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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hq4 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of ORF 1580 a hypothetical protein from Pyrococcus horikoshii | ||||||
![]() | Hypothetical protein PH1570 | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Singleton Protein / PH1580 / PSI SOUTHEAST COLLABORATORY FOR STRUCTURAL GENOMICS / SECSG / Protein Structure Initiative | ||||||
機能・相同性 | PH1570-like fold / PH1570-like / PH1570-like domain / PH1570-like superfamily / Ph1570 protein / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Ph1570 domain-containing protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, Y. / Marshall, M. / Chang, J. / Zhao, M. / Zhang, M. / Xu, H. / Liu, Z.J. / Rose, J.P. / Wang, B.C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of ORF 1580 a hypothetical protein from Pyrococcus horikoshii 著者: Li, Y. / Marshall, M. / Chang, J. / Zhao, M. / Zhang, M. / Xu, H. / LIU, Z.J. / ROSE, J.P. / Wang, B.C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 82.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 62.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 426.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 432 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: TRP / End label comp-ID: TRP / Refine code: 4 / Auth seq-ID: -8 - 152 / Label seq-ID: 1 - 161
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19339.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.18 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION USING 1 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN CONCENTRATE (12 mg/ml) AND RESERVOIR SOLUTION CONTAINinG 0.2M ammonium dihydrogen phosphate, 20% W/V ...詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION USING 1 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN CONCENTRATE (12 mg/ml) AND RESERVOIR SOLUTION CONTAINinG 0.2M ammonium dihydrogen phosphate, 20% W/V PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月8日 / 詳細: Rosenbaum | |||||||||
放射 | モノクロメーター: SI CHANNEL 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.99→70 Å / Num. all: 29575 / Num. obs: 28050 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 11.6 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.99→2.04 Å / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 0.293 / % possible all: 92.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.5 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.99→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1328 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.988→2.039 Å / Total num. of bins used: 20
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