PDB-2hii: heterotrimeric PCNA sliding clamp

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hii

タイトル

heterotrimeric PCNA sliding clamp

要素

PCNA1 (SSO0397)
PCNA2 (SSO1047)
PCNA3 (SSO0405)

キーワード

REPLICATION / sliding clamp / processivity factor / heterotrimeric / DNA replication

機能・相同性

機能・相同性情報

leading strand elongation / DNA polymerase processivity factor activity / regulation of DNA replication / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus solfataricus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.79 Å

データ登録者

Pascal, J.M. / Tsodikov, O.V. / Ellenberger, T.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006
タイトル: A Flexible Interface between DNA Ligase and PCNA Supports Conformational Switching and Efficient Ligation of DNA.
著者: Pascal, J.M. / Tsodikov, O.V. / Hura, G.L. / Song, W. / Cotner, E.A. / Classen, S. / Tomkinson, A.E. / Tainer, J.A. / Ellenberger, T.

履歴

登録	2006年6月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hii.cif.gz	288.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hii.ent.gz	233.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hii.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2hii_validation.pdf.gz	474.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2hii_full_validation.pdf.gz	512.9 KB	表示
XML形式データ	2hii_validation.xml.gz	56.6 KB	表示
CIF形式データ	2hii_validation.cif.gz	74.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/2hii ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/2hii	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2hikC 2hivC 2hixC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2hik-2 2nti-2 2hik-1 5yco-1 3wgw-1 3lx2-d 2ix2-d 5a6d-1 5a6d-2 5mlw-1 5mlw-d 2nti-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (8) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (7)

登録構造単位

A: PCNA1 (SSO0397)

B: PCNA2 (SSO1047)

C: PCNA3 (SSO0405)

X: PCNA1 (SSO0397)

Y: PCNA2 (SSO1047)

Z: PCNA3 (SSO0405)

171 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PCNA1 (SSO0397)

B: PCNA2 (SSO1047)

C: PCNA3 (SSO0405)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

X: PCNA1 (SSO0397)

Y: PCNA2 (SSO1047)

Z: PCNA3 (SSO0405)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.519, 87.179, 135.874
Angle α, β, γ (deg.)	89.800, 86.360, 78.330
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	X
3	1	A
4	1	X
1	2	B
2	2	Y
3	2	B
4	2	Y
1	3	C
2	3	Z
3	3	C
4	3	Z

NCSドメイン領域:

Refine code: 3

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	PHE	PHE	ALA	ALA	A	A	2 - 117	2 - 117
2	1	1	PHE	PHE	ALA	ALA	X	D	2 - 117	2 - 117
3	2	1	PRO	PRO	LEU	LEU	A	A	128 - 249	128 - 249
4	2	1	PRO	PRO	LEU	LEU	X	D	128 - 249	128 - 249
1	1	2	MSE	MSE	LEU	LEU	B	B	2 - 114	1 - 113
2	1	2	MSE	MSE	LEU	LEU	Y	E	2 - 114	1 - 113
3	2	2	VAL	VAL	ARG	ARG	B	B	125 - 244	124 - 243
4	2	2	VAL	VAL	ARG	ARG	Y	E	125 - 244	124 - 243
1	1	3	MSE	MSE	ASN	ASN	C	C	1 - 113	1 - 113
2	1	3	MSE	MSE	ASN	ASN	Z	F	1 - 113	1 - 113
3	2	3	ILE	ILE	LYS	LYS	C	C	124 - 243	124 - 243
4	2	3	ILE	ILE	LYS	LYS	Z	F	124 - 243	124 - 243

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	PCNA1 (SSO0397) / DNA polymerase sliding clamp B / Proliferating cell nuclear antigen homolog B / PCNA B 分子量: 29062.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: pcnB, pcnA-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P57766
#2: タンパク質	PCNA2 (SSO1047) / DNA polymerase sliding clamp C / Proliferating cell nuclear antigen homolog C / PCNA C 分子量: 27648.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: pcnC, pcnA-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97Z84
#3: タンパク質	PCNA3 (SSO0405) / DNA polymerase sliding clamp A / Proliferating cell nuclear antigen homolog A / PCNA A 分子量: 28747.846 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: pcnA, pcnA-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P57765
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.67 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 5.5 詳細: 18-20% PEG 3350, 150mM ammonium citrate, 100mM Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 5.50

