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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hrw | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Phosphonopyruvate Hydrolase | ||||||
要素 | Phosphonopyruvate hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Phosphonopyruvate Hydrolase / Phosphorus-carbon bond cleavage / phosphonopyruvate / PEP Mutase/Isocitrate Lyase Superfamily | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Variovorax sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, C.C.H. / Herzberg, O. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006 タイトル: Structure and Kinetics of Phosphonopyruvate Hydrolase from Voriovorax sp. Pal2: New Insight into the Divergence of Catalysis within the PEP Mutase/Isocitrate Lyase Superfamily 著者: Chen, C.C.H. / Han, Y. / Niu, W. / Kulakova, A.N. / Howard, A. / Quinn, J.P. / Dunaway-Mariano, D. / Herzberg, O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2hrw.cif.gz | 68.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2hrw.ent.gz | 50.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2hrw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2hrw_validation.pdf.gz | 424.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2hrw_full_validation.pdf.gz | 429.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2hrw_validation.xml.gz | 14.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2hrw_validation.cif.gz | 20.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/2hrw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/2hrw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The functional tetramer is formed by the three mutually perpendicular cyrstallographic 2-fold axes in a 222 arrangement. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31215.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Variovorax sp. (バクテリア) / 株: Pal2 / 遺伝子: pphA / プラスミド: pET3c / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q84G06 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.21 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.3M xylose, 100 mM HEPES, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→32.62 Å / Num. all: 13871 / Num. obs: 13871 / % possible obs: 95 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 1.004 / Net I/σ(I): 13.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.656 / Num. unique all: 1370 / Χ2: 1.288 / % possible all: 96.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.2→32.62 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 81.158 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→32.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.26 Å /
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Xplor file |
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