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- PDB-2hkv: CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE MEMBER OF THE DINB FAMILY (EXIG_1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hkv
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE MEMBER OF THE DINB FAMILY (EXIG_1237) FROM EXIGUOBACTERIUM SIBIRICUM 255-15 AT 1.70 A RESOLUTION
要素Hypothetical protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / PUTATIVE MEMBER OF THE DINB FAMILY / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


DinB-like domain / DinB superfamily / dinb family like domain / DinB/YfiT-like putative metalloenzymes / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / DinB-like domain-containing protein / :
類似検索 - 構成要素
生物種Exiguobacterium sibiricum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of conserved hypothetical protein RBL00553 (ZP_00537729.1) from EXIGUOBACTERIUM SP. 255-15 at 1.70 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2006年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32016年12月14日Group: Other
改定 1.42017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5365
ポリマ－17,3711
非ポリマー1654
水1,17165
1
A: Hypothetical protein
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,07210
ポリマ－34,7422
非ポリマー3308
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area3860 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area13140 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)45.020, 45.020, 131.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein


分子量: 17371.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Exiguobacterium sibiricum (バクテリア)
株: 255-15 / 遺伝子: ZP_00537729.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q41IB9, UniProt: B1YEV7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.2142.07
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法詳細
2771蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop20.0% PEG-3350, 0.2M MgSO4,, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K
2932蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop20.0% PEG-3350, 0.2M MgSO4,, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL9-210.97925
シンクロトロンSSRL BL9-220.92522, 0.97934
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 325 mm CCD1CCD2006年6月17日Flat collimating mirror, toroid focusing mirror
MARMOSAIC 325 mm CCD2CCD2006年6月17日Flat collimating mirror, toroid focusing mirror
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Double crystal monochromatorMADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979251
20.925221
30.979341
反射解像度: 1.7→25.094 Å / Num. obs: 17704 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.38 % / Biso Wilson estimate: 37.034 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 9.58
反射 シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique all% possible all
1.7-1.767.010.971.9910939153399.8
1.76-1.830.7322.811534160092.5
1.83-1.910.5713.411264156593.5
1.91-2.020.3755.213211184997
2.02-2.140.262711687164398.6
2.14-2.310.22610.118428178199.4
2.31-2.540.18712.921841174899.8
2.54-2.90.15214.621615175299.9
2.9-25.10.11517220911825100

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
REFMAC5.2.0019精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT2データ抽出
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→25.094 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 6.318 / SU ML: 0.106 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.111
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.7 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 4. THE ASSIGNMENT OF THE METAL AS PREDOMINATELY NICKEL IS BASED ON BOTH X-RAY FLUORECENCE METAL SCAN AND DIFFERENCE MAPS (ABOVE AND BELOW NICKEL AND ZINC EDGES). 5. THE ASSIGNMENT OF CHLORIDES ARE BASED ON DIFFERENCE DENSITY. 6. THE DISORDER ON TWO-FOLD BY RESIDUE 4 INDICATED THAT THE SPACE GROUP IS NOT STRICTLY P3221 BUT P32, REFINEMENT IN P3221 RESULTS ONLY ~1% INCREASE IN RFACTOR AND RFREE COMPARED TO P32, THUS THE SPACE GROUP WAS ASSIGNED AS HIGHER SYMMETRY P3221. 7. THE EXPERIMENTAL PHASES ARE FROM A DIFFERENT CRYSTAL, THEY ARE USED AS RESTRAINTS IN REFINEMENT. 8. DENSITY FOR RESIDUE 99 IS POOR.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 1361 7.7 %RANDOM
Rwork0.181 ---
all0.185 ---
obs0.18514 17699 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.948 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.63 Å2-0.32 Å20 Å2
2---0.63 Å20 Å2
3---0.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→25.094 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1197 0 4 65 1266
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221245
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02810
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4511.9351704
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02531960
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2735151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.46523.11561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.21915199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0441510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2192
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021388
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02272
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.2305
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1790.2812
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1910.2615
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.2587
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.242
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.4010.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2920.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3020.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0920.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6423815
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6073301
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.50751197
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.7068581
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.6411505
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 99 -
Rwork0.269 1168 -
obs-1267 99.69 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 7.135 Å / Origin y: -0.881 Å / Origin z: -8.439 Å
111213212223313233
T-0.0121 Å2-0.0881 Å2-0.0672 Å2--0.013 Å2-0.0843 Å2---0.0639 Å2
L2.6534 °2-0.7319 °21.4145 °2-2.6711 °2-0.8647 °2--2.0371 °2
S0.2271 Å °0.5931 Å °-0.5004 Å °-0.2802 Å °-0.0447 Å °0.112 Å °-0.0122 Å °0.4846 Å °-0.1824 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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