PDB-2hpm: Eubacterial and Eukaryotic Replicative DNA Polymerases are not Ho...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hpm

タイトル

Eubacterial and Eukaryotic Replicative DNA Polymerases are not Homologous: X-ray Structure of DNA Polymerase III

要素

DNA Polymerase III alpha subunit

キーワード

TRANSFERASE / Nucleotidyltransferase fold

機能・相同性

機能・相同性情報

3'-5' exonuclease activity / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus aquaticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 3.7 Å

データ登録者

Bailey, S. / Wing, R.A. / Steitz, T.A.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2006
タイトル: The Structure of T. aquaticus DNA Polymerase III Is Distinct from Eukaryotic Replicative DNA Polymerases.
著者: Bailey, S. / Wing, R.A. / Steitz, T.A.

履歴

登録	2006年7月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年9月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hpm.cif.gz	241.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hpm.ent.gz	190.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hpm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/2hpm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/2hpm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2hpiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2hpi-d 4xr8-d 4e7x-d 6oxl-d 5iw1-d 4a6n-d 6owo-d 5bqm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (1) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA Polymerase III alpha subunit

ヘテロ分子

138 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: DNA Polymerase III alpha subunit

ヘテロ分子

A: DNA Polymerase III alpha subunit

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
276 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	174.442, 185.724, 125.836
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	DNA Polymerase III alpha subunit 分子量: 137579.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q9XDH5, DNA-directed DNA polymerase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-3PO / TRIPHOSPHATE / 三りん酸分子量: 257.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₅O₁₀P₃

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.78 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20% PEG 550 MME 0.2M NaCl 0.1M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.7→20 Å / Num. obs: 20864 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 3.7→3.83 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 3.7→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.922 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / SU B: 103.532 / SU ML: 0.684 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.775
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.31086	1115	5.1 %	RANDOM
R_work	0.23952	-	-	-
obs	0.24303	20864	99.94 %	-
all	-	21979	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 131.235 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.94 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.7→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9127	0	19	0	9146

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	9319
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.376	1.986	12582
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.846	5	1133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.846	22.967	455
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.55	15	1647
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.647	15	98
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	1371
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	7095
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.247	0.2	4414
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.318	0.2	6093
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	339
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.261	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.163	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.58	3	5831
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.472	4	9096
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.51	6	3894
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.419	9	3486
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.7→3.794 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.357	91	-
R_work	0.309	1462	-
obs	-	-	99.74 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8524	1.1227	1.4144	7.7361	-0.3942	4.0967	-0.1475	-0.6515	0.3392	0.5916	0.1505	-0.2478	-0.2021	0.0557	-0.003	-0.489	0.1722	0.0488	-0.6314	-0.1311	-0.6491	-43.9521	16.1645	21.7345
2	5.5485	9.3081	6.9658	18.5766	16.9617	18.1445	1.1889	-0.2994	0.4162	2.2602	-0.4952	1.7857	0.8898	-3.1875	-0.6937	-0.1234	0.0684	0.0882	-0.049	0.1186	0.4186	-63.8108	-14.6698	18.8927
3	0.5596	2.371	-0.7726	10.37	-2.8154	1.7145	0.0549	-0.1251	-0.2732	0.4615	-0.0132	-0.0531	-0.2692	-0.2887	-0.0417	-0.5635	-0.0451	0.0248	-0.5237	0.0974	-0.5434	-50.5336	-21.1494	16.0299
4	10.9077	4.0488	3.5854	13.7632	0.8228	11.4659	0.1006	-0.0838	-0.1838	-0.3085	-0.2638	1.4095	0.6426	-1.933	0.1632	-0.7322	-0.3616	0.0027	-0.288	0.2591	-0.1463	-67.7423	-39.4788	19.2313
5	13.8927	3.8131	3.7563	5.5902	3.5521	7.7683	-0.2041	-0.6592	-0.6488	0.5024	0.3469	-1.3968	0.5347	0.5401	-0.1428	0.1826	0.3054	-0.3185	-0.2008	0.1207	0.2136	-22.965	-2.777	34.3474
6	6.9327	-0.1914	-2.0263	7.6761	0.2205	17.3619	0.1327	-0.1188	-0.9037	-0.2549	-0.1019	-0.4767	0.3079	0.2413	-0.0308	-0.8847	-0.2019	0.0453	-0.8079	0.0838	-0.5241	-34.3468	-40.868	18.5545
7	11.6456	-3.6607	-4.4633	7.1015	4.2842	14.6859	-0.4929	-1.9368	0.1593	1.5676	0.4664	0.1037	-0.6778	0.3283	0.0265	-0.2448	-0.2941	0.061	-0.4299	0.3325	-0.351	-47.5337	-37.0137	45.1214
8	3.3183	0.7538	-0.2768	5.4443	-1.6419	11.8818	-0.1575	0.5989	-0.1537	-0.6518	-0.0654	-0.6722	-0.291	1.2492	0.2229	-0.5775	-0.0815	0.2239	-0.2332	-0.0678	-0.2948	-16.69	-32.1615	-11.666
9	19.6615	-1.4006	-1.1363	11.4209	-0.6896	14.4312	-0.0408	-0.0695	0.8008	-0.1125	-0.1235	-0.5662	-0.7233	-0.0386	0.1643	-0.5695	-0.0517	-0.336	-0.1022	0.1184	0.0092	-1.8994	-22.9501	16.4848
10	14.8905	-6.6734	5.2202	13.2853	-4.0032	2.9065	0.1643	0.6415	0.2998	-0.0175	-0.6259	0.4703	1.2254	0.2978	0.4616	-0.2317	0.1457	-0.1789	0.3341	0.0215	0.1025	11.8059	-40.6847	23.8252

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	5 - 285	5 - 285
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	286 - 305	286 - 305
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	400 - 492	400 - 492
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	575 - 622	575 - 622
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	306 - 399	306 - 399
6	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	493 - 574	493 - 574
7	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	623 - 699	623 - 699
8	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	814 - 835	814 - 835
9	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	700 - 813	700 - 813
10	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	836 - 1013	836 - 1013
11	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	1014 - 1128	1014 - 1128
12	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	1129 - 1205	1129 - 1205

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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