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- PDB-2hh7: Crystal Structure of Cu(I) bound CsoR from Mycobacterium tuberculosis. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hh7
タイトルCrystal Structure of Cu(I) bound CsoR from Mycobacterium tuberculosis.
要素Hypothetical protein CsoR
キーワードUNKNOWN FUNCTION / 4-helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


copper ion sensor activity / response to silver ion / response to copper ion / DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / copper ion binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Metal-sensitive repressor, helix protomer / Metal-sensitive transcriptional repressor / Metal-sensitive repressor, helix protomer superfamily / Metal-sensitive transcriptional repressor / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (I) ION / Copper-sensing transcriptional repressor CsoR / Copper-sensing transcriptional repressor CsoR
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Sacchettini, J.C. / Ramesh, A.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2007
タイトル: CsoR is a novel Mycobacterium tuberculosis copper-sensing transcriptional regulator.
著者: Liu, T. / Ramesh, A. / Ma, Z. / Ward, S.K. / Zhang, L. / George, G.N. / Talaat, A.M. / Sacchettini, J.C. / Giedroc, D.P.
履歴
登録2006年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein CsoR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8812
ポリマ－12,8181
非ポリマー641
水36020
1
A: Hypothetical protein CsoR
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein CsoR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7624
ポリマ－25,6352
非ポリマー1272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_544x,x-y-1,-z-1/31
Buried area4130 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area9100 Å2
手法PISA
2
A: Hypothetical protein CsoR
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein CsoR
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein CsoR
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein CsoR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5258
ポリマ－51,2714
非ポリマー2544
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation9_554-x,-x+y,-z-1/31
crystal symmetry operation12_544x,x-y-1,-z-1/31
Buried area10750 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area15710 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)91.059, 91.059, 46.779
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
詳細The second part of the biological assembly is generated by the symmetry operation : x, x-y-1, -z-1/3

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein CsoR


分子量: 12817.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P71543, UniProt: P9WP49*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.66 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 30% Peg4000,0.1Msodium citrate tribasic dihydrate, 0.2M ammonium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID10.97927
シンクロトロンALS 8.3.120.97962, 0.97974, 0.95373
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2005年11月27日
ADSC QUANTUM 3152CCD2005年10月28日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979271
20.979621
30.979741
40.953731
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. all: 4011 / Num. obs: 3987 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4.24
反射 シェル最高解像度: 2.55 Å / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
SOLVE位相決定
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.55→20 Å / σ(F): 4.24 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.279 184 random
Rwork0.231 --
all-3989 -
obs-3952 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数658 0 1 20 679
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.267
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011
LS精密化 シェル最高解像度: 2.55 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 184 -
Rwork0.231 --
obs-3989 99.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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