+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hit | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Reaction centre from Rhodobacter sphaeroides strain R-26.1 complexed with dibrominated phosphatidylethanolamine | ||||||
![]() | (Reaction center protein ...) x 3 | ||||||
![]() | PHOTOSYNTHESIS/MEMBRANE PROTEIN / PHOTOSYNTHESIS / PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER / LIPID BINDING SITES / BROMINATED LIPIDS / MEMBRANE PROTEIN / PHOTOSYNTHESIS-MEMBRANE PROTEIN COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Roszak, A.W. / Gardiner, A.T. / Isaacs, N.W. / Cogdell, R.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Brominated Lipids Identify Lipid Binding Sites on the Surface of the Reaction Center from Rhodobacter sphaeroides. 著者: Roszak, A.W. / Gardiner, A.T. / Isaacs, N.W. / Cogdell, R.J. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 221.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 170 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
-Reaction center protein ... , 3種, 3分子 LMH
#1: タンパク質 | 分子量: 31346.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: Strain R-26.1 of Rhodobacter sphaeroides bacteria is a partial revertant of the R-26 chemical mutant of the wild-type strain 2.4.1. While R-26 has no LH2 antenna and no carotenoid, the R-26.1 ...詳細: Strain R-26.1 of Rhodobacter sphaeroides bacteria is a partial revertant of the R-26 chemical mutant of the wild-type strain 2.4.1. While R-26 has no LH2 antenna and no carotenoid, the R-26.1 has altered LH2 antenna and no carotenoid. Reaction center from R-26.1 strain is therefore identical with the wild-type strain 2.4.1 except for the missing carotenoid. 由来: (天然) ![]() |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 34398.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: Strain R-26.1 of Rhodobacter sphaeroides bacteria is a partial revertant of the R-26 chemical mutant of the wild-type strain 2.4.1. While R-26 has no LH2 antenna and no carotenoid, the R-26.1 ...詳細: Strain R-26.1 of Rhodobacter sphaeroides bacteria is a partial revertant of the R-26 chemical mutant of the wild-type strain 2.4.1. While R-26 has no LH2 antenna and no carotenoid, the R-26.1 has altered LH2 antenna and no carotenoid. Reaction center from R-26.1 strain is therefore identical with the wild-type strain 2.4.1 except for the missing carotenoid. 由来: (天然) ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 28066.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: Strain R-26.1 of Rhodobacter sphaeroides bacteria is a partial revertant of the R-26 chemical mutant of the wild-type strain 2.4.1. While R-26 has no LH2 antenna and no carotenoid, the R-26.1 ...詳細: Strain R-26.1 of Rhodobacter sphaeroides bacteria is a partial revertant of the R-26 chemical mutant of the wild-type strain 2.4.1. While R-26 has no LH2 antenna and no carotenoid, the R-26.1 has altered LH2 antenna and no carotenoid. Reaction center from R-26.1 strain is therefore identical with the wild-type strain 2.4.1 except for the missing carotenoid. 由来: (天然) ![]() |
-非ポリマー , 13種, 421分子 ![](data/chem/img/BCL.gif)
![](data/chem/img/BPH.gif)
![](data/chem/img/U10.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/CDL.gif)
![](data/chem/img/PEW.gif)
![](data/chem/img/LDA.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/PEV.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/BPH.gif)
![](data/chem/img/U10.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/CDL.gif)
![](data/chem/img/PEW.gif)
![](data/chem/img/LDA.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/PEV.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-BCL / #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-FE / | #9: 化合物 | #10: 化合物 | #11: 化合物 | ChemComp-CDL / | #12: 化合物 | ChemComp-PEW / ( | #13: 化合物 | ChemComp-LDA / #14: 化合物 | ChemComp-K / | #15: 化合物 | ChemComp-PEV / ( | #16: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.57 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: Potassium phosphate, LDAO, 1,2,3-heptanetriol, 1,2,3-hexanetriol, dioxane, NaCl, Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 16.0K |
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
---|---|
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月18日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si(111) channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91929 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.75→46.03 Å / Num. obs: 54102 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 74.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 23 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.569 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 7805 / % possible all: 100 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Unpublished structure of reaction centre at 1.95A resolution 解像度: 2.75→46.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 16.317 / SU ML: 0.152 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL Isotropic thermal model: TLS thermal mode followed by the restrained refinement of atomic coordinates and isotropic B-factors; all details in the pdb-file 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.319 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; the above average isotropic B value is an average residual B after TLS refinement while the final average atomic B is 70.0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.047 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.75→46.01 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.75→2.821 Å / Total num. of bins used: 20
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 10.999 Å / Origin y: 102.4614 Å / Origin z: 34.1604 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|