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- PDB-2hp8: SOLUTION STRUCTURE OF HUMAN P8-MTCP1, A CYSTEINE-RICH PROTEIN ENC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hp8
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF HUMAN P8-MTCP1, A CYSTEINE-RICH PROTEIN ENCODED BY THE MTCP1 ONCOGENE,REVEALS A NEW ALPHA-HELICAL ASSEMBLY MOTIF, NMR, 30 STRUCTURES
要素Cx9C motif-containing protein 4
キーワードCYSTEINE MOTIF / HU-P8 / LEUKEMIA
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial protein import / mitochondrial intermembrane space / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Mature-T-Cell Proliferation I type / Cx9C motif-containing protein 4 / CytochromE C oxidase copper chaperone / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cx9C motif-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS
データ登録者Barthe, P. / Chiche, L. / Strub, M.P. / Roumestand, C.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Solution structure of human p8MTCP1, a cysteine-rich protein encoded by the MTCP1 oncogene, reveals a new alpha-helical assembly motif.
著者: Barthe, P. / Yang, Y.S. / Chiche, L. / Hoh, F. / Strub, M.P. / Guignard, L. / Soulier, J. / Stern, M.H. / van Tilbeurgh, H. / Lhoste, J.M. / Roumestand, C.
#1: ジャーナル: Oncogene / 年: 1994
タイトル: The Mtcp-1/C6.1B Gene Encodes for a Cytoplasmic 8 Kd Protein Overexpressed in T Cell Leukemia Bearing a T(X;14) Translocation
著者: Soulier, J. / Madani, A. / Cacheux, V. / Rosenzwajg, M. / Sigaux, F. / Stern, M.H.
#2: ジャーナル: Oncogene / 年: 1993
タイトル: Mtcp-1: A Novel Gene on the Human Chromosome Xq28 Translocated to the T Cell Receptor Alpha/Delta Locus in Mature T Cell Proliferations
著者: Stern, M.H. / Soulier, J. / Rosenzwajg, M. / Nakahara, K. / Canki-Klain, N. / Aurias, A. / Sigaux, F. / Kirsch, I.R.
履歴
登録1997年8月26日処理サイト: BNL
改定 1.01998年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年8月21日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Non-polymer description / Other / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_nmr_ensemble / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_nmr_refine / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / struct / struct_conf / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_mutation / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_ensemble.conformer_selection_criteria / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.ionic_strength_units / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.label / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pH_units / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure_units / _pdbx_nmr_refine.details / _pdbx_nmr_software.authors / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.field_strength / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct.pdbx_descriptor / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 2.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cx9C motif-containing protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8891
ポリマ－8,8891
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4340 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 30structures with the least restraint violations
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 Cx9C motif-containing protein 4 / Mature T-cell proliferation 1 neighbor protein / Mature T-cell proliferation-1 type A / MTCP-1 type ...Mature T-cell proliferation 1 neighbor protein / Mature T-cell proliferation-1 type A / MTCP-1 type A / Protein p8 MTCP-1 / p8MTCP1


分子量: 8889.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: T-LYMPHOCYTE / 細胞内の位置: MITOCHONDRIA / 遺伝子: CMC4, C6.1B, MTCP1, MTCP1NB / プラスミド: PGEX2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P56277
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121COSY
131TOCSY

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試料調製

試料状態イオン強度: 10mM PO4 mM / Label: sample conditions / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

ソフトウェア名称: AMBER / 分類: 精密化
NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber4.1PEARLMAN,CASE,CALDWELL,ROSS,CHEATHAM, FERGUSON,SEIBEL,SINGH,WEINER,KOLLMAN精密化
UXNMR構造決定
Gifa構造決定
DIANAP. GUNTERT AND K. WUTHRICH構造決定
AmberPEARLMAN,CASE,CALDWELL,ROSS,CHEATHAM, FERGUSON,SEIBEL,SINGH,WEINER,KOLLMAN構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1
詳細: THE 3D STRUCTURE OF P8-MTCP1 IN SOLUTION BY NMR IS BASED ON 931 APPROXIMATE INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS AND 57 TORSION ANGLE RESTRAINTS DERIVED FROM NOE AND COUPLING CONSTANT MEASUREMENTS. ...詳細: THE 3D STRUCTURE OF P8-MTCP1 IN SOLUTION BY NMR IS BASED ON 931 APPROXIMATE INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS AND 57 TORSION ANGLE RESTRAINTS DERIVED FROM NOE AND COUPLING CONSTANT MEASUREMENTS. THE STRUCTURES ARE CALCULATED USING THE DISTANCE GEOMETRY DIANA METHOD AND REFINED USING A SIMULATED-ANNEALING PROTOCOL WITH THE PROGRAM AMBER 4.1.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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