PDB-2hq9: Crystal structure of a fad-binding protein (mll6688) from mesorhi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hq9

タイトル

Crystal structure of a fad-binding protein (mll6688) from mesorhizobium loti at 1.95 A resolution

要素

Mll6688 protein

キーワード

FLAVOPROTEIN / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mesorhizobium loti (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein (NP_107146.1) from MESORHIZOBIUM LOTI at 1.95 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2006年7月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 999

SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hq9.cif.gz	76.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hq9.ent.gz	57 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hq9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/2hq9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/2hq9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1qci-1 1qci-2 4oko-4 4i47-d 4nnd-1 1d6a-2 2xuc-2 1qcg-1 1hno-d 5k0w-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 367212

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mll6688 protein

B: Mll6688 protein

ヘテロ分子

35.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.852, 74.895, 84.626
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Mll6688 protein 分子量: 16906.803 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mesorhizobium loti (根粒菌) / 遺伝子: NP_107146.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q988L5
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.33 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 8.5 詳細: 2.0M (NH4)2SO4, 0.1M TRIS pH 8.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.918370, 0.979197

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月2日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)

放射

モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.979197	1

反射

解像度: 1.95→29.488 Å / Num. obs: 22592 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 23.19 Å² / R_merge(I) obs: 0.093 / R_sym value: 0.093 / Net I/σ(I): 6.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.95-2	3.5	0.648	1.2	5816	1645	0.648	99.7
2-2.06	3.5	0.507	1.5	5752	1621	0.507	99.7
2.06-2.12	3.5	0.396	1.9	5582	1574	0.396	99.8
2.12-2.18	3.5	0.32	2.4	5381	1518	0.32	99.4
2.18-2.25	3.6	0.293	2.4	5195	1459	0.293	99.4
2.25-2.33	3.5	0.258	2.9	5025	1422	0.258	99.5
2.33-2.42	3.5	0.216	3.5	4923	1407	0.216	99.6
2.42-2.52	3.5	0.197	3.8	4668	1325	0.197	99.7
2.52-2.63	3.5	0.155	4.9	4448	1276	0.155	99.7
2.63-2.76	3.5	0.124	6	4240	1222	0.124	99.6
2.76-2.91	3.5	0.101	7.4	4085	1182	0.101	99.6
2.91-3.08	3.4	0.079	9	3815	1111	0.079	99.3
3.08-3.3	3.4	0.061	11.5	3604	1049	0.061	98.9
3.3-3.56	3.3	0.049	13.4	3236	975	0.049	99.2
3.56-3.9	3.3	0.043	15.1	2975	910	0.043	98.4
3.9-4.36	3.1	0.038	14.5	2460	789	0.038	94.9
4.36-5.03	3.4	0.049	11.4	2388	701	0.049	96.4
5.03-6.17	3.5	0.046	12.7	2220	641	0.046	99.5
6.17-8.72	3.4	0.043	14.7	1706	500	0.043	98.8
8.72-29.49	3	0.049	10.2	802	265	0.049	89.3

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
REFMAC	5.2.0005	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.95→29.488 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 7.387 / SU ML: 0.114 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.165
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.243	1162	5.2 %	RANDOM
R_work	0.18	-	-	-
all	0.183	-	-	-
obs	0.183	22557	98.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.524 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.67 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→29.488 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2164	0	111	178	2453

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	2369
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2089
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.645	1.993	3240
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.834	3	4831
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.843	5	277
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.224	22.353	102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.27	15	365
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.817	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	340
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2555
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	488
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.185	0.2	445
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.2	2142
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	1126
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	1391
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	135
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.233	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.178	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.162	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.018	1.5	1391
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.255	1.5	561
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.707	2	2195
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.305	3	1215
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.621	4.5	1041

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.333	107	-
R_work	0.226	1537	-
obs	-	1644	99.52 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8431	-0.6252	-1.1759	0.7562	1.2072	3.2042	-0.1255	0.048	-0.0125	0.0226	0.0615	0.0055	0.3526	0.1385	0.064	-0.0607	0.002	0.007	-0.1091	0.005	-0.0827	37.742	36.97	16.14
2	1.4917	-0.6693	-1.2244	1.3818	0.9515	3.3368	0.1161	0.1178	0.0942	-0.117	0.008	0.0629	-0.2776	-0.0878	-0.1241	-0.0979	-0.0074	-0.004	-0.1018	0.0073	-0.0916	29.278	52.837	27.627

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	0 - 148	1 - 149
2	2	B	B	1 - 147	2 - 148

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