PDB-2hgv: N-terminal GAF domain of transcriptional pleiotropic repressor CodY

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hgv

タイトル

N-terminal GAF domain of transcriptional pleiotropic repressor CodY

要素

GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor codY

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / CodY / DNA-binding / Nucleotide-binding / Repressor / Transcription regulation / GAF domain / Branched chain amino acid binding

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Wilkinson, A.J. / Levdikov, V.M. / Blagova, E.V.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: The Structure of CodY, a GTP- and Isoleucine-responsive Regulator of Stationary Phase and Virulence in Gram-positive Bacteria
著者: Levdikov, V.M. / Blagova, E. / Joseph, P. / Sonenshein, A.L. / Wilkinson, A.J.

履歴

登録	2006年6月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.5	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hgv.cif.gz	79.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hgv.ent.gz	60.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hgv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/2hgv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/2hgv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2b0lC 2b18SC 2gx5C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2b18-1 5o0k-1 2arc-d 5o0q-2 5o0k-2 1jpn-1 5o0q-1 6u33-d 4r6j-3 1jpj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (1) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor codY

ヘテロ分子

18.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor codY

ヘテロ分子

A: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor codY

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.690, 84.846, 54.929
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-327- HOH
2	1	A-328- HOH

#1: タンパク質	GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor codY / Vegetative protein 286B / VEG286B 分子量: 18831.396 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain, residues 1-154 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: codY / プラスミド: pET-YSBLIC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P39779
#2: 化合物	ChemComp-VAL / VALINE / バリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 117.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₁NO₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.68 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG 5000, calcium acetate, valine, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月25日
放射	モノクロメーター: Silicon (1 1 1) channel-cut / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 7646 / Num. obs: 7646 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.361 / Num. unique all: 672 / % possible all: 92.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2B18

2b18

解像度: 2.3→27.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 14.285 / SU ML: 0.158 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24418	350	4.6 %	RANDOM
R_work	0.16427	-	-	-
all	0.16804	7231	-	-
obs	0.16804	7231	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.09 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→27.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1236	0	8	131	1375

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	1260
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.408	1.985	1703
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.819	3	2752
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.821	5	158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.5	25.323	62
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.735	15	238
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.204	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	198
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1399
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	238
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	265
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.2	1209
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	623
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	706
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.221	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.249	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.251	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.83	4	965
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.858	4	323
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.701	6	1266
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.738	8	524
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.367	10	435
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.677	3	2786
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	4.256	3	131
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	1.901	3	2426

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.227	14	-
R_work	0.168	479	-
obs	-	479	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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