PDB-2hj6: Reaction centre from Rhodobacter sphaeroides strain R-26.1 comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hj6

タイトル

Reaction centre from Rhodobacter sphaeroides strain R-26.1 complexed with dibrominated phosphatidylserine

要素

(Reaction center protein ...) x 3

キーワード

PHOTOSYNTHESIS/MEMBRANE PROTEIN / PHOTOSYNTHESIS / PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER / LIPID BINDING SITES / BROMINATED LIPIDS / MEMBRANE PROTEIN / PHOTOSYNTHESIS-MEMBRANE PROTEIN COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / photosynthetic electron transport in photosystem II / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Roszak, A.W. / Gardiner, A.T. / Isaacs, N.W. / Cogdell, R.J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Brominated Lipids Identify Lipid Binding Sites on the Surface of the Reaction Center from Rhodobacter sphaeroides.
著者: Roszak, A.W. / Gardiner, A.T. / Isaacs, N.W. / Cogdell, R.J.

履歴

登録	2006年6月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2018年1月31日	Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details
改定 1.4	2018年2月28日	Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.5	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hj6.cif.gz	214 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hj6.ent.gz	164.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hj6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2hj6_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2hj6_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	2hj6_validation.xml.gz	47.1 KB	表示
CIF形式データ	2hj6_validation.cif.gz	62.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/2hj6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/2hj6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2hg3C 2hg9C 2hh1C 2hhkC 2hitC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1rgn-d 2gmr-d 2uxj-d 2uwu-d 1f6n-d 1ds8-1 2bns-d 1aij-1 2boz-d 2uxk-d 3duq-d 2uww-d 1aig-1 2hit-d 2hh1-d 2uws-d 2hhk-d 4n7l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (14) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (4) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (4) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Reaction center protein L chain

M: Reaction center protein M chain

H: Reaction center protein H chain

ヘテロ分子

106 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.355, 139.355, 183.217
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

-
Reaction center protein ... , 3種, 3分子 LMH

#1: タンパク質	Reaction center protein L chain / Photosynthetic reaction center L subunit 分子量: 31346.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然詳細: Strain R-26.1 of Rhodobacter sphaeroides bacteria is a partial revertant of the R-26 chemical mutant of the wild-type strain 2.4.1. While R-26 has no LH2 antenna and no carotenoid, the R-26.1 ...詳細: Strain R-26.1 of Rhodobacter sphaeroides bacteria is a partial revertant of the R-26 chemical mutant of the wild-type strain 2.4.1. While R-26 has no LH2 antenna and no carotenoid, the R-26.1 has altered LH2 antenna and no carotenoid. Reaction center from R-26.1 strain is therefore identical with the wild-type strain 2.4.1 except for the missing carotenoid. 由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株: R26.1 / 参照: UniProt: P0C0Y8
#2: タンパク質	Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center M subunit 分子量: 34398.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然詳細: Strain R-26.1 of Rhodobacter sphaeroides bacteria is a partial revertant of the R-26 chemical mutant of the wild-type strain 2.4.1. While R-26 has no LH2 antenna and no carotenoid, the R-26.1 ...詳細: Strain R-26.1 of Rhodobacter sphaeroides bacteria is a partial revertant of the R-26 chemical mutant of the wild-type strain 2.4.1. While R-26 has no LH2 antenna and no carotenoid, the R-26.1 has altered LH2 antenna and no carotenoid. Reaction center from R-26.1 strain is therefore identical with the wild-type strain 2.4.1 except for the missing carotenoid. 由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株: R26.1 / 参照: UniProt: P0C0Y9
#3: タンパク質	Reaction center protein H chain / Photosynthetic reaction center H subunit 分子量: 28066.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然詳細: Strain R-26.1 of Rhodobacter sphaeroides bacteria is a partial revertant of the R-26 chemical mutant of the wild-type strain 2.4.1. While R-26 has no LH2 antenna and no carotenoid, the R-26.1 ...詳細: Strain R-26.1 of Rhodobacter sphaeroides bacteria is a partial revertant of the R-26 chemical mutant of the wild-type strain 2.4.1. While R-26 has no LH2 antenna and no carotenoid, the R-26.1 has altered LH2 antenna and no carotenoid. Reaction center from R-26.1 strain is therefore identical with the wild-type strain 2.4.1 except for the missing carotenoid. 由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株: R26.1 / 参照: UniProt: P0C0Y7

