PDB-2huz: Crystal structure of GNPNAT1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2huz

タイトル

Crystal structure of GNPNAT1

要素

Glucosamine 6-phosphate N-acetyltransferase

キーワード

Structural Genomics / transferase / acetyltransferase / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

glucosamine-phosphate N-acetyltransferase / glucosamine 6-phosphate N-acetyltransferase activity / Synthesis of UDP-N-acetyl-glucosamine / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / cellular response to leukemia inhibitory factor / late endosome / endosome membrane / Golgi membrane / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.67 Å

データ登録者

Min, J. / Wu, H. / Zeng, H. / Loppnau, P. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Plotnikov, A.N. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of glucosamine-phosphate N-acetyltransferase 1
著者: Wu, H. / Min, J. / Zeng, H. / Loppnau, P. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Plotnikov, A.N.

履歴

登録	2006年7月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb2huz.ent.gz	67 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2huz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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XML形式データ	2huz_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	2huz_validation.cif.gz	20.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/2huz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/2huz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2o28
類似構造データ	1ye3-d 4h2e-d 3cxs-1 7adh-d 6mww-d 1adf-d 5vjg-d 6d6m-1 8adh-d 5nv8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Glucosamine 6-phosphate N-acetyltransferase

B: Glucosamine 6-phosphate N-acetyltransferase

41.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.668, 47.645, 84.843
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 123.52, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-203- HOH

#1: タンパク質	Glucosamine 6-phosphate N-acetyltransferase / Phosphoglucosamine transacetylase / Phosphoglucosamine acetylase 分子量: 20776.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNPNAT1, GNA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q96EK6, glucosamine-phosphate N-acetyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.65 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25% PEG4K, 0.2M NH4SO4, 0.1M Na Acetate pH4.6, 0.1M Yttrium Chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年7月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.67→70.71 Å / Num. obs: 10107 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.67→2.8 Å / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.67→70.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.879 / SU B: 35.443 / SU ML: 0.35 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.44 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29841	510	4.8 %	RANDOM
R_work	0.20011	-	-	-
obs	0.2048	10107	98.77 %	-
all	-	10107	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.419 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.51 Å²	0 Å²	1.77 Å²
2-	-	0.61 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.67→70.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2876	0	0	41	2917

