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万見
- PDB-2hqq: Crystal structure of human ketohexokinase complexed to different ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hqq
タイトルCrystal structure of human ketohexokinase complexed to different sugar molecules
要素Ketohexokinase
キーワードTRANSFERASE / Fructose Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


Essential fructosuria / ketohexokinase / ketohexokinase activity / fructose binding / Fructose catabolism / regulation of glycogen metabolic process / response to sucrose / response to fructose / fructose metabolic process / response to zinc ion ...Essential fructosuria / ketohexokinase / ketohexokinase activity / fructose binding / Fructose catabolism / regulation of glycogen metabolic process / response to sucrose / response to fructose / fructose metabolic process / response to zinc ion / response to glucose / response to insulin / protein homodimerization activity / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ketohexokinase / : / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / Single Isomorphous Replacement / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Trinh, C.H. / Asipu, A. / Bonthron, D.T. / Phillips, S.E.V.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Structures of alternatively spliced isoforms of human ketohexokinase.
著者: Trinh, C.H. / Asipu, A. / Bonthron, D.T. / Phillips, S.E.
履歴
登録2006年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ketohexokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0564
ポリマ－32,7681
非ポリマー2883
水4,828268
1
A: Ketohexokinase
ヘテロ分子

A: Ketohexokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1138
ポリマ－65,5372
非ポリマー5766
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.260, 109.619, 146.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-531-

HOH

詳細The biological assembly is a dimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: 1-x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Ketohexokinase / Hepatic fructokinase


分子量: 32768.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KHK / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 (DE3) / 参照: UniProt: P50053, ketohexokinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.17 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: 0.7M ammonium sulphate, 0.5M lithium sulphate, 0.1M sodium citrate, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 optimized for 0.9795 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→87.706 Å / Num. all: 41681 / Num. obs: 41681 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 27.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 1.86→1.96 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 6030 / Rsym value: 0.325 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: Single Isomorphous Replacement
開始モデル: PDB ENTRY 1RKD

1rkd


解像度: 1.86→87.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 2.689 / SU ML: 0.082 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23384 4129 10 %RANDOM
Rwork0.20474 ---
obs0.20768 37359 99.27 %-
all-41795 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.285 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2--1.38 Å20 Å2
3----1.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→87.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2277 0 15 268 2560
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222332
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022141
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2961.9533159
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.70234963
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4345295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.59923.558104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.29415390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0671519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2356
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022614
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02482
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.3476
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2030.32154
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1880.51160
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.51394
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2120.5352
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0650.51
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1320.314
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.270.352
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.20.527
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.76421895
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2842608
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0332355
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3492994
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0263804
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.908 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 276 -
Rwork0.254 2746 -
obs--98.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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