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- PDB-2hqx: Crystal structure of human P100 tudor domain conserved region -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hqx
タイトルCrystal structure of human P100 tudor domain conserved region
要素P100 CO-ACTIVATOR TUDOR DOMAIN
キーワードTRANSCRIPTION / HUMAN P100 TUDOR DOMAIN / PROTEOLYTIC FRAGMENT / PSI / STRUCTURAL GENOMICS / SOUTHEAST COLLABORATORY FOR STRUCTURAL GENOMICS / Protein Structure Initiative / SECSG
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cell cycle process / miRNA catabolic process / RISC complex binding / nuclease activity / dense body / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / RISC complex / endonuclease activity, active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and producing 3'-phosphomonoesters / micrococcal nuclease / mRNA catabolic process ...regulation of cell cycle process / miRNA catabolic process / RISC complex binding / nuclease activity / dense body / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / RISC complex / endonuclease activity, active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and producing 3'-phosphomonoesters / micrococcal nuclease / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / transcription coregulator activity / osteoblast differentiation / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / melanosome / endonuclease activity / cadherin binding / RNA binding / extracellular exosome / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / RNA-induced silencing complex, nuclease component Tudor-SN / Tudor domain / Tudor domain profile. / Tudor domain / Tudor domain / SH3 type barrels. - #140 / Thermonuclease active site / Thermonuclease family signature 2. / Staphylococcal nuclease (SNase-like), OB-fold ...: / RNA-induced silencing complex, nuclease component Tudor-SN / Tudor domain / Tudor domain profile. / Tudor domain / Tudor domain / SH3 type barrels. - #140 / Thermonuclease active site / Thermonuclease family signature 2. / Staphylococcal nuclease (SNase-like), OB-fold / Staphylococcal nuclease homologue / Thermonuclease domain profile. / Staphylococcal nuclease homologues / SNase-like, OB-fold superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Staphylococcal nuclease domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / PT-SAS / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Zhao, M. / Liu, Z.J. / Xu, H. / Yang, J. / Silvennoinen, O. / Wang, B.C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human P100 Tudor Domain Conserved Region
著者: Zhao, M. / Liu, Z.J. / Xu, H. / Yang, J. / Silvennoinen, O. / Wang, B.C.
履歴
登録2006年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P100 CO-ACTIVATOR TUDOR DOMAIN
B: P100 CO-ACTIVATOR TUDOR DOMAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8832
ポリマ－55,8832
非ポリマー00
水4,288238
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.777, 37.684, 40.202
Angle α, β, γ (deg.)90.03, 105.32, 99.72
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細THE INTACT P100 PROTEIN ASSOCIATES AS A DIMER

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要素

#1: タンパク質 P100 CO-ACTIVATOR TUDOR DOMAIN / p100 co-activator / 100 kDa coactivator / EBNA2 coactivator p100


分子量: 27941.320 Da / 分子数: 2 / 断片: CONSERVED REGION / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SND1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7KZF4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: modified microbatch / pH: 7.9
詳細: 1.0 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN CONCENTRATE (11.0 MG/ML) AND RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 1.06M AMMONIUM SULFATE, 200.0 MM LITHIUM SULFATE, 0.1M TRIS PH 7.9, ...詳細: 1.0 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN CONCENTRATE (11.0 MG/ML) AND RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 1.06M AMMONIUM SULFATE, 200.0 MM LITHIUM SULFATE, 0.1M TRIS PH 7.9, MODIFIED MICROBATCH, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.979 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月25日 / 詳細: ROSENBAUM
放射モノクロメーター: SI CHANNEL 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.9791
反射解像度: 1.42→38.72 Å / Num. all: 27043 / Num. obs: 25303 / % possible obs: 82.17 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 1.42→1.46 Å / 冗長度: 1.3 % / Num. unique all: 212 / Rsym value: 0.03 / % possible all: 23.08

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SCA2STRUCTURE位相決定
精密化構造決定の手法: PT-SAS
開始モデル: PDB ENTRY 2HQE

2hqe


解像度: 1.42→38.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 1.608 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27042 1348 5.1 %RANDOM
Rwork0.22947 ---
obs0.23163 25303 82.17 %-
all-25303 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å2-0.09 Å20.02 Å2
2---0.18 Å2-0.11 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.42→38.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1378 0 0 238 1616
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221412
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.211.9431918
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7615178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.93222.58162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.10415216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.8851512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2212
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021090
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2450.2730
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.2970
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3230.2187
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2760.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1970.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.811.5922
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.34821432
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3063562
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4494.5486
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.42→1.456 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.45 25 -
Rwork0.364 528 -
obs--23.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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