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- PDB-2hn1: Crystal structure of a CorA soluble domain from A. fulgidus in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hn1
タイトルCrystal structure of a CorA soluble domain from A. fulgidus in complex with Co2+
要素Magnesium and cobalt transporter
キーワードMETAL TRANSPORT / integral membrane protein fragment / metal transporter protein / divalent cations
機能・相同性
機能・相同性情報


cobalt ion transmembrane transporter activity / magnesium ion transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Magnesium transport protein CorA, transmembrane region / CorA soluble domain-like / Magnesium/cobalt transport protein CorA / Beta Polymerase; domain 2 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Magnesium transport protein CorA
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Payandeh, J. / Pai, E.F.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: A structural basis for Mg(2+) homeostasis and the CorA translocation cycle.
著者: Payandeh, J. / Pai, E.F.
履歴
登録2006年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 THE BIOLOGICALLY RELEVANT MOLECULE OF FULL-LENGTH CORA IS A HOMOPENTAMER. HERE, WE ... BIOMOLECULE: 1 THE BIOLOGICALLY RELEVANT MOLECULE OF FULL-LENGTH CORA IS A HOMOPENTAMER. HERE, WE FIND A SINGLE MOLECULE OF THE SOLUBLE DOMAIN WITHIN THE ASSYMETRIC UNIT, AND A DOMAIN-SWAPPED DIMER IS FORMED BY SPACE GROUP SYMMETRY. WE HAVE PROPOSED THAT THE CONFORMATIONAL CHANGE OBSERVED HERE, RELATIVE TO THE FULL-LENGTH PROTEIN, MAY INDICATE A MECHANISM FOR GATING IN THE FULL-LENGTH TRANSPORTER PROTEIN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Magnesium and cobalt transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5372
ポリマ－30,4781
非ポリマー591
水00
1
A: Magnesium and cobalt transporter
ヘテロ分子

A: Magnesium and cobalt transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0744
ポリマ－60,9562
非ポリマー1182
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area7590 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area23620 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)101.216, 101.216, 142.724
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
詳細The biologically relavent molecule of CorA is a pentamer. A single chain is observed in the assymetric unit, and a domain-swapped dimer is formed by space group symmetry. When compared to other known structures of CorA, the conformational changes observed in this soluble domain structure may indicate a mechanism for activation (i.e. CorA gating). Alternatively, the conformation observed could be a cloning and/or crystallization artifact. The Co2+ coordinated to Asp253 and His257 was confirmed experimentally by solving this structure independently from a MAD experiment (performed on a native crystal) at the cobalt absorption edge.

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要素

#1: タンパク質 Magnesium and cobalt transporter / CorA


分子量: 30478.227 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal soluble domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: ATCC 49558D / 遺伝子: CorA / プラスミド: pET15-b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: O29472
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.47 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 1.3 M ammonium sulfate, 10 mM CoCl2, 0.1 M HEPES pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
Reflection

D res high: 3.2 Å / D res low: 100 Å

IDAv σ(I) over netI数Rmerge(I) obsΧ2Num. obs% possible obs
127.71748330.0871.36761899.9
230.51758940.0751.19765899.8
329.31756990.0731.28765299.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squared
6.8910099.110.0692.109
5.476.8910010.0742.114
4.785.4710010.0711.826
4.344.7810010.0681.608
4.034.3410010.081.118
3.794.0310010.1091.084
3.63.7910010.1481.069
3.453.610010.2020.942
3.313.4510010.2890.87
3.23.3110010.4230.853
6.8910098.520.0581.769
5.476.8910020.0631.818
4.785.4710020.061.507
4.344.7810020.0581.318
4.034.3410020.0680.965
3.794.0310020.0950.984
3.63.7910020.130.97
3.453.610020.180.883
3.313.4510020.2650.834
3.23.3110020.3930.821
6.8910098.930.0551.904
5.476.8910030.0591.886
4.785.4710030.0571.612
4.344.7810030.0561.486
4.034.3410030.0681.153
3.794.0310030.0951.026
3.63.7910030.1371.024
3.453.610030.1890.943
3.313.4510030.2750.877
3.23.3110030.4110.859
反射解像度: 2.9→100 Å / Num. all: 10178 / Num. obs: 9953 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 1.392 / Net I/σ(I): 24.5
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.479 / Num. unique all: 977 / Χ2: 1.211 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
13 wavelength10.97944.98-8.15
13 wavelength20.98012.79-9.55
13 wavelength30.963.7-3.2
Phasing dmFOM : 0.72 / FOM acentric: 0.72 / FOM centric: 0.73 / 反射: 7413 / Reflection acentric: 5828 / Reflection centric: 1585
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
9.1-29.2510.960.980.93374190184
5.7-9.10.930.950.881059737322
4.6-5.70.910.930.841275979296
4-4.60.850.870.781223998225
3.4-40.650.660.6121511795356
3.2-3.40.310.320.2613311129202

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE2.08位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.9→20 Å / FOM work R set: 0.711 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.317 490 4.9 %random
Rwork0.303 ---
all0.3031 9953 --
obs0.3031 9953 98.9 %-
溶媒の処理Bsol: 30.246 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 99.658 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.356 Å2-7.095 Å20 Å2
2---5.356 Å20 Å2
3---10.713 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1999 0 1 0 2000
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.14
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.9-3.020.434570.45310191076
3.02-3.150.502450.41510341079
3.15-3.320.424500.39910231073
3.32-3.520.351510.35510251076
3.52-3.80.317400.33710381078
3.8-4.170.329660.29910301096
4.17-4.770.331520.26110561108
4.77-5.980.336610.30810801141
5.98-200.259680.26711581226

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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