PDB-2hh1: Reaction centre from Rhodobacter sphaeroides strain R-26.1 comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hh1

タイトル

Reaction centre from Rhodobacter sphaeroides strain R-26.1 complexed with dibrominated phosphatidylcholine

要素

(Reaction center protein ...) x 3

キーワード

PHOTOSYNTHESIS/MEMBRANE PROTEIN / PHOTOSYNTHESIS / PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER / LIPID BINDING SITES / BROMINATED LIPID / MEMBRANE PROTEIN / PHOTOSYNTHESIS-MEMBRANE PROTEIN COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Roszak, A.W. / Gardiner, A.T. / Isaacs, N.W. / Cogdell, R.J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Brominated Lipids Identify Lipid Binding Sites on the Surface of the Reaction Center from Rhodobacter sphaeroides.
著者: Roszak, A.W. / Gardiner, A.T. / Isaacs, N.W. / Cogdell, R.J.

履歴

登録	2006年6月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2018年1月31日	Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details
改定 1.4	2018年2月28日	Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.5	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hh1.cif.gz	222 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hh1.ent.gz	169.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hh1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2hh1_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2hh1_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	2hh1_validation.xml.gz	48 KB	表示
CIF形式データ	2hh1_validation.cif.gz	64 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/2hh1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/2hh1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2hg3C 2hg9C 2hhkC 2hitC 2hj6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1aig-1 4lwy-d 1rzz-1 1ry5-d 2uxk-d 2hit-d 2uwu-d 4in7-d 2hj6-d 2uxj-d 1rzh-d 1pst-d 1rgn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (14) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (4) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (4) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Reaction center protein L chain

M: Reaction center protein M chain

H: Reaction center protein H chain

ヘテロ分子

107 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.543, 139.543, 183.965
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

-
Reaction center protein ... , 3種, 3分子 LMH

#1: タンパク質	Reaction center protein L chain / Photosynthetic reaction center L subunit 分子量: 31346.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然詳細: Strain R-26.1 of Rhodobacter sphaeroides bacteria is a partial revertant of the R-26 chemical mutant of the wild-type strain 2.4.1. While R-26 has no LH2 antenna and no carotenoid, the R-26.1 ...詳細: Strain R-26.1 of Rhodobacter sphaeroides bacteria is a partial revertant of the R-26 chemical mutant of the wild-type strain 2.4.1. While R-26 has no LH2 antenna and no carotenoid, the R-26.1 has altered LH2 antenna and no carotenoid. Reaction center from R-26.1 strain is therefore identical with the wild-type strain 2.4.1 except for the missing carotenoid. 由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株: R26.1 / 参照: UniProt: P0C0Y8
#2: タンパク質	Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center M subunit 分子量: 34398.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然詳細: Strain R-26.1 of Rhodobacter sphaeroides bacteria is a partial revertant of the R-26 chemical mutant of the wild-type strain 2.4.1. While R-26 has no LH2 antenna and no carotenoid, the R-26.1 ...詳細: Strain R-26.1 of Rhodobacter sphaeroides bacteria is a partial revertant of the R-26 chemical mutant of the wild-type strain 2.4.1. While R-26 has no LH2 antenna and no carotenoid, the R-26.1 has altered LH2 antenna and no carotenoid. Reaction center from R-26.1 strain is therefore identical with the wild-type strain 2.4.1 except for the missing carotenoid. 由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株: R26.1 / 参照: UniProt: P0C0Y9
#3: タンパク質	Reaction center protein H chain / Photosynthetic reaction center H subunit 分子量: 28066.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然詳細: Strain R-26.1 of Rhodobacter sphaeroides bacteria is a partial revertant of the R-26 chemical mutant of the wild-type strain 2.4.1. While R-26 has no LH2 antenna and no carotenoid, the R-26.1 ...詳細: Strain R-26.1 of Rhodobacter sphaeroides bacteria is a partial revertant of the R-26 chemical mutant of the wild-type strain 2.4.1. While R-26 has no LH2 antenna and no carotenoid, the R-26.1 has altered LH2 antenna and no carotenoid. Reaction center from R-26.1 strain is therefore identical with the wild-type strain 2.4.1 except for the missing carotenoid. 由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株: R26.1 / 参照: UniProt: P0C0Y7

