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- PDB-2hpg: The crystal structure of a thermophilic TRAP periplasmic binding ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hpg
タイトルThe crystal structure of a thermophilic TRAP periplasmic binding protein
要素ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
キーワードLIGAND BINDING PROTEIN / periplasmic binding protein / thermophilic proteins / TRAP-transport
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
TRAP transporter solute receptor, DctP family / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / TRAP transporter solute receptor DctP / TRAP transporter solute receptor DctP superfamily / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Cuneo, M.J. / Hellinga, H.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structural analysis of a periplasmic binding protein in the tripartite ATP-independent transporter family reveals a tetrameric assembly that may have a role in ligand transport.
著者: Cuneo, M.J. / Changela, A. / Miklos, A.E. / Beese, L.S. / Krueger, J.K. / Hellinga, H.W.
履歴
登録2006年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
B: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
C: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
D: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,3514
ポリマ－151,3514
非ポリマー00
水9,530529
1
A: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8381
ポリマ－37,8381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8381
ポリマ－37,8381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8381
ポリマ－37,8381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8381
ポリマ－37,8381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.260, 119.260, 429.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
詳細The biological assembly is a monomer.

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要素

#1: タンパク質
ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein / TRAP-Periplasmic Binding Protein


分子量: 37837.695 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: tm0322 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Rosetta / 参照: UniProt: Q9WYF8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 529 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.72 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.1M Phosphate/Citrate pH4.2, 2.5M Ammonium Sulfate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97167, 0.97934, 0.97920
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月14日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.971671
20.979341
30.97921
反射解像度: 1.9→103.282 Å / Num. all: 142555 / Num. obs: 142555 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.9-28.40.4051.9171983204710.405100
2-2.128.90.3352.2173500194110.335100
2.12-2.279.40.2612.9172072182540.261100
2.27-2.459.80.2093.6167230170670.209100
2.45-2.6910.10.1584.7158510157680.158100
2.69-310.30.1126.5147350143540.112100
3-3.4710.20.0877.6129776127200.087100
3.47-4.2510.20.0659.8110703109020.065100
4.25-6.0110.10.05112.18706585940.051100
6.01-30.019.50.03913.94765350140.03999.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
XDSデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 3.906 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 7152 5 %RANDOM
Rwork0.213 ---
all0.215 142411 --
obs0.215 142411 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.493 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1 Å20.55 Å20 Å2
2--1.1 Å20 Å2
3----1.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10353 0 0 529 10882
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02210615
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027372
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2491.96314375
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.872318086
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.84451335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.39825.071493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.701151985
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5951545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21540
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211780
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022092
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.22276
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1830.27653
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.25128
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.25333
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.2511
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2630.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2410.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1540.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8751.58058
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.131.52614
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.017210365
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.75134895
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5614.53980
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 486 -
Rwork0.314 9847 -
obs-10333 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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