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- PDB-2hvy: Crystal structure of an H/ACA box RNP from Pyrococcus furiosus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hvy
タイトルCrystal structure of an H/ACA box RNP from Pyrococcus furiosus
要素
  • 50S ribosomal protein L7Ae
  • H/ACA RNA
  • Probable tRNA pseudouridine synthase B
  • Ribosome biogenesis protein Nop10
  • Small nucleolar rnp similar to gar1
キーワードISOMERASE/BIOSYNTHETIC PROTEIN/RNA / H/ACA RNA / RNP / PSEUDOURIDINE synthase / Guide RNA / ISOMERASE-BIOSYNTHETIC PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA pseudouridine55 synthase / rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / pseudouridine synthesis / snRNA pseudouridine synthesis / tRNA pseudouridine synthase activity / tRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / ribonuclease P activity ...tRNA pseudouridine55 synthase / rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / pseudouridine synthesis / snRNA pseudouridine synthesis / tRNA pseudouridine synthase activity / tRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / telomerase RNA binding / snoRNA binding / rRNA processing / ribosome biogenesis / cytosolic small ribosomal subunit / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Probable tRNA pseudouridine synthase domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 / Probable tRNA pseudouridine synthase B, archaeal / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit Nop10 , archaeal-type / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 / H/ACA RNP complex subunit Gar1/Naf1, Cbf5-binding domain / Gar1/Naf1 RNA binding region / tRNA pseudouridine synthase B family / Dyskerin-like / DKCLD (NUC011) domain ...Probable tRNA pseudouridine synthase domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 / Probable tRNA pseudouridine synthase B, archaeal / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit Nop10 , archaeal-type / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 / H/ACA RNP complex subunit Gar1/Naf1, Cbf5-binding domain / Gar1/Naf1 RNA binding region / tRNA pseudouridine synthase B family / Dyskerin-like / DKCLD (NUC011) domain / DKCLD (NUC011) domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 superfamily / Nucleolar RNA-binding protein, Nop10p family / Pseudouridine synthase / tRNA pseudouridylate synthase B, C-terminal / tRNA pseudouridylate synthase B C-terminal domain / Pseudouridine synthase II, N-terminal / TruB family pseudouridylate synthase (N terminal domain) / Pseudouridine synthase / Uncharacterised domain CHP00451 / PUA domain / PUA domain / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / Putative RNA-binding Domain in PseudoUridine synthase and Archaeosine transglycosylase / PUA domain / PUA domain profile. / PUA domain superfamily / Ribosomal protein L7Ae, archaea / Ribosomal protein L30/S12 / Rubrerythrin, domain 2 / PUA-like superfamily / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Single Sheet / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / Thrombin, subunit H / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Roll / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / Probable tRNA pseudouridine synthase B / Small nucleolar rnp gar1-like protein / Large ribosomal subunit protein eL8 / Ribosome biogenesis protein Nop10
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ye, K.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of an H/ACA box ribonucleoprotein particle
著者: Li, L. / Ye, K.
履歴
登録2006年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: H/ACA RNA
A: Probable tRNA pseudouridine synthase B
B: Small nucleolar rnp similar to gar1
C: Ribosome biogenesis protein Nop10
D: 50S ribosomal protein L7Ae
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,9187
ポリマ－94,3455
非ポリマー5732
水2,126118
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.031, 90.950, 114.064
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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RNA鎖 , 1種, 1分子 E

#1: RNA鎖 H/ACA RNA


分子量: 21021.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Derived from Afu-46 RNA

-
タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#2: タンパク質 Probable tRNA pseudouridine synthase B / tRNA pseudouridine 55 synthase / Psi55 synthase / tRNA-uridine isomerase / tRNA pseudouridylate synthase


分子量: 39453.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: truB / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosseta2
参照: UniProt: Q7LWY0, 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの
#3: タンパク質 Small nucleolar rnp similar to gar1 / Gar1


分子量: 12340.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: GAR1 / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosseta2 / 参照: UniProt: Q8U029
#4: タンパク質 Ribosome biogenesis protein Nop10 / Nop10


分子量: 7214.603 Da / 分子数: 1 / Mutation: R2K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: NOP10 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosseta2 / 参照: UniProt: Q8U1R4
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L7Ae / L7ae


