLOGICAL UNIT IS SUPPORTED BY SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY.

#1: タンパク質	TetR-family transcriptional regulator 分子量: 22025.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pectobacterium atrosepticum (バクテリア) 遺伝子: YP_049917.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6D668
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.22 % 解説: THE STRUCTURE WAS INITIALLY SOLVED BY MAD FROM ONE CRYSTAL AND REFINEMENT WAS AGAINST DATA FROM A SECOND HIGHER RESOLUTION CRYSTAL
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 6.2 詳細: 0.2M NH4F, 20.0% PEG-3350, No Buffer pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL11-1	1	1.000001
シンクロトロン	SSRL	BL11-1	2	0.979197,0.918370

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月17日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)

放射

モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.000001	1
2	0.979197	1
3	0.91837	1

反射

解像度: 1.6→27.126 Å / Num. obs: 27542 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.3 % / R_merge(I) obs: 0.083 / R_sym value: 0.083 / Net I/σ(I): 6.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.64-1.68	5.8	0.798	1	11400	1973	0.798	99.9
1.68-1.73	5.8	0.683	1.1	11503	1989	0.683	99.9
1.73-1.78	5.8	0.515	1.5	11011	1887	0.515	100
1.78-1.83	5.8	0.405	1.9	10865	1862	0.405	100
1.83-1.89	5.9	0.342	2.2	10549	1800	0.342	100
1.89-1.96	5.8	0.253	2.9	10268	1763	0.253	100
1.96-2.03	5.9	0.191	3.9	9768	1669	0.191	100
2.03-2.12	8.4	0.202	3.4	13792	1633	0.202	100
2.12-2.21	11.1	0.173	4	17290	1554	0.173	100
2.21-2.32	11	0.146	4.6	16411	1498	0.146	100
2.32-2.44	11	0.12	5.7	15770	1428	0.12	100
2.44-2.59	11	0.096	6.9	14659	1335	0.096	100
2.59-2.77	10.9	0.085	7.5	13933	1280	0.085	100
2.77-2.99	10.9	0.078	7.6	12719	1172	0.078	100
2.99-3.28	10.8	0.065	9.1	11960	1108	0.065	100
3.28-3.67	10.6	0.06	9.9	10587	996	0.06	100
3.67-4.23	10.1	0.053	11.2	8988	891	0.053	100
4.23-5.19	10.6	0.054	11.1	8090	761	0.054	100
5.19-7.33	10.6	0.051	11.7	6321	599	0.051	100
7.33-28.04	8.6	0.043	12.3	2957	344	0.043	97.8

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
SHELX		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.64→27.126 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 3.26 / SU ML: 0.057 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.089
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.201	1386	5 %	RANDOM
R_work	0.163	-	-	-
obs	0.165	27537	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.116 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.61 Å²	0.3 Å²	0 Å²
2-	-	0.61 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→27.126 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1462	0	20	292	1774

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	1577
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1088
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.355	1.978	2145
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.907	3	2647
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.079	5	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.417	23.649	74
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.738	15	276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.119	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	246
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1816
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	323
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.252	0.2	346
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.205	0.2	1174
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	784
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	831
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	202
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.296	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.24	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.189	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.395	3	1077
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.526	3	409
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.762	5	1599
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.658	8	609
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.475	11	531

LS精密化シェル

解像度: 1.64→1.683 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.273	104	-
R_work	0.216	1880	-
obs	-	1984	99.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 22.46 Å / Origin y: 41.354 Å / Origin z: 12.35 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0176 Å²	0.0272 Å²	0.0011 Å²	-	0.004 Å²	0.0016 Å²	-	-	0.0344 Å²
L	0.0853 °²	0.1253 °²	-0.1518 °²	-	0.1992 °²	-0.1739 °²	-	-	0.4291 °²
S	0.0353 Å °	-0.0427 Å °	0.0043 Å °	0.0015 Å °	-0.0321 Å °	0.0171 Å °	-0.0022 Å °	0.0392 Å °	-0.0032 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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