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- PDB-2hyb: Crystal Structure of Hexameric DsrEFH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hyb
タイトルCrystal Structure of Hexameric DsrEFH
要素
  • DsrH
  • Intracellular sulfur oxidation protein dsrF
  • Putative sulfurtransferase dsrE
キーワードTRANSFERASE / DsrE / DsrF / DsrH / Sulfur / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Berkeley Structural Genomics Center / BSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; スルフルトランスキナーゼ類 / sulfurtransferase complex / sulfur oxidation / sulfur carrier activity / tRNA wobble position uridine thiolation / sulfurtransferase activity
類似検索 - 分子機能
Sulphur relay, TusC/DsrF / Sulphur relay, TusD/DsrE / Sulphur relay, TusB/DsrH / DsrH like protein / Sulphur relay, DsrE/F-like / DsrE/DsrF-like family / DsrEFH-like / DsrEFH-like / Hypothetical Protein Ychn; Chain: A, / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative sulfurtransferase DsrE / Intracellular sulfur oxidation protein DsrF / DsrH
類似検索 - 構成要素
生物種Allochromatium vinosum (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Shin, D.H. / Connie, H. / Schulte, A. / Dahl, C. / Kim, R. / Kim, S.H. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of hexameric DsrEFH
著者: Shin, D.H. / Connie, H. / Schulte, A. / Dahl, C. / Kim, R. / Kim, S.H.
履歴
登録2006年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative sulfurtransferase dsrE
B: Intracellular sulfur oxidation protein dsrF
C: DsrH
D: Putative sulfurtransferase dsrE
E: Intracellular sulfur oxidation protein dsrF
F: DsrH
G: Putative sulfurtransferase dsrE
H: Intracellular sulfur oxidation protein dsrF
I: DsrH
J: Putative sulfurtransferase dsrE
K: Intracellular sulfur oxidation protein dsrF
L: DsrH
M: Putative sulfurtransferase dsrE
N: Intracellular sulfur oxidation protein dsrF
O: DsrH
P: Putative sulfurtransferase dsrE
Q: Intracellular sulfur oxidation protein dsrF
R: DsrH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,85018
ポリマ－247,85018
非ポリマー00
水7,530418
1
A: Putative sulfurtransferase dsrE
B: Intracellular sulfur oxidation protein dsrF
C: DsrH
D: Putative sulfurtransferase dsrE
E: Intracellular sulfur oxidation protein dsrF
F: DsrH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,6176
ポリマ－82,6176
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15810 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area23790 Å2
手法PISA
2
G: Putative sulfurtransferase dsrE
H: Intracellular sulfur oxidation protein dsrF
I: DsrH
J: Putative sulfurtransferase dsrE
K: Intracellular sulfur oxidation protein dsrF
L: DsrH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,6176
ポリマ－82,6176
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15820 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area23750 Å2
手法PISA
3
M: Putative sulfurtransferase dsrE
N: Intracellular sulfur oxidation protein dsrF
O: DsrH
P: Putative sulfurtransferase dsrE
Q: Intracellular sulfur oxidation protein dsrF
R: DsrH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,6176
ポリマ－82,6176
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15810 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area23760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.610, 183.110, 107.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Putative sulfurtransferase dsrE / Intracellular sulfur oxidation protein dsrE


分子量: 14607.287 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Allochromatium vinosum (紅色硫黄細菌)
遺伝子: dsrE / プラスミド: pET-15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O87896, 転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; スルフルトランスキナーゼ類
#2: タンパク質
Intracellular sulfur oxidation protein dsrF


分子量: 15606.442 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Allochromatium vinosum (紅色硫黄細菌)
遺伝子: dsrF / プラスミド: pET-15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O87897
#3: タンパク質
DsrH


分子量: 11094.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Allochromatium vinosum (紅色硫黄細菌)
遺伝子: dsrH / プラスミド: pET-15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O87898
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.67 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20mg/ml protein, 0.1M Bis-Tris pH5.5 0.2M Lithium Sulfate 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→99 Å / Num. all: 74225 / Num. obs: 72592 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 27.3 Å2
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / % possible all: 81.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→19.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 62422.01 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 6978 10.1 %RANDOM
Rwork0.206 ---
all0.211 72592 --
obs0.206 68871 92.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 27.7916 Å2 / ksol: 0.295294 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.33 Å20 Å21.67 Å2
2--0.71 Å20 Å2
3----3.04 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17193 0 0 418 17611
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 911 10 %
Rwork0.312 8183 -
obs--73.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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