-
非ポリマー , 12種, 376分子

#4: 化合物	ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A 分子量: 911.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₇₄MgN₄O₆
#5: 化合物	ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン分子量: 889.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₇₆N₄O₆
#6: 化合物	ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略) 分子量: 863.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₉H₉₀O₄
#7: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#8: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#9: 化合物	ChemComp-HTO / HEPTANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 148.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₆O₃
#10: 化合物	ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL 分子量: 1464.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈₁H₁₅₆O₁₇P₂ / コメント: リン脂質*YM
#11: 化合物	ChemComp-PS2 / O-[{[(2R)-2-{[(9S,10S)-9,10-DIBROMOOCTADECANOYL]OXY}-3-(PALMITOYLOXY)PROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]-L-SERINE / DIBROMINATED PHOSPHATIDYLSERINE / 1-PALMITOYL-2-STEAROYL(9,10-DIBROMO)-SN-GLYCERO-3-[PHOSPHO-L-SERINE](SODIUM SALT) 分子量: 921.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₇₆Br₂NO₁₀P / コメント: リン脂質*YM
#12: 化合物	ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド分子量: 229.402 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₁NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#13: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#14: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#15: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 77.51 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: Potassium phosphate, LDAO, 1,2,3-heptanetriol, 1,2,3-hexanetriol, dioxane, NaCl, Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 16.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月20日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→39.29 Å / Num. obs: 41533 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 81.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 15.3
反射シェル	解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.575 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 6031 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Unpublished structure of reaction centre at 1.95A resolution

解像度: 3→39.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.834 / SU B: 23.187 / SU ML: 0.192 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL
Isotropic thermal model: TLS thermal mode followed by the restrained refinement of atomic coordinates and isotropic B-factors; all details in the pdb-file
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.502 / ESU R Free: 0.307 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; the above average isotropic B value is an average residual B after TLS refinement while the final average atomic B is 70.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22719	2083	5 %	RANDOM
R_work	0.17407	-	-	-
all	0.17683	41494	-	-
obs	0.17683	39411	99.43 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.076 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.33 Å²	-0.17 Å²	0 Å²
2-	-	-0.33 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→39.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6476	0	787	351	7614

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	7597
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5205
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.938	2.049	10373
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.171	3.002	12535
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.5	5	830
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.813	22.561	285
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.15	15	991
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.249	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	1031
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	8049
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1578
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	1985
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.205	0.2	5420
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.207	0.2	3574
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.093	0.2	3497
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	364
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.129	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.098	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.222	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.232	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.336	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.588	1.5	4104
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.108	1.5	1698
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.118	2	6578
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.799	3	3548
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.788	4.5	3791
X-RAY DIFFRACTION	Cruickshank estimated coordinate error	0.502
X-RAY DIFFRACTION	Maximum Likelihood estimated coordinate error	0.192

LS精密化シェル

解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.276	160	-
R_work	0.232	2853	-
obs	-	2853	99.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 55.6813 Å / Origin y: 60.7673 Å / Origin z: 64.4424 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.5159 Å²	0.1274 Å²	0.0834 Å²	-	-0.056 Å²	0.093 Å²	-	-	-0.2665 Å²
L	2.7884 °²	1.2481 °²	-0.4687 °²	-	2.2894 °²	-0.5593 °²	-	-	1.2273 °²
S	-0.0655 Å °	-0.2402 Å °	-0.1694 Å °	-0.217 Å °	0.0134 Å °	-0.211 Å °	-0.0892 Å °	-0.1886 Å °	0.0521 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	L	1 - 281
2	X-RAY DIFFRACTION	1	M	1 - 301
3	X-RAY DIFFRACTION	1	H	11 - 251
4	X-RAY DIFFRACTION	1	M	311 - 313
5	X-RAY DIFFRACTION	1	L	312 - 314
6	X-RAY DIFFRACTION	1	M	401
7	X-RAY DIFFRACTION	1	L	402
8	X-RAY DIFFRACTION	1	M	500
9	X-RAY DIFFRACTION	1	M	501
10	X-RAY DIFFRACTION	1	L	502
11	X-RAY DIFFRACTION	1	H	700 - 705
12	X-RAY DIFFRACTION	1	M	701 - 704
13	X-RAY DIFFRACTION	1	M	800 - 802
14	X-RAY DIFFRACTION	1	H	902 - 905
15	X-RAY DIFFRACTION	1	M	901 - 920
16	X-RAY DIFFRACTION	1	H	1003 - 1356
17	X-RAY DIFFRACTION	1	M	1001 - 1343
18	X-RAY DIFFRACTION	1	L	1002 - 1349

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関連情報:EMDBヘッダ

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関連構造データ

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リンク

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集合体

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要素

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Reaction center protein ... , 3種, 3分子 LMH

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非ポリマー , 12種, 376分子

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)