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万見
- PDB-2hj1: Crystal structure of a 3D domain-swapped dimer of protein HI0395 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hj1
タイトルCrystal structure of a 3D domain-swapped dimer of protein HI0395 from Haemophilus influenzae
要素Hypothetical protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性RnfH-like / RnfH protein / RnfH superfamily / RnfH family Ubiquitin / Molybdopterin synthase/thiamin biosynthesis sulphur carrier, beta-grasp / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta / Protein RnfH
機能・相同性情報
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Patskovsky, Y.V. / Toro, R. / Almo, S.C. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a 3D domain-swapped dimer of hypothetical protein from Haemophilus influenzae (CASP Target)
著者: Ramagopal, U.A. / Patskovsky, Y.V. / Toro, R. / Almo, S.C.
履歴
登録2006年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details ..._audit_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein
B: Hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8406
ポリマ－22,4562
非ポリマー3844
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6110 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area9770 Å2
手法PISA
2
A: Hypothetical protein
B: Hypothetical protein
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein
B: Hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,68012
ポリマ－44,9114
非ポリマー7698
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area17410 Å2
ΔGint-216 kcal/mol
Surface area14350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.381, 74.381, 117.027
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein


分子量: 11227.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
株: 86-028NP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4QNE7
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.86 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2.0 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X4A10.98
シンクロトロンNSLS X29A21.743
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2006年4月15日
ADSC QUANTUM 42CCD2006年6月16日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.981
21.7431
Reflection冗長度: 7.7 % / Av σ(I) over netI: 14 / 数: 152169 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Χ2: 1.19 / D res high: 2.58 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 19736 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.565099.710.0431.098.1
4.415.5610010.040.9768.4
3.854.4199.910.0481.1968.3
3.53.8510010.071.2078.1
3.253.510010.1181.2858
3.063.2510010.1871.3147.8
2.913.0610010.3551.2997.7
2.782.9110010.5351.2557.7
2.672.7810010.831.167.4
2.582.6799.911.0735.6
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 19260 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 45.016 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.069 / Χ2: 0.961 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.427 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 1872 / Rsym value: 0.385 / Χ2: 0.743 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→25.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 3.632 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 987 5.1 %RANDOM
Rwork0.215 ---
all0.216 23224 --
obs0.216 19244 97.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.317 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å20 Å20 Å2
2--0.27 Å20 Å2
3----0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→25.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1269 0 20 75 1364
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221369
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7991.9931864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg13.8825167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.05424.30865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.77715249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.381510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.2211
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021025
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.2557
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.2932
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2180.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2540.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3221.5849
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.22721345
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9243588
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5284.5518
LS精密化 シェル解像度: 2.103→2.158 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 59 -
Rwork0.24 1307 -
obs-1366 96.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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