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- PDB-2hmk: Crystal Structure of Naphthalene 1,2-Dioxygenase Bound to Phenanthrene -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hmk
タイトルCrystal Structure of Naphthalene 1,2-Dioxygenase Bound to Phenanthrene
要素(Naphthalene 1,2-dioxygenase ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Protein / Rieske Oxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


naphthalene 1,2-dioxygenase / naphthalene 1,2-dioxygenase activity / 3-phenylpropionate catabolic process / dioxygenase activity / catabolic process / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit NdoB-like, C-terminal / Ring hydroxylating beta subunit / Ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit, C-terminal domain / Ring hydroxylating alpha subunit (catalytic domain) / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 ...Ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit NdoB-like, C-terminal / Ring hydroxylating beta subunit / Ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit, C-terminal domain / Ring hydroxylating alpha subunit (catalytic domain) / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PHENANTHRENE / Naphthalene 1,2-dioxygenase system, large oxygenase component / Naphthalene 1,2-dioxygenase system, small oxygenase component
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / RIGID BODY REFINEMENT / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Ferraro, D.J. / Okerlund, A.L. / Mowers, J.C. / Ramaswamy, S.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2006
タイトル: Structural basis for regioselectivity and stereoselectivity of product formation by naphthalene 1,2-dioxygenase.
著者: Ferraro, D.J. / Okerlund, A.L. / Mowers, J.C. / Ramaswamy, S.
履歴
登録2006年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年9月2日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn ...pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_keywords / struct_site
Item: _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id ..._pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_keywords.text / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Naphthalene 1,2-dioxygenase alpha subunit
B: Naphthalene 1,2-dioxygenase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,76530
ポリマ－72,6332
非ポリマー2,13228
水11,728651
1
A: Naphthalene 1,2-dioxygenase alpha subunit
B: Naphthalene 1,2-dioxygenase beta subunit
ヘテロ分子

A: Naphthalene 1,2-dioxygenase alpha subunit
B: Naphthalene 1,2-dioxygenase beta subunit
ヘテロ分子

A: Naphthalene 1,2-dioxygenase alpha subunit
B: Naphthalene 1,2-dioxygenase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,29590
ポリマ－217,9006
非ポリマー6,39584
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)139.947, 139.947, 208.464
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-752-

HOH

詳細The biological assembly is and alpha3 beta3 hexamer. One alpha-beta dimer is in the assymetric unit. The others can be generated by the three-fold axis: y, -x-y, z -x-y, x, z

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要素

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Naphthalene 1,2-dioxygenase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Naphthalene 1,2-dioxygenase alpha subunit / Naphthalene 1 / 2-dioxygenase ISP alpha


分子量: 49664.355 Da / 分子数: 1 / 変異: F352V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (バクテリア) / 遺伝子: doxB / プラスミド: pDTG121 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)star / 参照: UniProt: P0A111, naphthalene 1,2-dioxygenase
#2: タンパク質 Naphthalene 1,2-dioxygenase beta subunit / Naphthalene 1 / 2-dioxygenase ISP beta


分子量: 22969.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (バクテリア) / 遺伝子: doxD / プラスミド: pDTG121 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)star / 参照: UniProt: P0A113, naphthalene 1,2-dioxygenase

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非ポリマー , 6種, 679分子

#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#6: 化合物 ChemComp-PEY / PHENANTHRENE / フェナントレン


分子量: 178.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H10
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 651 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.51 %
結晶化温度: 279.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.9-2.2 M Ammonium Sulfate, 4-6% Dioxane, 0.1 M MES, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月9日
放射モノクロメーター: cryogenically-cooled Si(111) double-crystal system
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→39.51 Å / Num. all: 93678 / Num. obs: 93678 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.12 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 13.3 / Scaling rejects: 5039
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 6.63 % / Rmerge(I) obs: 0.306 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. measured all: 62473 / Num. unique all: 9354 / Χ2: 1.34 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.4Lデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: RIGID BODY REFINEMENT
開始モデル: 1O7H

1o7h


解像度: 1.65→39.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.645 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.183 4696 5 %RANDOM
Rwork0.158 ---
all0.16 93388 --
obs0.16 93388 99.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.093 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.54 Å20.27 Å20 Å2
2--0.54 Å20 Å2
3----0.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→39.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5107 0 124 651 5882
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0215335
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023651
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3421.9467190
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87338819
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2295648
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.16824.007267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.32915871
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7411535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2746
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025969
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021132
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.21049
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2030.24004
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.22528
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.22687
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1240.2436
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1650.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2360.2113
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1690.244
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2031.54117
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3811.51315
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.44925103
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.91332554
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2024.52082
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.68836591
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free5.68831
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.28435125
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 340 -
Rwork0.175 6620 -
obs-6960 99.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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