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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2hvy | ||||||
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Title | Crystal structure of an H/ACA box RNP from Pyrococcus furiosus | ||||||
![]() |
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![]() | ISOMERASE/BIOSYNTHETIC PROTEIN/RNA / H/ACA RNA / RNP / PSEUDOURIDINE synthase / Guide RNA / ISOMERASE-BIOSYNTHETIC PROTEIN-RNA COMPLEX | ||||||
Function / homology | ![]() tRNA pseudouridine(55) synthase activity / tRNA pseudouridine55 synthase / rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / pseudouridine synthesis / snRNA pseudouridine synthesis / tRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / ribonuclease P activity ...tRNA pseudouridine(55) synthase activity / tRNA pseudouridine55 synthase / rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / pseudouridine synthesis / snRNA pseudouridine synthesis / tRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / telomerase RNA binding / snoRNA binding / rRNA processing / ribosome biogenesis / cytosolic small ribosomal subunit / rRNA binding / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / RNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ye, K. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of an H/ACA box ribonucleoprotein particle Authors: Li, L. / Ye, K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 162.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 121.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 2ey4S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-RNA chain , 1 types, 1 molecules E
#1: RNA chain | Mass: 21021.512 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: Derived from Afu-46 RNA |
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-Protein , 4 types, 4 molecules ABCD
#2: Protein | Mass: 39453.898 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q7LWY0, Isomerases; Intramolecular transferases; Transferring other groups |
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#3: Protein | Mass: 12340.823 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#4: Protein | Mass: 7214.603 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: R2K Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#5: Protein | Mass: 14314.623 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: M2A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-Non-polymers , 3 types, 120 molecules ![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: Chemical | ChemComp-ATP / |
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#7: Chemical | ChemComp-ZN / |
#8: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.09 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 303 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 30% MPD, 35mM CH3COOMg, 10mM ATP, 50mM cacodylate , pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 5, 2006 |
Radiation | Monochromator: double-crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→20 Å / Num. all: 39340 / Num. obs: 39234 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 38 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.34 Å / Redundancy: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.331 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Num. unique all: 1950 / % possible all: 100 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2EY4 Resolution: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 16.054 / SU ML: 0.196 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.369 / ESU R Free: 0.26 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 43.191 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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