[日本語] English
万見
- PDB-2hqk: Crystal structure of a monomeric cyan fluorescent protein derived... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hqk
タイトルCrystal structure of a monomeric cyan fluorescent protein derived from Clavularia
要素Cyan fluorescent chromoprotein
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / 11-stranded beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
類似検索 - 構成要素
生物種Clavularia sp. (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.19 Å
データ登録者Henderson, J.N. / Campbell, R.E. / Ai, H. / Remington, S.J.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2006
タイトル: Directed evolution of a monomeric, bright and photostable version of Clavularia cyan fluorescent protein: structural characterization and applications in fluorescence imaging.
著者: Ai, H.W. / Henderson, J.N. / Remington, S.J. / Campbell, R.E.
履歴
登録2006年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年2月22日Group: Other
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2
Remark 999SEQUENCE RESIDUE GLN A 66 IS MUTATED TO ALA A 66. ALA A 66, TYR A 67 AND GLY A 68 ARE MODIFIED TO ...SEQUENCE RESIDUE GLN A 66 IS MUTATED TO ALA A 66. ALA A 66, TYR A 67 AND GLY A 68 ARE MODIFIED TO MAKE CHROMOPHORE (PIA A 66).

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cyan fluorescent chromoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4736
ポリマ－25,1821
非ポリマー2915
水6,053336
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.830, 38.020, 61.119
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.81, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The asymmetric unit contains a complete biological unit

-
要素

#1: タンパク質 Cyan fluorescent chromoprotein


分子量: 25182.479 Da / 分子数: 1
変異: H42N, L44I, S62T, N63T, Q66A, L72F, A80P, D81N, R123H, F124L, D125K, M127E, L141T, K142G, E144D, P145A, I149R, V158K, I161V, S162K, S164K, Y173H, C175V, S179T, K182R, V186A, L213V, N216S, Y221N, G224D
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Clavularia sp. (無脊椎動物) / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH10B (Invitrogen) / 参照: UniProt: Q9U6Y3
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.64 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: Mixed 2 uL of protein (56 mg/mL) with 2 uL of well solution. Protein buffer: 20 mM Hepes pH 7.9, 300 mM NaCl. Well solution: 10% Ethanol, 0.1 M Sodium acetate, pH 5.1, and 65 mM Zinc Acetate, ...詳細: Mixed 2 uL of protein (56 mg/mL) with 2 uL of well solution. Protein buffer: 20 mM Hepes pH 7.9, 300 mM NaCl. Well solution: 10% Ethanol, 0.1 M Sodium acetate, pH 5.1, and 65 mM Zinc Acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月17日
放射モノクロメーター: Bent Ge(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.19→50 Å / Num. all: 65393 / Num. obs: 65393 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.19→1.22 Å / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 1ZUX

1zux


解像度: 1.19→10 Å / Num. parameters: 19389 / Num. restraintsaints: 24418 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER / 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 3257 5.3 %RANDOM
Rwork0.137 ---
all0.149 65393 --
obs0.149 61768 93.2 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 29 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2028.85
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.19→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1714 0 8 336 2058
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.033
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.09
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.091
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.028
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.048
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.098
LS精密化 シェル解像度: 1.19→1.22 Å /
反射数%反射
obs4261 97.4 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る