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- PDB-2ht1: The closed ring structure of the Rho transcription termination fa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ht1
タイトルThe closed ring structure of the Rho transcription termination factor in complex with nucleic acid in the motor domains
要素
  • 5'-R(*UP*C)-3'
  • 5'-R(*UP*CP*UP*CP*U)-3'
  • Transcription termination factor rho
キーワードHYDROLASE/RNA / ATPase / Translocase / HYDROLASE-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent activity, acting on RNA / helicase activity / DNA-templated transcription termination / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription termination factor Rho / Rho termination factor, N-terminal / Rho termination factor, RNA-binding domain / Transcription termination factor Rho, ATP binding domain / Rho termination factor, RNA-binding domain / Rho termination factor, N-terminal domain / Rho RNA-binding domain profile. / Rho termination factor, N-terminal domain / Rho termination factor, N-terminal domain superfamily / Cold shock domain ...Transcription termination factor Rho / Rho termination factor, N-terminal / Rho termination factor, RNA-binding domain / Transcription termination factor Rho, ATP binding domain / Rho termination factor, RNA-binding domain / Rho termination factor, N-terminal domain / Rho RNA-binding domain profile. / Rho termination factor, N-terminal domain / Rho termination factor, N-terminal domain superfamily / Cold shock domain / Cold shock protein domain / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Transcription termination factor Rho
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.51 Å
データ登録者Skordalakes, E. / Berger, J.M.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2006
タイトル: Structural Insights into RNA-Dependent Ring Closure and ATPase Activation by the Rho Termination Factor.
著者: Skordalakes, E. / Berger, J.M.
履歴
登録2006年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
J: 5'-R(*UP*C)-3'
K: 5'-R(*UP*C)-3'
M: 5'-R(*UP*CP*UP*CP*U)-3'
A: Transcription termination factor rho
B: Transcription termination factor rho
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,7987
ポリマ－99,6065
非ポリマー1922
水00
1
J: 5'-R(*UP*C)-3'
K: 5'-R(*UP*C)-3'
M: 5'-R(*UP*CP*UP*CP*U)-3'
A: Transcription termination factor rho
B: Transcription termination factor rho
ヘテロ分子

J: 5'-R(*UP*C)-3'
K: 5'-R(*UP*C)-3'
M: 5'-R(*UP*CP*UP*CP*U)-3'
A: Transcription termination factor rho
B: Transcription termination factor rho
ヘテロ分子

J: 5'-R(*UP*C)-3'
K: 5'-R(*UP*C)-3'
M: 5'-R(*UP*CP*UP*CP*U)-3'
A: Transcription termination factor rho
B: Transcription termination factor rho
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)299,39321
ポリマ－298,81715
非ポリマー5766
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
単位格子
Length a, b, c (Å)257.686, 257.686, 257.686
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number211
Space group name H-MI432

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*UP*C)-3'


分子量: 566.390 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: RNA鎖 5'-R(*UP*CP*UP*CP*U)-3'


分子量: 1483.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 Transcription termination factor rho / ATP-dependent helicase rho


分子量: 48494.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rho, nitA, psuA, rnsC, sbaA, tsu / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0AG30, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.19 %
結晶化温度: 291 K / 手法: microbatch under paraffine oil / pH: 6.5
詳細: 50 mM Na cacodylate, 10 mM MgOAc, 1.8 M LiSO4, 2% benzamidine, 10 mM spermine-HCl, pH 6.5, Microbatch under paraffine oil, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Na cacodylate11
2MgOAc11
3LiSO411
4benzamidine11
5spermine-HCl11
6HOH11
7Na cacodylate12
8MgOAc12
9LiSO412
10HOH12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→20 Å / Num. obs: 15818 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 3.5→3.68 Å / % possible all: 86.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PVO

1pvo


解像度: 3.51→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.882 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.829 / SU B: 88.349 / SU ML: 0.636 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.7 / ESU R: 6.352 / ESU R Free: 0.711 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3281 854 5.1 %RANDOM
Rwork0.29446 ---
all0.2857 ---
obs0.28707 15818 91.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 118.555 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.51→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5042 171 10 0 5223
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0225314
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.952.0227198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.855646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.5423.707232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.81915946
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8121548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2830
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.023909
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.22258
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.23551
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.2138
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.180.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0930.28
LS精密化 シェル解像度: 3.508→3.596 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 78 -
Rwork0.289 1030 -
obs--84.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1208-0.68040.55321.32211.07992.478-0.01130.0710.0506-0.0637-0.0118-0.0919-0.0756-0.07640.02310.0047-0.0571-0.13010.20480.1297-0.0046-87.0793-58.2794-28.1602
23.48912.3544-1.14332.5662-0.52620.43620.5318-0.4865-0.3245-0.6509-0.50720.2640.015-0.1175-0.02450.1336-0.0298-0.1041-0.0387-0.16560.0085-57.3636-87.0814-28.7144
31.9852-0.62760.71082.1125-1.27411.41210.11-0.24820.2494-0.04990.09120.1265-0.26-0.0479-0.20120.0178-0.0042-0.014-0.0306-0.0238-0.0882-68.9467-35.2005-22.5688
43.1937-0.3235-0.58812.34030.76171.95370.15040.04140.0528-0.0846-0.23080.07040.00920.14270.0803-0.1268-0.0909-0.0257-0.0865-0.0061-0.2747-48.8683-61.871-15.5945
50.453-5.668-6.242670.920778.110786.0295-1.57994.60786.42090.86975.18487.08830.59150.9651-3.60490.03730.0560.02720.03050.0243-0.0023-54.2916-81.5164-39.3781
63.2792-21.7126-5.7896170.059934.688710.7279-1.6508-5.6009-11.269-0.77255.3083-0.4851-8.8194-5.6297-3.6575-0.00220.00040.00370.00470.01480.006-78.1834-62.3065-36.3318
72.90451.0341-0.425512.2685-5.40742.38372.46290.5925-1.0149-0.7664-0.295-0.3332-2.22411.5693-2.16790.0553-0.0831-0.23670.03580.13320.108-41.3355-40.6018-9.8317
8372.6966394.8006-281.7197563.8183-531.7294586.7729-1.1173-9.86571.13223.2547-3.7313-0.6415-2.22430.81734.84860.0303-0.3161-0.04540.20580.0999-0.0197-56.6041-38.5245-11.4331
9539.729233.0591-218.6282249.6626-244.7094304.63370.12861.96545.2368-2.5508-1.2579-3.8205-0.45051.71551.1294-0.05450.01450.04510.0580.16170.1639-32.3238-58.8079-15.4784
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AD31 - 11853 - 140
2X-RAY DIFFRACTION2BE31 - 11853 - 140
3X-RAY DIFFRACTION3AD119 - 354141 - 376
4X-RAY DIFFRACTION4BE119 - 354141 - 376
5X-RAY DIFFRACTION5JA1 - 21 - 2
6X-RAY DIFFRACTION6KB1 - 21 - 2
7X-RAY DIFFRACTION7MC1 - 51 - 5
8X-RAY DIFFRACTION8AF600
9X-RAY DIFFRACTION9BG601

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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