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- PDB-2hor: Crystal structure of alliinase from garlic- apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hor
タイトルCrystal structure of alliinase from garlic- apo form
要素Alliin lyase 1
キーワードLYASE / alliinase / garlic / Allium sativum / glycosylation / plant enzyme / Pyridoxal-5'-phosphate / aminoacrylate / apo form
機能・相同性
機能・相同性情報


alliin lyase / alliin lyase activity / vacuole / amino acid metabolic process / chloride ion binding / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
EGF-like, alliinase / Alliinase, EGF-like domain / Alliinase EGF-like domain / Alliinase, C-terminal / Alliinase, N-terminal domain superfamily / Allinase / : / Laminin / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 ...EGF-like, alliinase / Alliinase, EGF-like domain / Alliinase EGF-like domain / Alliinase, C-terminal / Alliinase, N-terminal domain superfamily / Allinase / : / Laminin / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / EGF-like domain signature 1. / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Ribbon / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / NITRATE ION / Alliin lyase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Allium sativum (ニンニク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Shimon, L.J.W. / Rabinkov, A. / Wilcheck, M. / Mirelman, D. / Frolow, F.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Two Structures of Alliinase from Alliium sativum L.: Apo Form and Ternary Complex with Aminoacrylate Reaction Intermediate Covalently Bound to the PLP Cofactor.
著者: Shimon, L.J. / Rabinkov, A. / Shin, I. / Miron, T. / Mirelman, D. / Wilchek, M. / Frolow, F.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Alliin lyase (alliinase from garlic (allium sativum) crystallization and preliminary characterization
履歴
登録2006年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32014年4月16日Group: Other
改定 1.42017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE THERE IS A VARIATION IN A SEQUENCE ASSIGNEMENT IN THE LITERATURE,ONE CONTAINS AN ASP IN ...SEQUENCE THERE IS A VARIATION IN A SEQUENCE ASSIGNEMENT IN THE LITERATURE,ONE CONTAINS AN ASP IN POSITION 176 AND ONE CONTAINS ASN. THE AUTHORS HAVE BUILT AND REFINED THE STRUCTURE WITH AN ASP PRESENT IN THIS POSITION IN ACCORD WITH THE RELATED STRUCTURE 1LK9.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alliin lyase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,00712
ポリマ－49,0571
非ポリマー1,95011
水8,935496
1
A: Alliin lyase 1
ヘテロ分子

A: Alliin lyase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,01424
ポリマ－98,1132
非ポリマー3,90122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area16890 Å2
ΔGint-197 kcal/mol
Surface area31170 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)81.118, 81.118, 164.017
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-707-

NO3

21A-1162-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Alliin lyase 1 / Alliinase 1 / Cysteine sulphoxide lyase 1


分子量: 49056.625 Da / 分子数: 1 / 断片: alliine lyase 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Allium sativum (ニンニク) / 参照: UniProt: Q01594, alliin lyase

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糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(2-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(2-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa2-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Altp]{[(3+2)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 505分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 496 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Hampton Crystal screen condition number 39, 0.1M Hepes pH 7.5, 2% v/v PEG 400 and 2.0M ammonium sulfate. The crystals took between 4 to 6 months to appear and grew to a maximum size of 0.1 x ...詳細: Hampton Crystal screen condition number 39, 0.1M Hepes pH 7.5, 2% v/v PEG 400 and 2.0M ammonium sulfate. The crystals took between 4 to 6 months to appear and grew to a maximum size of 0.1 x 0.1 x 0.1mm3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9737 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月16日 / 詳細: double monochromator
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9737 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→42 Å / Num. all: 72527 / Num. obs: 72527 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 22.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.089 / Χ2: 1.35 / Net I/σ(I): 29.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3559 / Rsym value: 0.52 / Χ2: 0.769 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→39.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 2.677 / SU ML: 0.05 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0.52 / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.179 3663 5 %RANDOM
Rwork0.163 ---
all0.164 72527 --
obs0.164 72527 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.479 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.65 Å20 Å20 Å2
2--0.65 Å20 Å2
3----1.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→39.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3427 0 120 496 4043
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223743
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022550
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3451.985097
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8843.0036194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4155455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.40124.318176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.23615636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6131519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2550
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024081
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02757
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.2732
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1890.22663
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.21843
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.21832
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.2340
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.150.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2380.2119
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1250.230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8011.52833
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1641.5880
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.93823535
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.91131865
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.524.51548
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.643 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 254 -
Rwork0.22 5021 -
obs-5275 99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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