PDB-2hm2: Solution structure of ASC2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hm2

タイトル

Solution structure of ASC2

要素

Pyrin-only protein 1

キーワード

APOPTOSIS / pyrin domain / six helix bundle

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / IkappaB kinase complex / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / protein serine/threonine kinase binding / positive regulation of interleukin-1 beta production / innate immune response / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Natarajan, A. / Ghose, R. / Hill, J.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structure and dynamics of ASC2, a pyrin domain-only protein that regulates inflammatory signaling
著者: Natarajan, A. / Ghose, R. / Hill, J.M.

履歴

登録	2006年7月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年7月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hm2.cif.gz	560.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hm2.ent.gz	471.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hm2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2hm2_validation.pdf.gz	338.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2hm2_full_validation.pdf.gz	473.8 KB	表示
XML形式データ	2hm2_validation.xml.gz	31.8 KB	表示
CIF形式データ	2hm2_validation.cif.gz	52.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/2hm2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/2hm2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1ucj-1 1zm0-1 2i5c-1 4xxl-d 3swb-d 5yxi-d 4j5k-1 1uck-1 3cpq-2 3gqs-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (1) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (1)

登録構造単位

Q: Pyrin-only protein 1

10.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデル

#1: タンパク質	Pyrin-only protein 1 / ASC2 / Pyrin domain containing 1 / PAAD-only protein 分子量: 10121.882 Da / 分子数: 1 / 断片: pyrin domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POP1, PYDC1 / プラスミド: pQE-30 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8WXC3

#1: タンパク質

Pyrin-only protein 1 / ASC2 / Pyrin domain containing 1 / PAAD-only protein

分子量: 10121.882 Da / 分子数: 1 / 断片: pyrin domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POP1, PYDC1 / プラスミド: pQE-30 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8WXC3

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実験

実験	手法: 溶液NMR
NMR実験	タイプ: Various double and triple resonance experiments

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試料調製

詳細	内容: 1 mM ASC2 U-15N,13C / 溶媒系: H2O/D2O (9:1) or D2O
試料状態	イオン強度: 10 mM sodium phosphate and 140 mM NaCl / pH: 7.3 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software	名称: XPLOR-NIH / バージョン: 2.11.2 / 開発者: Schwieters, Kuszewski, Tjandra, Clore / 分類: 精密化
精密化	手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: The structures are based on a total of 1778 NMR-derived restraints, including 1338 NOEs, 197 dihedral angle restraints, 73 3J(NH-HA) coupling constants and 170 13CA/CB secondary shift restraints
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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