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	2936
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.313	1.978	3968
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.649	5	362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.311	24.167	120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.665	15	536
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.937	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	456
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2150
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	1420
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	2053
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.29	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.3	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.436	1.5	1857
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.767	2	2954
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.956	3	1199
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.562	4.5	1014
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.67→2.742 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.381	37	-
R_work	0.309	659	-
obs	-	-	89.12 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7088	-4.4663	-9.5679	4.2363	9.0752	19.4414	-0.1086	-0.4245	0.4611	0.6037	0.5438	0.0249	-0.5488	0.2531	-0.4353	0.3251	-0.049	0.0096	0.3174	0.013	0.2782	15.3454	12.4199	28.1342
2	7.8378	6.5479	2.7063	7.6671	0.0587	6.2053	-0.2626	0.249	0.1501	-1.1897	-0.3027	0.1817	-0.2618	-0.5599	0.5654	0.1828	0.1077	-0.0699	0.2696	-0.0664	0.4211	1.9993	4.0414	16.0815
3	4.6218	-3.496	6.1829	9.7915	4.9248	21.1708	0.0209	-0.0398	0.1967	-0.0225	-0.8946	0.3668	0.1728	-1.2735	0.8736	0.0924	0.0296	0.0593	0.2796	-0.0175	0.4324	-3.6376	4.4187	25.6551
4	0.8792	2.1018	0.3269	5.0246	0.7814	0.1215	-0.2526	-1.0061	0.3101	0.3621	0.3062	0.0143	-0.2932	-0.258	-0.0536	0.3132	0.0556	0.0632	0.3831	0.0091	0.2769	12.4625	5.7884	34.4135
5	37.5036	3.9441	7.1222	42.5557	9.0325	2.9808	0.9197	-0.3322	-3.2225	0.6108	0.3166	-1.4836	0.6651	-0.1392	-1.2363	0.3143	0.1755	0.0467	0.4314	0.0237	0.3336	14.4242	-7.8747	36.5626
6	4.8338	2.0779	-7.2021	28.9451	-19.445	33.0645	-0.0421	-1.2024	0.0802	0.2411	0.2842	-2.0738	0.6894	0.3634	-0.2421	0.1762	0.0562	-0.0964	0.6086	-0.0883	0.1494	24.6987	1.8913	38.6191
7	8.0984	-0.5385	-3.4292	4.1787	0.0807	6.8258	-0.1569	-0.6257	0.3522	0.2013	0.2468	0.2031	-0.1112	0.345	-0.0899	0.3019	0.0446	-0.0106	0.2552	-0.0111	0.2324	15.473	5.0475	29.8022
8	2.2419	0.7449	0.8673	0.2475	0.2882	0.3356	-0.1819	0.3317	-0.3888	0.0165	-0.0895	-0.0096	0.0168	-0.1191	0.2714	0.3524	0.0071	0.0313	0.3223	0.0665	0.4079	20.3761	-0.415	16.7382
9	4.7267	-1.5494	-5.2118	1.5377	3.7706	9.8764	-0.0517	0.2468	0.1302	-0.4296	0.3676	0.2875	-0.2505	-0.3645	-0.3159	0.2977	0.0551	-0.0031	0.3668	0.0702	0.2525	22.1738	-1.7019	9.2074
10	8.512	3.5301	6.8085	2.5231	2.7245	5.4551	-1.5617	0.0089	-0.4743	0.5537	0.5349	-0.1252	0.994	-1.0408	1.0268	0.5488	0.1468	0.0367	0.2389	0.0386	0.2323	9.1493	-6.2898	31.6403
11	33.2987	0.736	-19.6031	0.4444	2.3384	29.4832	-0.3672	-0.1237	-0.9793	0.7406	0.265	0.2252	1.5321	-0.4861	0.1022	0.3537	-0.0062	0.105	0.1469	0.0215	0.5814	0.3046	-4.3496	28.5135
12	4.2493	0.4062	-2.3657	4.6721	1.8598	3.173	0.0659	0.0959	0.0051	-0.2966	-0.1436	0.0141	-0.2346	0.1712	0.0777	0.2703	0.0135	-0.0645	0.3447	0.038	0.2557	11.9967	-1.5649	14.6809
13	4.732	1.1508	-0.3713	2.842	-3.0616	7.1426	0.0304	-0.4023	-0.5899	-0.1573	0.0483	1.2408	0.6048	-0.4921	-0.0786	0.2465	-0.0135	0.0534	0.3664	-0.0757	0.4072	6.0321	-13.2451	17.7572
14	20.1543	-4.0401	6.0467	5.3013	-1.5022	2.9138	-0.3435	0.0399	-0.6611	-0.1015	0.0817	0.6487	0.199	-0.0382	0.2618	0.3556	-0.0434	0.0724	0.2615	-0.0281	0.1963	20.6271	-18.1567	15.2383
15	19.9954	2.8494	13.2944	13.2526	9.5539	13.4058	2.9354	-1.1238	-1.3262	4.6254	-0.3431	2.9512	1.7249	-1.4476	-2.5923	0.9502	0.0781	0.2098	0.4299	0.2952	0.4446	28.6319	-17.3449	29.8855
16	7.6759	-0.1392	-3.3758	9.9878	-8.4596	16.5132	0.1281	0.7525	0.8135	0.2037	-0.594	-1.0593	-0.7363	0.5752	0.4658	0.1707	0.0243	0.0101	0.3187	-0.0237	0.3281	42.7392	2.5927	12.8824
17	5.0901	0.0404	-2.1304	33.8781	1.0758	4.081	0.2497	-0.7255	-0.2646	0.397	-0.2957	-1.2241	0.2573	0.6168	0.046	0.1513	0.1007	-0.0355	0.403	-0.0113	0.2841	43.904	-14.5871	21.0908
18	0.9264	-1.7053	0.0312	4.2884	-1.7695	2.5519	-0.4204	0.038	-0.0731	-0.2712	0.1516	-0.8315	0.417	0.5122	0.2688	0.2462	0.1062	0.0343	0.3733	-0.0012	0.4098	48.0735	-18.3285	10.4203
