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万見
- PDB-2hq1: Crystal Structure of ORF 1438 a putative Glucose/ribitol dehydrog... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hq1
タイトルCrystal Structure of ORF 1438 a putative Glucose/ribitol dehydrogenase from Clostridium thermocellum
要素Glucose/ribitol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Glucose/ribitol dehydrogenase / CTH-1438 / STRUCTURAL GENOMICS / SOUTHEAST COLLABORATORY FOR STRUCTURAL GENOMICS / SECSG / PSI / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / steroid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / NAD binding
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / :
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium thermocellum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / Molecular Replacemet / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG) / Li, Y. / Shaw, N. / Xu, H. / Cheng, C. / Chen, L. / Liu, Z.J. / Rose, J.P. / Wang, B.C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of ORF 1438 a putative Glucose/ ribitol dehydrogenase from Clostridium thermocellum
著者: Li, Y. / Shaw, N. / Xu, H. / Cheng, C. / Chen, L. / Liu, Z.J. / ROSE, J.P. / WANG, B.C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics
履歴
登録2006年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucose/ribitol dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1061
ポリマ－26,1061
非ポリマー00
水97354
1
A: Glucose/ribitol dehydrogenase

A: Glucose/ribitol dehydrogenase

A: Glucose/ribitol dehydrogenase

A: Glucose/ribitol dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,4254
ポリマ－104,4254
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)77.982, 99.487, 69.833
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-270-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Glucose/ribitol dehydrogenase


分子量: 26106.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア)
細胞株 (発現宿主): BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q4CFD1, UniProt: A3DDY9*PLUS, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.57 %
結晶化詳細: HANGING DROP VAPOR DIFUSION USING 1 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN SOLUTION (9 MG/ML) AND A PRECIPITANT SOLUTION CONTAINING 0.1M AMMONIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE AND 20% ...詳細: HANGING DROP VAPOR DIFUSION USING 1 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN SOLUTION (9 MG/ML) AND A PRECIPITANT SOLUTION CONTAINING 0.1M AMMONIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE AND 20% W/V PEG 3350, SETUP AT 291K.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.979 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月18日 / 詳細: Rosenbaum
放射モノクロメーター: SI CHANNEL 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.9791
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 20685 / Num. obs: 19128 / % possible obs: 92.68 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.6 % / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.23 / Num. unique all: 1282 / Rsym value: 0.352 / % possible all: 57.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4モデル構築
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: Molecular Replacemet
開始モデル: PDB entry 1EDO

1edo


解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 7.103 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24902 1045 5.2 %RANDOM
Rwork0.23235 ---
all0.23321 19128 --
obs0.23321 19128 92.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.136 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.36 Å20 Å20 Å2
2--1.9 Å20 Å2
3----0.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1548 0 0 54 1602
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221566
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0541.9622128
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9265223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.90926.73946
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.36315249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.654152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2266
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021134
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1810.2668
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2940.21104
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1040.260
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1510.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1210.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5421.51132
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.93521727
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3333499
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0354.5398
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 53 -
Rwork0.312 927 -
obs--61.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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