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- PDB-2hq4: Crystal Structure of ORF 1580 a hypothetical protein from Pyrococ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hq4
タイトルCrystal Structure of ORF 1580 a hypothetical protein from Pyrococcus horikoshii
要素Hypothetical protein PH1570
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Singleton Protein / PH1580 / PSI SOUTHEAST COLLABORATORY FOR STRUCTURAL GENOMICS / SECSG / Protein Structure Initiative
機能・相同性PH1570-like fold / PH1570-like / PH1570-like domain / PH1570-like superfamily / Ph1570 protein / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / PH1570-like domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Li, Y. / Marshall, M. / Chang, J. / Zhao, M. / Zhang, M. / Xu, H. / Liu, Z.J. / Rose, J.P. / Wang, B.C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of ORF 1580 a hypothetical protein from Pyrococcus horikoshii
著者: Li, Y. / Marshall, M. / Chang, J. / Zhao, M. / Zhang, M. / Xu, H. / LIU, Z.J. / ROSE, J.P. / Wang, B.C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics
履歴
登録2006年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年9月13日Group: Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_method_to_determine_struct
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_related / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.db_name / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein PH1570
B: Hypothetical protein PH1570


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6792
ポリマ－38,6792
非ポリマー00
水3,855214
1
A: Hypothetical protein PH1570


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3391
ポリマ－19,3391
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hypothetical protein PH1570


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3391
ポリマ－19,3391
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)133.869, 46.392, 94.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 132.42, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: TRP / End label comp-ID: TRP / Refine code: 4 / Auth seq-ID: -8 - 152 / Label seq-ID: 1 - 161

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein PH1570


分子量: 19339.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O59278
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.18 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION USING 1 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN CONCENTRATE (12 mg/ml) AND RESERVOIR SOLUTION CONTAINinG 0.2M ammonium dihydrogen phosphate, 20% W/V ...詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION USING 1 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN CONCENTRATE (12 mg/ml) AND RESERVOIR SOLUTION CONTAINinG 0.2M ammonium dihydrogen phosphate, 20% W/V PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.979 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月8日 / 詳細: Rosenbaum
放射モノクロメーター: SI CHANNEL 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.9791
反射解像度: 1.99→70 Å / Num. all: 29575 / Num. obs: 28050 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.99→2.04 Å / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 0.293 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Sca2Structureモデル構築
REFMAC5.2.0019精密化
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SCA2STRUCTURE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.99→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 3.356 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23184 1491 5.1 %RANDOM
Rwork0.19456 ---
obs0.19654 28017 98.89 %-
all-28050 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3 Å20 Å2-0.44 Å2
2--0.63 Å20 Å2
3----0.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2689 0 0 214 2903
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0222756
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6991.9773700
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.5835313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.03125.108139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.74415534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.648158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2373
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022070
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2370.21206
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.21858
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2370.2182
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2580.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1660.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2791.51650
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.91922542
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.89131327
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2984.51158
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1328 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.620.5
medium thermal1.252
LS精密化 シェル解像度: 1.988→2.039 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 106 -
Rwork0.22 1825 -
obs--89.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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