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 0.98
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.79→50 Å / Num. obs: 37657 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 2.79→2.9 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.238 / % possible all: 68.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.79→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.876 / SU B: 44.611 / SU ML: 0.393 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.468 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.282	1892	5 %	RANDOM
R_work	0.215	-	-	-
obs	0.218	37555	92.8 %	-
all	-	37555	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.63 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.69 Å²	3 Å²	2.06 Å²
2-	-	-3.09 Å²	0.36 Å²
3-	-	-	-4.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.79→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11550	0	0	0	11550

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	11728
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.389	1.981	15820
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.029	5	1464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.425	25.412	510
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.018	15	2212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.501	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	1852
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	8570
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	5058
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.313	0.2	7968
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	408
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.172	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.115	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.476	1.5	7495
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.635	2	11886
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.291	3	4664
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.962	4.5	3934
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	952	tight positional	0.04	0.05
2	B	932	tight positional	0.04	0.05
3	C	932	tight positional	0.04	0.05
1	A	887	loose positional	0.5	5
2	B	915	loose positional	0.39	5
3	C	913	loose positional	0.42	5
1	A	952	tight thermal	0.06	0.5
2	B	932	tight thermal	0.06	0.5
3	C	932	tight thermal	0.05	0.5
1	A	887	loose thermal	0.8	10
2	B	915	loose thermal	0.95	10
3	C	913	loose thermal	0.82	10

LS精密化シェル

解像度: 2.79→2.87 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.373	89	-
R_work	0.311	1739	-
obs	-	-	63.23 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0705	0.2609	-0.2706	4.9602	0.8229	2.3349	0.0279	-0.0311	0.0093	-0.0615	-0.0267	-0.0684	-0.2033	0.2176	-0.0012	-0.208	-0.0014	-0.0476	-0.0872	0.0126	-0.1578	14.442	39.1721	-33.5781
2	1.319	1.7194	-1.3675	3.8146	-1.4796	3.5024	0.0195	-0.0105	0.1515	0.3054	0.0485	0.3758	-0.3976	0.1405	-0.068	0.0284	0.0815	-0.0078	-0.0864	-0.0757	0.0033	7.1763	53.6106	7.2267
3	1.6869	0.0713	0.2662	1.6372	2.0359	8.9134	-0.0235	0.0384	0.1069	0.0439	-0.0063	0.138	0.189	-0.1673	0.0298	-0.3412	-0.0319	-0.0018	-0.1798	0.0967	-0.0993	0.9385	11.3706	-3.5744
4	0.9268	-0.4329	-0.0527	4.1811	0.8219	3.1357	0.0016	-0.0578	-0.1126	-0.1725	0.2151	-0.0205	0.1969	0.0424	-0.2167	-0.1789	-0.0498	-0.0122	-0.0319	0.0054	-0.1066	8.7246	-3.03	34.4245
5	1.2878	0.5699	-1.0329	2.4902	-1.4294	4.049	-0.0283	0.1217	-0.0891	0.1052	0.0315	-0.0878	-0.1217	0.0878	-0.0031	-0.3949	0.0611	-0.0407	-0.1721	-0.0101	-0.148	1.719	8.9766	76.1464
6	1.6828	-0.0984	-0.1018	1.2996	1.9015	8.5024	-0.0725	0.1147	-0.0275	-0.1728	0.0719	0.0694	0.3696	-0.1343	0.0007	-0.0822	0.0103	0.0019	-0.1914	0.0634	-0.0682	-1.1029	-33.0521	63.7351

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 249	1 - 249
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	2 - 244	1 - 243
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 243	1 - 243
4	X-RAY DIFFRACTION	4	X	D	1 - 249	1 - 249
5	X-RAY DIFFRACTION	5	Y	E	2 - 244	1 - 243
6	X-RAY DIFFRACTION	6	Z	F	1 - 243	1 - 243

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関連情報:EMDBヘッダ

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