PDB-2hup: Crystal structure of human RAB43 in complex with GDP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hup

タイトル

Crystal structure of human RAB43 in complex with GDP

要素

RAS-related protein RAB-43

キーワード

SIGNALING PROTEIN / G-PROTEIN / RAB / GDP / STRUCTURAL GENOMICS / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

retrograde transport, plasma membrane to Golgi / phagosome maturation / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / RAB geranylgeranylation / virion assembly / Golgi organization / autophagosome assembly / endomembrane system / phagocytic vesicle / trans-Golgi network membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Wang, J. / Shen, Y. / Tempel, W. / Landry, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human RAB43 in complex with GDP
著者: Wang, J. / Shen, Y. / Tempel, W. / Landry, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H.

履歴

登録	2006年7月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 300

BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hup.cif.gz	82.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hup.ent.gz	58 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hup.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2hup_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2hup_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	2hup_validation.xml.gz	15 KB	表示
CIF形式データ	2hup_validation.cif.gz	20.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/2hup ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/2hup	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ew1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2rap-d 6wf3-5 5yaa-4 6wfo-3 1z08-3 3reg-2 1yvd-d 2e9s-1 6wfo-2 6wf3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RAS-related protein RAB-43

B: RAS-related protein RAB-43

ヘテロ分子

45.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RAS-related protein RAB-43

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: RAS-related protein RAB-43

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.447, 66.447, 145.116
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

詳細

not known

#1: タンパク質	RAS-related protein RAB-43 / RAS-related protein RAB-41 分子量: 22376.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB43 / プラスミド: p28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE-3)-RIL / 参照: UniProt: Q86YS6
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.2 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25% PEG8000, 0.2M NaCl, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来:

回転陽極 / 波長: 1.54178 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年6月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54178 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.05→30 Å / Num. obs: 24106 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.6 % / R_merge(I) obs: 0.116 / Χ²: 1.317 / Net I/σ(I): 6.7

反射シェル

解像度 (Å)	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²
2.05-2.12	100	8.5	0.955	2335	1.274
2.12-2.21	100	9.7	0.638	2395	0.931
2.21-2.31	100	9.6	0.624	2373	1.363
2.31-2.43	100	9.8	0.414	2359	1.048
2.43-2.58	100	9.8	0.293	2382	1.044
2.58-2.78	100	9.8	0.228	2405	1.222
2.78-3.06	100	9.8	0.139	2392	1.162
3.06-3.5	100	9.8	0.089	2443	1.364
3.5-4.41	100	9.7	0.056	2444	1.556
4.41-30	99.4	9.5	0.054	2578	2.156

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2EW1

2ew1

解像度: 2.05→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.902 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / WR_factor R_free: 0.266 / WR_factor R_work: 0.213 / SU B: 5.608 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: FREE R / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. MOLPROBITY HAS ALSO BEEN USED FOR REFINEMENT.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2862	2019	8.428 %	thin shells
R_work	0.2331	-	-	-
all	0.237	-	-	-
obs	-	23955	99.688 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.248 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.984 Å²	0.492 Å²	0 Å²
2-	-	0.984 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.477 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2455	0	61	76	2592

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2554
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1665
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.41	1.973	3464
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.966	3	4049
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.13	5	314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.986	23.398	103
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.451	15	424
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.568	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	406
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2787
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	544
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	469
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.2	1686
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	1268
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	105
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.164	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.218	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.157	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.402	2	1645
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.715	2	651
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.291	3	2525
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.377	2	1103
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.087	3	939

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.05-2.103	0.383	166	0.268	1552	0.28	1728	99.421
2.103-2.16	0.284	161	0.237	1538	0.241	1699	100
2.16-2.222	0.278	173	0.224	1473	0.23	1651	99.697
2.222-2.289	0.361	169	0.247	1391	0.258	1586	98.361
2.289-2.363	0.262	103	0.222	1436	0.225	1542	99.805
2.363-2.445	0.357	32	0.223	1470	0.226	1506	99.734
2.445-2.536	0.286	133	0.207	1317	0.214	1452	99.862
2.536-2.637	0.263	131	0.224	1262	0.228	1397	99.714
2.637-2.752	0.271	120	0.227	1245	0.231	1367	99.854
2.752-2.884	0.298	134	0.239	1162	0.245	1299	99.769
2.884-3.037	0.309	164	0.223	1062	0.234	1230	99.675
3.037-3.216	0.31	72	0.226	1074	0.231	1148	99.826
3.216-3.432	0.252	72	0.219	1037	0.221	1111	99.82
3.432-3.698	0.239	60	0.194	984	0.197	1047	99.713
3.698-4.037	0.233	101	0.191	849	0.196	951	99.895
4.037-4.491	0.176	59	0.176	828	0.176	888	99.887
4.491-5.142	0.221	43	0.217	756	0.217	799	100
5.142-6.196	0.394	59	0.301	625	0.309	684	100
6.196-8.371	0.413	31	0.343	533	0.347	564	100
8.371-20	0.411	36	0.394	342	0.396	381	99.213

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