19	2.1497	-1.0727	-1.1834	4.4943	-2.7194	3.4187	-0.0013	0.2332	0.1082	-0.3132	0.0933	-0.4149	-0.209	0.4609	-0.092	0.2153	-0.0204	0.0747	0.3606	-0.0747	0.2874	38.7956	-3.0125	3.126
20	2.0302	-2.4905	1.7473	7.0734	2.5181	9.727	-0.1956	0.7359	0.747	-0.8152	-0.012	0.6719	-0.7487	-0.3277	0.2076	0.3476	0.057	0.0635	0.3657	0.1784	0.2873	28.5757	2.631	0.9332
21	6.5621	-0.6152	-3.539	4.7944	-1.3279	11.6026	-0.3529	0.0325	0.7698	0.4637	0.2562	-0.2089	-0.723	-0.2312	0.0967	0.2378	0.0144	-0.0715	0.2841	-0.0154	0.3046	33.2674	2.7474	14.2881
22	2.6155	-1.8796	-1.4445	4.025	1.1078	3.2157	-0.1599	0.314	0.6165	-0.9112	0.2842	-0.6246	0.2513	0.514	-0.1242	0.3074	0.0288	0.0474	0.4135	-0.0283	0.2947	41.0783	-7.1411	4.6016
23	24.055	-0.3822	-3.6941	0.0061	0.0587	0.5673	-0.3879	-0.4149	-1.9654	0.2526	-0.0429	0.3719	-0.0103	0.9557	0.4308	0.4588	0.1712	0.066	0.4295	0.0517	0.2556	24.3121	-3.3434	27.3713
24	5.9297	-2.8602	-2.4643	10.4513	11.817	21.4409	-0.4536	-0.8018	0.122	1.0387	0.3394	0.0364	0.6521	0.3221	0.1142	0.3414	0.0912	-0.0359	0.3065	0.0621	0.271	26.1008	-7.1661	27.6361
25	6.3395	-2.4645	-9.2731	7.0868	1.9913	23.0357	0.1016	0.6126	-0.1435	-0.9389	0.2412	-0.6065	-0.1844	0.1727	-0.3428	0.3423	-0.0854	0.0479	0.3777	-0.0758	0.2378	33.8438	-12.35	4.1133
26	9.9565	-3.0559	-0.2955	6.3117	-1.5356	0.501	-0.0607	1.0087	-0.7608	-0.6909	-0.1459	0.2399	0.1979	0.068	0.2066	0.3158	0.1176	0.0065	0.3392	-0.0701	0.3903	39.5563	-17.7147	7.9949
27	2.6346	-0.8523	0.2806	3.6961	1.785	4.2118	-0.3591	-0.5392	-0.0913	0.3139	0.1667	-0.3216	0.2599	-0.0477	0.1924	0.3387	0.0631	0.0089	0.3443	0.0126	0.2617	31.1823	-12.9413	20.7389
28	1.0671	-1.1126	-3.1986	2.4282	2.5973	10.0174	0.0489	0.1756	-0.5878	0.3626	0.3103	0.0408	0.9495	0.2962	-0.3592	0.2889	-0.0063	0.0071	0.3064	-0.0623	0.3152	29.935	-22.9565	12.8387
29	12.4479	-4.0044	4.557	2.3174	-0.6433	2.3257	-0.3732	0.206	-0.7794	0.2597	0.2028	0.3849	0.068	-0.1233	0.1704	0.2607	0.0023	0.1069	0.3502	0.0236	0.236	17.5402	-16.7942	16.9587
30	17.8434	2.9454	24.6382	1.1569	-0.2167	61.3794	-0.5828	2.6198	-1.0379	-3.4599	1.2537	0.0546	0.1935	1.469	-0.6709	0.7627	0.0125	-0.0275	0.2881	-0.0681	0.3025	12.7168	-4.0703	3.7936

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 12	3 - 12
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	13 - 26	13 - 26
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	27 - 38	27 - 38
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	39 - 54	39 - 54
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	55 - 62	55 - 62
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	63 - 72	63 - 72
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	73 - 100	73 - 100
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	101 - 108	101 - 108
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	109 - 119	109 - 119
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	120 - 127	120 - 127
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	128 - 136	128 - 136
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	137 - 157	137 - 157
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	158 - 171	158 - 171
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	172 - 180	172 - 180
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	A	181 - 184	181 - 184
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	B	3 - 12	3 - 12
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	B	13 - 24	13 - 24
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	B	25 - 38	25 - 38
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	B	39 - 59	39 - 59
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	B	60 - 72	60 - 72
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	B	73 - 88	73 - 88
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	B	89 - 104	89 - 104
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	B	105 - 110	105 - 110
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	B	111 - 118	111 - 118
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	B	119 - 128	119 - 128
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	B	129 - 139	129 - 139
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	B	140 - 159	140 - 159
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	B	160 - 169	160 - 169
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	B	170 - 180	170 - 180
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	B	181 - 184	181 - 184

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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