PDB-2hsb: Crystal structure of a hepn domain containing protein (af_0298) f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hsb

タイトル

Crystal structure of a hepn domain containing protein (af_0298) from archaeoglobus fulgidus at 1.95 A resolution

要素

Hypothetical UPF0332 protein AF0298

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Duf103 family / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

HEPN domain / HEPN domain / Nucleotidyltransferases domain 2 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / UPF0332 protein AF_0298

機能・相同性情報

生物種

Archaeoglobus fulgidus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein (NP_069135.1) from Archaeoglobus Fulgidus at 1.95 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2006年7月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_special_symmetry ...database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hsb.cif.gz	38.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hsb.ent.gz	29.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hsb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2hsb_validation.pdf.gz	446.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2hsb_full_validation.pdf.gz	448 KB	表示
XML形式データ	2hsb_validation.xml.gz	7.9 KB	表示
CIF形式データ	2hsb_validation.cif.gz	10 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/2hsb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/2hsb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4zs4-2 1r0o-d 7kl4-d 2bon-1 4jsr-d 2h3h-2 4o6l-1 1h5d-d 2aot-1 6z4d-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 367071

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical UPF0332 protein AF0298

ヘテロ分子

16.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hypothetical UPF0332 protein AF0298

ヘテロ分子

A: Hypothetical UPF0332 protein AF0298

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.665, 60.665, 80.412
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-126- SO4
2	1	A-176- HOH

#1: タンパク質	Hypothetical UPF0332 protein AF0298 分子量: 14812.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: NP_069135.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O29944
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.47 %
結晶化	温度: 277 K / pH: 7 詳細: 0.05M Li2SO4, 50.0% PEG-200, 0.1M TRIS, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K, pH 7.00

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837,0.97936,0.97918

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月17日 / 詳細: FLAT COLLIMATING MIRROR, TOROID FOCUSING MIRROR

放射

モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97936	1
3	0.97918	1

反射

解像度: 1.9→29.336 Å / Num. obs: 11515 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 30.41 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 14.3

反射シェル

解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.925 / Mean I/σ(I) obs: 2 / R_sym value: 0.925 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
SHARP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.95→29.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 6.819 / SU ML: 0.094 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.135
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21	552	4.8 %	RANDOM
R_work	0.184	-	-	-
obs	0.186	11471	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.51 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.08 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→29.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1020	0	64	47	1131

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	1102
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	810
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.275	2.018	1456
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.872	3	1966
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.521	5	129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.552	23.846	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.857	15	212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.019	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	148
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1160
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	220
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	240
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.179	0.2	752
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	527
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	569
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.245	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.248	0.2	94
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.159	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.134	3	685
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.45	3	260
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.913	5	1000
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.166	8	521
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.644	11	454
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.353	39	-
R_work	0.231	778	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 39.633 Å / Origin y: 32.735 Å / Origin z: 29.261 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0942 Å²	0.0028 Å²	0.0267 Å²	-	-0.1271 Å²	-0.0123 Å²	-	-	-0.2359 Å²
L	0.1272 °²	-0.232 °²	-0.4838 °²	-	0.4426 °²	0.9055 °²	-	-	2.7724 °²
S	0.0557 Å °	-0.0296 Å °	-0.0486 Å °	-0.1992 Å °	0.023 Å °	-0.0219 Å °	-0.2199 Å °	0.0791 Å °	-0.0787 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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