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- PDB-2hhb: THE CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN DEOXYHAEMOGLOBIN AT 1.74 ANGSTROMS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hhb
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN DEOXYHAEMOGLOBIN AT 1.74 ANGSTROMS RESOLUTION
要素
  • HEMOGLOBIN (DEOXY) (ALPHA CHAIN)
  • HEMOGLOBIN (DEOXY) (BETA CHAIN)
キーワードOXYGEN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


: / cellular oxidant detoxification / nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex ...: / cellular oxidant detoxification / nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / peroxidase activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PHOSPHATE ION / Hemoglobin subunit alpha / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Fermi, G. / Perutz, M.F.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1984
タイトル: The crystal structure of human deoxyhaemoglobin at 1.74 A resolution
著者: Fermi, G. / Perutz, M.F. / Shaanan, B. / Fourme, R.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1982
タイトル: Stereochemistry of Iron in Deoxyhaemoglobin
著者: Perutz, M.F. / Hasnain, S.S. / Duke, P.J. / Sessler, J.L. / Hahn, J.E.
#3: ジャーナル: Annu.Rev.Biochem. / 年: 1979
タイトル: Regulation of Oxygen Affinity of Hemoglobin. Influence of Structure of the Globin on the Heme Iron
著者: Perutz, M.F.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1976
タイトル: Three-Dimensional Fourier Synthesis of Human Deoxyhemoglobin at 2.5 Angstroms Resolution, I.X-Ray Analysis
著者: Teneyck, L.F. / Arnone, A.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1975
タイトル: Three-Dimensional Fourier Synthesis of Human Deoxyhaemoglobin at 2.5 Angstroms Resolution, Refinement of the Atomic Model
著者: Fermi, G.
#6: ジャーナル: Nature / 年: 1970
タイトル: Three-Dimensional Fourier Synthesis of Human Deoxyhaemoglobin at 3.5 Angstroms Resolution
著者: Muirhead, H. / Greer, J.
#2: ジャーナル: Haemoglobin and Myoglobin. Atlas of Molecular Structures in Biology
年: 1981
著者: Fermi, G. / Perutz, M.F.
#7: ジャーナル: Atlas of Protein Sequence and Structure (Data Section)
年: 1972
#8: ジャーナル: Atlas of Protein Sequence and Structure (Data Section)
年: 1972
履歴
登録1984年3月7日処理サイト: BNL
置き換え1984年7月18日ID: 1HHB
改定 1.01984年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02023年2月8日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_ncs_oper / struct_site
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _atom_sites.fract_transf_vector[1] / _atom_sites.fract_transf_vector[2] / _atom_sites.fract_transf_vector[3] / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][2] / _database_PDB_matrix.origx[1][3] / _database_PDB_matrix.origx[2][1] / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][1] / _database_PDB_matrix.origx[3][2] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _database_PDB_matrix.origx_vector[1] / _database_PDB_matrix.origx_vector[2] / _database_PDB_matrix.origx_vector[3] / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_oper.matrix[1][1] / _struct_ncs_oper.matrix[1][2] / _struct_ncs_oper.matrix[1][3] / _struct_ncs_oper.matrix[2][1] / _struct_ncs_oper.matrix[2][2] / _struct_ncs_oper.matrix[2][3] / _struct_ncs_oper.matrix[3][1] / _struct_ncs_oper.matrix[3][2] / _struct_ncs_oper.matrix[3][3] / _struct_ncs_oper.vector[1] / _struct_ncs_oper.vector[2] / _struct_ncs_oper.vector[3] / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
詳細: Coordinates and associated ncs operations (if present) transformed into standard crystal frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年3月15日Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_database_remark
改定 2.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMOGLOBIN (DEOXY) (ALPHA CHAIN)
B: HEMOGLOBIN (DEOXY) (BETA CHAIN)
C: HEMOGLOBIN (DEOXY) (ALPHA CHAIN)
D: HEMOGLOBIN (DEOXY) (BETA CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,73710
ポリマ－62,0814
非ポリマー2,6566
水3,981221
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11610 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area23970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.150, 83.590, 53.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.34, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: PROBABLY PHOSPHATE GROUP.
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.952899, 0.301963, -0.028045), (0.302014, 0.936202, -0.179824), (-0.028043, -0.179784, -0.983303)
ベクター: 17.04968, 4.93604, 81.78229)

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要素

#1: タンパク質 HEMOGLOBIN (DEOXY) (ALPHA CHAIN)


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01922, UniProt: P69905*PLUS
#2: タンパク質 HEMOGLOBIN (DEOXY) (BETA CHAIN)


分子量: 15890.198 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02023, UniProt: P68871*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THREE SETS OF COORDINATES FOR HUMAN HEMOGLOBIN WERE DEPOSITED SIMULTANEOUSLY. 2HHB. REFINED BY THE ...THREE SETS OF COORDINATES FOR HUMAN HEMOGLOBIN WERE DEPOSITED SIMULTANEOUSLY. 2HHB. REFINED BY THE METHOD OF JACK AND LEVITT. THIS ENTRY PRESENTS THE BEST ESTIMATE OF THE COORDINATES. 3HHB. SYMMETRY AVERAGED ABOUT THE (NON-CRYSTALLOGRAPHIC) MOLECULAR AXIS AND THEN RE-REGULARIZED BY THE ENERGY REFINEMENT METHOD OF LEVITT. THIS ENTRY PRESENTS COORDINATES THAT ARE ADEQUATE FOR MOST PURPOSES, SUCH AS COMPARISON WITH OTHER STRUCTURES. 4HHB. UNRESTRAINED REFINEMENT. THIS ENTRY PRESENTS COORDINATES THAT ARE USEFUL FOR STATISTICAL STUDIES (E.G. PHI/PSI ANGLES) WHERE DATA UNBIASED BY RESTRAINTS IS REQUIRED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.48 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: batch method / 詳細: Perutz, M.F., (1968) J.Crystall Growth, 2, 54.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度Crystal-IDSol-ID化学式
14 M11(NH4)2SO4
22 M11(NH4)H2PO4
32 M11(NH4)HPO4

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.74 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. all: 56287 / Num. obs: 54034 / Num. measured all: 292000 / Rmerge(I) obs: 0.067

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解析

精密化Rfactor Rwork: 0.16 / 最高解像度: 1.74 Å
詳細: THE COORDINATES GIVEN HERE ARE IN THE ORTHOGONAL ANGSTROM SYSTEM STANDARD FOR HEMOGLOBINS. THE Y AXIS IS THE (NON CRYSTALLOGRAPHIC) MOLECULAR DIAD AND THE X AXIS IS THE PSEUDO DIAD WHICH ...詳細: THE COORDINATES GIVEN HERE ARE IN THE ORTHOGONAL ANGSTROM SYSTEM STANDARD FOR HEMOGLOBINS. THE Y AXIS IS THE (NON CRYSTALLOGRAPHIC) MOLECULAR DIAD AND THE X AXIS IS THE PSEUDO DIAD WHICH RELATES THE ALPHA-1 AND BETA-1 CHAINS. THE TRANSFORMATION GIVEN IN THE *MTRIX* RECORDS BELOW WILL GENERATE COORDINATES FOR THE *C* AND *D* CHAINS FROM THE *A* AND *B* CHAINS RESPECTIVELY.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4384 0 174 221 4779
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.16
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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