-
非ポリマー , 13種, 506分子

#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 化合物	ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A 分子量: 911.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₇₄MgN₄O₆
#6: 化合物	ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン分子量: 889.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₇₆N₄O₆
#7: 化合物	ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略) 分子量: 863.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₉H₉₀O₄
#8: 化合物	ChemComp-PC9 / (7R,14S)-14,15-DIBROMO-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE / 6,7-DIBROMO-PHOSPHATIDYLCHOLINE 分子量: 920.892 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₂H₈₃Br₂NO₈P / コメント: リン脂質*YM
#9: 化合物	ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド分子量: 229.402 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₁NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#11: 化合物	ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL 分子量: 1464.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈₁H₁₅₆O₁₇P₂ / コメント: リン脂質*YM
#12: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#13: 化合物	ChemComp-HTO / HEPTANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 148.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₆O₃
#14: 化合物	ChemComp-PC7 / (7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE / PHOSPHATIDYLCHOLINE / 1-PALMITOYL-2-STEAROYL-PC 分子量: 763.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₂H₈₅NO₈P / コメント: リン脂質*YM
#15: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#16: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 77.67 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: Potassium phosphate, LDAO, 1,2,3-heptanetriol, 1,2,3-hexanetriol, dioxane, NaCl, Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 16.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.91929 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月18日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) channel / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91929 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→46.03 Å / Num. obs: 67857 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15.9 % / B_iso Wilson estimate: 54.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 22.6
反射シェル	解像度: 2.55→2.69 Å / 冗長度: 16.1 % / R_merge(I) obs: 0.538 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique all: 9812 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Unpublished structure of reaction centre at 1.95A resolution

解像度: 2.55→46.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / SU B: 10.583 / SU ML: 0.108 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL
Isotropic thermal model: TLS thermal mode followed by the restrained refinement of atomic coordinates and isotropic B-factors; all details in the pdb-file
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.227 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; the above average isotropic B value is an average residual B after TLS refinement while the final average atomic B is 52.6

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20984	3362	4.9 %	RANDOM
R_work	0.17824	-	-	-
all	0.17986	67963	-	-
obs	0.17986	64601	99.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.284 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.72 Å²	0.36 Å²	0 Å²
2-	-	0.72 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→46.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6499	0	855	477	7831

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	7705
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5310
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.758	2.055	10504
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.248	3.003	12703
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.088	5	833
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.082	22.671	292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.826	15	1007
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.659	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	8101
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1587
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	1765
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.2	5525
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.198	0.2	3632
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.091	0.2	3476
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	503
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.053	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.102	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.11	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.286	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.178	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.727	1.5	4126
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.182	1.5	1705
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.309	2	6607
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.224	3	3634
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.159	4.5	3893
X-RAY DIFFRACTION	Cruickshank estimated coordinate error	0.227
X-RAY DIFFRACTION	Maximum Likelihood estimated coordinate error	0.108

LS精密化シェル

解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.207	250	-
R_work	0.169	4715	-
obs	-	4715	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 56.1051 Å / Origin y: 60.7275 Å / Origin z: 64.8981 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.3066 Å²	0.0759 Å²	0.0174 Å²	-	-0.0146 Å²	0.0102 Å²	-	-	-0.2041 Å²
L	1.4529 °²	0.6985 °²	-0.7011 °²	-	1.3647 °²	-0.558 °²	-	-	1.3324 °²
S	-0.0605 Å °	0.1443 Å °	0.046 Å °	-0.0661 Å °	0.0956 Å °	-0.0505 Å °	-0.0596 Å °	-0.1105 Å °	-0.0351 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	L	1 - 281
2	X-RAY DIFFRACTION	1	M	1 - 302
3	X-RAY DIFFRACTION	1	H	8 - 251
4	X-RAY DIFFRACTION	1	M	311 - 313
5	X-RAY DIFFRACTION	1	L	312 - 314
6	X-RAY DIFFRACTION	1	M	401
7	X-RAY DIFFRACTION	1	L	402
8	X-RAY DIFFRACTION	1	M	500
9	X-RAY DIFFRACTION	1	M	501
10	X-RAY DIFFRACTION	1	L	502
11	X-RAY DIFFRACTION	1	H	700 - 709
12	X-RAY DIFFRACTION	1	M	701 - 704
13	X-RAY DIFFRACTION	1	L	703
14	X-RAY DIFFRACTION	1	H	801
15	X-RAY DIFFRACTION	1	M	800
16	X-RAY DIFFRACTION	1	L	802
17	X-RAY DIFFRACTION	1	H	901 - 905
18	X-RAY DIFFRACTION	1	M	907 - 920
19	X-RAY DIFFRACTION	1	L	902 - 906
20	X-RAY DIFFRACTION	1	H	1001 - 1476
21	X-RAY DIFFRACTION	1	M	1004 - 1468
22	X-RAY DIFFRACTION	1	L	1002 - 1477

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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