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- PDB-7klj: Crystal structure of the WD-repeat domain of human KIF21A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7klj
タイトルCrystal structure of the WD-repeat domain of human KIF21A
要素Isoform 2 of Kinesin-like protein KIF21A
キーワードMOTOR PROTEIN / KIF21A / WD-repeat / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of microtubule depolymerization / regulation of axon guidance / cortical microtubule organization / ankyrin repeat binding / anterograde axonal transport / plus-end-directed microtubule motor activity / Kinesins / kinesin complex / microtubule motor activity / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic ...regulation of microtubule depolymerization / regulation of axon guidance / cortical microtubule organization / ankyrin repeat binding / anterograde axonal transport / plus-end-directed microtubule motor activity / Kinesins / kinesin complex / microtubule motor activity / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule-based movement / regulation of microtubule polymerization / axonal growth cone / axon cytoplasm / presynapse / cell cortex / microtubule binding / microtubule / dendrite / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / KIF21A-like domain / KIF21A-like domain / Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. ...: / : / KIF21A-like domain / KIF21A-like domain / Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Kinesin-like protein KIF21A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Zeng, H. / Dong, A. / Loppnau, P. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the WD-repeat domain of human KIF21A
著者: Zeng, H. / Dong, A. / Loppnau, P. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Halabelian, L.
履歴
登録2020年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2 of Kinesin-like protein KIF21A
B: Isoform 2 of Kinesin-like protein KIF21A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,6279
ポリマ－73,5032
非ポリマー1247
水9,872548
1
A: Isoform 2 of Kinesin-like protein KIF21A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8146
ポリマ－36,7521
非ポリマー625
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Isoform 2 of Kinesin-like protein KIF21A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8143
ポリマ－36,7521
非ポリマー622
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.275, 67.067, 79.880
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.430, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Isoform 2 of Kinesin-like protein KIF21A / Kinesin-like protein KIF2 / Renal carcinoma antigen NY-REN-62


分子量: 36751.621 Da / 分子数: 2 / 断片: WD repeat (UNP residues 1324-1640) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIF21A, KIAA1708, KIF2 / プラスミド: pFBOH-MHL
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q7Z4S6
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 5 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 548 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.76 % / Mosaicity: 0.482 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 25% PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES, pH 7.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2020年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→50 Å / Num. obs: 89050 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 1.454 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 600649
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.52-1.553.90.42438750.8210.2330.4871.00887.1
1.55-1.575.10.38544540.9040.1810.4270.90899.8
1.57-1.66.10.35344900.9350.1530.3860.824100
1.6-1.646.60.30644560.9520.1290.3330.834100
1.64-1.676.70.28444680.9570.1190.3090.901100
1.67-1.716.80.24144320.9720.10.2621.011100
1.71-1.756.80.21744660.9750.090.2361.069100
1.75-1.86.80.18244930.9810.0750.1971.191100
1.8-1.866.90.15944740.9840.0650.1721.331100
1.86-1.926.90.1444640.9870.0570.1511.464100
1.92-1.9870.12544670.990.0510.1351.593100
1.98-2.0670.11444600.9910.0460.1241.717100
2.06-2.167.10.10344860.9920.0420.1121.819100
2.16-2.277.20.09744750.9930.0390.1051.892100
2.27-2.417.20.09445190.9940.0380.1011.851100
2.41-2.67.30.08744570.9940.0350.0941.871100
2.6-2.867.30.07744910.9950.030.0831.851100
2.86-3.277.40.06745240.9970.0260.0721.887100
3.27-4.137.40.05745300.9970.0220.0611.908100
4.13-5070.04445690.9990.0180.0481.35998.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.52→20.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.167 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1849 1307 1.5 %RANDOM
Rwork0.1703 ---
obs0.1705 87717 99.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 58.47 Å2 / Biso mean: 18.778 Å2 / Biso min: 11.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å20 Å20.52 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.52→20.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4830 0 19 556 5405
Biso mean--29.26 29.92 -
残基数----638
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0135136
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174637
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4391.6317022
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3821.57410791
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5955679
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.20223.699219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.16715831
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3661518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2704
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025877
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021018
LS精密化 シェル解像度: 1.52→1.558 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 88 -
Rwork0.321 5873 -
obs--89.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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