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- PDB-2hoe: Crystal structure of N-acetylglucosamine kinase (TM1224) from The... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hoe
タイトルCrystal structure of N-acetylglucosamine kinase (TM1224) from Thermotoga maritima at 2.46 A resolution
要素N-acetylglucosamine kinase
キーワードTRANSFERASE / TM1224 / N-acetylglucosamine kinase (EC 2.7.1.59) / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics / JCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


ROK family / ROK family / ArsR-like helix-turn-helix domain / ATPase, nucleotide binding domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...ROK family / ROK family / ArsR-like helix-turn-helix domain / ATPase, nucleotide binding domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Transcriptional regulator, XylR-related
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of N-acetylglucosamine kinase (EC 2.7.1.59) (TM1224) from Thermotoga maritima at 2.46 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2006年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHH FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetylglucosamine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0013
ポリマ－42,8701
非ポリマー1312
水27015
1
A: N-acetylglucosamine kinase
ヘテロ分子

A: N-acetylglucosamine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,0026
ポリマ－85,7392
非ポリマー2624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555-y,-x,-z+2/31
Buried area4170 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area30990 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)62.599, 62.599, 173.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number151
Space group name H-MP3112

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要素

#1: タンパク質 N-acetylglucosamine kinase


分子量: 42869.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM1224 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X0V1, N-acetylglucosamine kinase
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.39 %
解説: REFLECTIONS WITHIN THE 3.72-3.63 ANGSTROM RANGE WERE EXCLUDED FROM DATA PROCESSING BECAUSE OF AN ICE RING.
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 7
詳細: 0.2M KThioCyanate, 20.0% PEG-3350, No Buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.891940, 0.979083, 0.979251
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月11日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.891941
20.9790831
30.9792511
反射解像度: 2.46→46.029 Å / Num. obs: 14118 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 5.42 % / Biso Wilson estimate: 47.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 9.25
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obs% possible all
2.46-2.550.911.7969861464134591.9
2.55-2.650.8042.09779714151415100
2.65-2.770.6732.57791114241424100
2.77-2.920.513.36813114681468100
2.92-3.10.3664.69796014341434100
3.1-3.340.246.85798514461446100
3.34-3.670.1639.5570411436129790.3
3.67-4.20.08815.669421480128486.8
4.2-5.270.05821.677821457145399.7
5.27-460.04823.380031576155298.5

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
REFMAC5.2.0005精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT2データ抽出
XDSデータ削減
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.46→33.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 24.752 / SU ML: 0.254 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.547 / ESU R Free: 0.307
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. THE ELECTRON DENISTY FOR RESIDUES 31-38, 263-265, 273-275 WAS DIFFICULT TO INTERPRET AND MAY BE POORLY MODELLED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 710 5 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.219 14086 97.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.153 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20.13 Å20 Å2
2--0.25 Å20 Å2
3----0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.46→33.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2652 0 7 15 2674
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222705
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022508
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0311.9693663
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.62535786
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.1085351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.58924.528106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.41715444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.2431511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2423
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0010.023026
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02530
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.2590
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1910.22433
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.21392
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.21396
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1260.256
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.140.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1950.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1630.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1240.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.18331745
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2113726
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.25652793
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1278972
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.24911870
LS精密化 シェル解像度: 2.464→2.528 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.413 47 -
Rwork0.321 978 -
obs-1025 97.16 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.63521.2902-1.28292.9598-0.64582.22660.2444-0.48140.27560.1208-0.01190.3782-0.1001-0.2862-0.23250.12210.05190.02210.1458-0.01330.1694-46.46743.49739.473
21.36360.3262-0.71774.6126-2.8723.13330.1761-0.19050.14270.0987-0.1933-0.174-0.12040.24480.01720.03260.0445-0.00250.1112-0.0730.0477-35.53837.46648.275
31.7968-0.4187-0.47023.2791-1.47053.1958-0.12160.0121-0.1598-0.7702-0.3091-0.71320.96770.66920.43070.43390.29180.15650.2481-0.00550.3032-27.59516.14443.654
411.2443-7.3831-4.643412.32014.36924.7403-0.2474-1.15490.41590.18650.36230.5626-0.11660.1043-0.1148-0.00920.07690.01690.2385-0.02670.1525-45.61943.94245.27
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1110 - 13122 - 143
22132 - 236144 - 248
33237 - 348249 - 360
44349 - 368361 - 380

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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