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- PDB-2hnk: Crystal structure of SAM-dependent O-methyltransferase from patho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hnk
タイトルCrystal structure of SAM-dependent O-methyltransferase from pathogenic bacterium Leptospira interrogans
要素SAM-dependent O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / modified Rossman fold
機能・相同性
機能・相同性情報


S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
: / Class I-like SAM-dependent O-methyltransferase / O-methyltransferase / SAM-dependent O-methyltransferase class I-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / SAM-dependent O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Leptospira interrogans (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hou, X. / Wei, Z. / Gong, W.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of SAM-dependent O-methyltransferase from pathogenic bacterium Leptospira interrogans.
著者: Hou, X. / Wang, Y. / Zhou, Z. / Bao, S. / Lin, Y. / Gong, W.
履歴
登録2006年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SAM-dependent O-methyltransferase
B: SAM-dependent O-methyltransferase
C: SAM-dependent O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,86517
ポリマ－80,5853
非ポリマー2,28014
水7,152397
1
A: SAM-dependent O-methyltransferase
C: SAM-dependent O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,41713
ポリマ－53,7232
非ポリマー1,69411
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6920 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area17970 Å2
手法PISA
2
B: SAM-dependent O-methyltransferase
ヘテロ分子

B: SAM-dependent O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8968
ポリマ－53,7232
非ポリマー1,1736
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area5720 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area18920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.810, 60.331, 138.232
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41A
51B
61C

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGLEULEUAA3 - 373 - 37
21ARGARGLEULEUBB3 - 373 - 37
31ARGARGLEULEUCC3 - 373 - 37
42ASNASNGLUGLUAA41 - 23341 - 233
52ASNASNGLUGLUBB41 - 23341 - 233
62ASNASNGLUGLUCC41 - 23341 - 233

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要素

#1: タンパク質 SAM-dependent O-methyltransferase


分子量: 26861.535 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leptospira interrogans (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8F8Y3
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.86 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 0.1M lithium sulfate monohydrate, 0.1M MES pH 6.5, 9% w/v polyethylene glycol 8000, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 59471 / Num. obs: 58638 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 1.068 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.394 / Num. unique all: 5833 / Χ2: 1.075 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 5.608 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.222 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 2916 5.1 %RANDOM
Rwork0.213 ---
all0.214 59511 --
obs-57726 97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.179 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.15 Å20 Å20 Å2
2---0.78 Å20 Å2
3---2.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5438 0 98 446 5982
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0225690
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1732.0047702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7015693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.22425.167240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.46515981
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1541523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2875
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024171
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.22742
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.23850
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2480.2492
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1590.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1190.227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5111.53561
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.925591
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1732439
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9184.52108
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1748 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL0.290.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.320.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.360.5
1AMEDIUM THERMAL1.182
2BMEDIUM THERMAL1.592
3CMEDIUM THERMAL0.722
LS精密化 シェル解像度: 2.301→2.361 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 220 -
Rwork0.255 3969 -
obs-4189 96.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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