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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hm3 | ||||||
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タイトル | Nematocyst outer wall antigen, cysteine rich domain NW1 | ||||||
要素 | Nematocyst outer wall antigen | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / disulfide (ジスルフィド) / evolution (進化) / cysteine rich / nematocyst (刺胞) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Golgi-associated plant pathogenesis-related protein 1, SCP domain / SCP / Tpx-1 / Ag5 / PR-1 / Sc7 family of extracellular domains. / CAP domain / CAP superfamily / Cysteine-rich secretory protein family / SEA domain / SEA domain / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like ...Golgi-associated plant pathogenesis-related protein 1, SCP domain / SCP / Tpx-1 / Ag5 / PR-1 / Sc7 family of extracellular domains. / CAP domain / CAP superfamily / Cysteine-rich secretory protein family / SEA domain / SEA domain / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Hydra vulgaris (無脊椎動物) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Meier, S. / Jensen, P.R. / Grzesiek, S. / Oezbek, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007 タイトル: Sequence-Structure and Structure-Function Analysis in Cysteine-rich Domains Forming the Ultrastable Nematocyst Wall. 著者: Meier, S. / Jensen, P.R. / Adamczyk, P. / Bachinger, H.P. / Holstein, T.W. / Engel, J. / Ozbek, S. / Grzesiek, S. #1: ジャーナル: Curr.Biol. / 年: 2007 タイトル: Continuous molecular evolution of protein-domain structures by single amino Acid changes. 著者: Meier, S. / Jensen, P.R. / David, C.N. / Chapman, J. / Holstein, T.W. / Grzesiek, S. / Ozbek, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2hm3.cif.gz | 59.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2hm3.ent.gz | 44.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2hm3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/2hm3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/2hm3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3080.433 Da / 分子数: 1 / 断片: First cysteine rich domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hydra vulgaris (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IT70 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料状態 | イオン強度: 10 mM / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 288 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |