[日本語] English
万見
- PDB-2hh6: Crystal structure of BH3980 (10176605) from BACILLUS HALODURANS a... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hh6
タイトルCrystal structure of BH3980 (10176605) from BACILLUS HALODURANS at 2.04 A resolution
要素BH3980 protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / unknown function / 10176605 / BH3980 / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性Uncharacterised conserved protein UCP029876 / Protein of unknown function (DUF1048) / c-terminal domain of poly(a) binding protein / c-terminal domain of poly(a) binding protein / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / BH3980 protein
機能・相同性情報
生物種Bacillus halodurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of BH3980 (10176605) from BACILLUS HALODURANS at 2.04 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2006年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG: MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG: MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: BH3980 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2611
ポリマ－13,2611
非ポリマー00
水1,40578
1
A: BH3980 protein

A: BH3980 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5222
ポリマ－26,5222
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area2540 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area13040 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)93.540, 93.540, 115.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-137-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 BH3980 protein


分子量: 13261.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア)
遺伝子: 10176605 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K5V7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.43 %
解説: THE STRUCTURE WAS INITIALLY PHASED USING PEAK DATA COLLECTED ON SSRL BEAMLINE 11-1. A LOW RESOLUTION PASS TO FILL IN OVERLOADED REFLECTIONS WAS COLLECTED LATER ON SSRL BEAMLINE 1-5. THE TWO ...解説: THE STRUCTURE WAS INITIALLY PHASED USING PEAK DATA COLLECTED ON SSRL BEAMLINE 11-1. A LOW RESOLUTION PASS TO FILL IN OVERLOADED REFLECTIONS WAS COLLECTED LATER ON SSRL BEAMLINE 1-5. THE TWO SWEEPS WERE MERGED FOR REFINEMENT. ALL DATA WAS COLLECTED AT THE PEAK WAVELENGTH FROM A SELENIUM SAD EXPERIMENT. THE PEAK WAVELENGTH ON EACH BEAMLINE WAS SELECTED USING CHOOCH FROM AN X-RAY FLUORESCENCE SCAN COLLECTED ON THAT BEAMLINE. THE STATISTICS DESCRIBED ABOVE ARE FOR THE MERGED DATA.
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 8.5
詳細: 2.0M (NH4)2SO4, 0.1M TRIS pH 8.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL1-510.979075
シンクロトロンSSRL BL11-120.979075
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 3151CCD2006年5月26日1m long Rh coated bent cylindrical mirror forhorizontal and vertical focussing
ADSC Q3152CCD2006年4月9日Flat mirror (vertical focusing)
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double-crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.979075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→46.984 Å / Num. obs: 19622 / % possible obs: 98.1 % / Biso Wilson estimate: 40.266 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 12.24
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.04-2.110.8932.22409132961,295.3
2.11-2.20.67332838137281,297.5
2.2-2.30.5893.42655534941,297.9
2.3-2.420.4634.32671034991,298.1
2.42-2.570.3645.42651434651,297.7
2.57-2.770.2397.72719335661,298.4
2.77-3.040.156112651134651,298.6
3.04-3.480.07819.82747036071,299.7
3.48-46.980.05292715336071,299.8

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
REFMAC5.2.0005精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.04→46.984 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 7.403 / SU ML: 0.102 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.114
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 1) ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 2) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 3) A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 1) ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 2) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 3) A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4) ELECTRON DENSITY MAPS INDICATE THAT SEVERAL SIDECHAINS INCLUDING TRP 17 AND TRP 43 ARE DISORDERED. 5) UNEXPLAINED DIFFERENCE ELECTRON DENSITIES WERE OBSERVED AT SEVERAL LOCATIONS AND COULD NOT BE RELIABLY MODELED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 999 5.1 %RANDOM
Rwork0.224 ---
all0.225 ---
obs0.22491 19577 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.351 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→46.984 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数888 0 0 78 966
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.022936
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02826
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0531.9321267
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7231924
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.795119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.29724.77344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.01715170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2130
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021053
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02194
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.2229
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.170.2794
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1890.2477
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.2523
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2090.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.350.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.20.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.070.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1263605
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4163237
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7635904
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0718425
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.44611359
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.093 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 78 -
Rwork0.34 1343 -
obs-1421 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5962-0.85011.02364.0293-1.12020.7488-0.01750.0448-0.09120.37190.01470.04280.01330.26660.00280.21170.07380.00870.1629-0.0128-0.182624.98419.510.788
21.23721.08192.02541.65562.52066.38760.06-0.0360.14660.1563-0.13450.1649-0.40180.02990.07450.1898-0.0059-0.00750.138-0.0289-0.161918.77331.9355.011
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111 - 422 - 43
2243 - 11244 - 113

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る