分子量: 14314.623 Da / 分子数: 1 / Mutation: M2A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: rpl7ae / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosseta2 / 参照: UniProt: Q8U160

-
非ポリマー , 3種, 120分子

#6: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.09 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 30% MPD, 35mM CH3COOMg, 10mM ATP, 50mM cacodylate , pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2CH3COOMg11
3ATP11
4cacodylate11
5H2O11
6MPD12
7CH3COOMg12
8ATP12
9cacodylate12
10H2O12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月5日
放射モノクロメーター: double-crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 39340 / Num. obs: 39234 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 38
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.331 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Num. unique all: 1950 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2EY4

2ey4


解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 16.054 / SU ML: 0.196 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.369 / ESU R Free: 0.26 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27807 1914 4.9 %RANDOM
Rwork0.23786 ---
all0.23984 37072 --
obs0.23984 36983 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.191 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å20 Å20 Å2
2--2.4 Å20 Å2
3----2.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4512 1235 32 118 5897
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0226019
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0452.258420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8155563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.48223.617188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.90215860
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3151532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2989
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.023993
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1550.22440
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2880.23940
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1110.2236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1340.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1340.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1931.52950
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.34124605
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.37933913
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.6414.53815
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 120 -
Rwork0.298 2680 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7651.31580.33634.25490.49725.9757-0.0430.35110.1627-0.72080.02740.0321-0.61120.07440.01560.0174-0.00250.0083-0.23950.0453-0.1293-16.5316.90624.554
21.10171.07940.88583.11522.64733.94990.0450.0341-0.0111-0.0448-0.0025-0.0317-0.04680.0772-0.0425-0.1520.00120.0237-0.22580.059-0.1433-22.284-10.80826.801
35.32011.5123.47136.63850.24558.3969-0.05410.3976-0.3463-0.01750.43590.45560.1475-0.5827-0.3818-0.1394-0.06020.00110.02680.1048-0.0894-39.097-21.753-3.893
411.9114-4.7286-3.14212.40261.964514.66030.0945-0.51660.0350.4836-0.1282-0.82760.38131.33880.03370.00720.08930.0128-0.06180.0709-0.0055-11.316-25.89826.756
53.8311-1.41771.6387.83071.37456.737-0.1637-0.31160.07341.01030.0134-0.62880.37290.22980.15030.1445-0.0672-0.0608-0.24960.119-0.0398-17.69-18.86948.647
66.0688-0.48981.0857.2712-1.38355.71590.3528-0.4769-1.0090.3542-0.0706-0.36471.08250.3774-0.28220.41930.0479-0.1987-0.14530.12880.0946-16.001-38.56850.694
710.61912.2352-5.1450.5049-0.91733.2912-0.07540.13510.4611-0.23810.01540.44210.094-0.2650.060.18470.127-0.0765-0.0736-0.07250.0928-37.14317.16335.056
8000000-0.9841-1.1426-0.3215-0.28441.53792.2616-0.48580.3318-0.55380.8903-0.2004-0.18870.75780.47061.0112-43.698-5.60333.845
94.5124-1.05980.45884.8918-2.76433.39410.14630.4216-0.3137-0.30660.41411.06790.719-0.8938-0.56040.105-0.1905-0.06520.05690.12030.1369-36.735-24.63839.843
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AB11 - 388 - 35
2X-RAY DIFFRACTION1AB253 - 337250 - 334
3X-RAY DIFFRACTION2AB39 - 25236 - 249
4X-RAY DIFFRACTION3BC1 - 748 - 81
5X-RAY DIFFRACTION4CD3 - 303 - 30
6X-RAY DIFFRACTION4CF2011
7X-RAY DIFFRACTION5CD31 - 5531 - 55
8X-RAY DIFFRACTION6DE4 - 1244 - 124
9X-RAY DIFFRACTION7EA1 - 91 - 9
10X-RAY DIFFRACTION7EA49 - 6149 - 61
11X-RAY DIFFRACTION8EA10 - 1610 - 16
12X-RAY DIFFRACTION8EA42 - 4842 - 48
13X-RAY DIFFRACTION9EA17 - 4117 - 41

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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