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- PDB-2his: CELLULOMONAS FIMI XYLANASE/CELLULASE DOUBLE MUTANT E127A/H205N WI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2his
タイトルCELLULOMONAS FIMI XYLANASE/CELLULASE DOUBLE MUTANT E127A/H205N WITH COVALENT CELLOBIOSE
要素CELLULOMONAS FIMI FAMILY 10 BETA-1,4-GLYCANASE
キーワードHYDROLASE / O-GLYCOSYL / XYLANASE/CELLULASE / A/B BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end) / cellulose 1,4-beta-cellobiosidase activity / endo-1,4-beta-xylanase / endo-1,4-beta-xylanase activity / xylan catabolic process / polysaccharide binding / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate-binding type-2, conserved site / CBM2a (carbohydrate-binding type-2) domain signature. / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. ...Carbohydrate-binding type-2, conserved site / CBM2a (carbohydrate-binding type-2) domain signature. / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-cellobiose / Exoglucanase/xylanase
類似検索 - 構成要素
生物種Cellulomonas fimi (バクテリア)
手法X線回折 / MOLECULAR SUBSTITUTION / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Notenboom, V. / Birsan, C. / Nitz, M. / Rose, D.R. / Warren, R.A.J. / Wither, S.G.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Insights into transition state stabilization of the beta-1,4-glycosidase Cex by covalent intermediate accumulation in active site mutants.
著者: Notenboom, V. / Birsan, C. / Nitz, M. / Rose, D.R. / Warren, R.A. / Withers, S.G.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Beta-1,4-Glycanase Cex from Cellulomonas Fimi
著者: White, A. / Withers, S.G. / Gilkes, N.R. / Rose, D.R.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of the Catalytic Domain of Cex, an Exo-Beta-1,4-Glucanase and Beta-1,4-Xylanase from the Bacterium Cellulomonas Fimi
著者: Bedarkar, S. / Gilkes, N.R. / Kilburn, D.G. / Kwan, E. / Rose, D.R. / Miller Junior, R.C. / Warren, R.A. / Withers, S.G.
履歴
登録1998年2月23日処理サイト: BNL
改定 1.01998年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年11月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年8月9日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.32024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CELLULOMONAS FIMI FAMILY 10 BETA-1,4-GLYCANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3122
ポリマ－33,9701
非ポリマー3421
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.411, 88.411, 80.675
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1005-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CELLULOMONAS FIMI FAMILY 10 BETA-1,4-GLYCANASE / CEX


分子量: 33969.859 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 変異: E127A, H205N / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COVALENT INTERMEDIATE / 由来: (組換発現) Cellulomonas fimi (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P07986, cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end)
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-cellobiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-cellobiose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5][a2122h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.98 %
結晶化pH: 4.6
詳細: 15-20% PEG 4K,.1M NAACETATE PH4.6 45 MG/ML PROTEIN CONCENTRATION PRE-COMPLEXED WITH CELLOBIOSE-DNP
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Bedarkar, S., (1992) J.Mol. Biol, 228, 693.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
165 mg/mlCex1dropin water
27.5-10 %PEG40001drop
30.1 Msodium acetate1drop
47.5-10 %PEG40001reservoir
50.1 Msodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年1月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 1.74 Å / Num. obs: 32211 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.7 % / Rsym value: 0.0681 / Net I/σ(I): 16.19
反射 シェル解像度: 1.74→1.81 Å / 冗長度: 4.41 % / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / Rsym value: 0.3611 / % possible all: 80.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 255846 / Rmerge(I) obs: 0.0681
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 80.4 % / Num. unique obs: 5297 / Num. measured obs: 23362 / Rmerge(I) obs: 0.3611

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SDMWHOWARD & NEILSONデータ収集
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
SDMSDETECTOR SYSTEM (NIELSEN)データ削減
XENGEN(HOWARDデータ削減
NIELSENデータ削減
XUONG)データ削減
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: MOLECULAR SUBSTITUTION
開始モデル: PDB ENTRY 2EXO

2exo


解像度: 1.84→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.0059 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.0001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 2255 7 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.22 27679 96.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2390 0 22 131 2543
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.57
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.25
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.271
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.84→1.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 222 7.3 %
Rwork0.309 1933 -
obs--80.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PROTOPH19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 30163
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.25
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.271
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.32

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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