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- PDB-2hg3: Reaction centre from Rhodobacter sphaeroides strain R-26.1 comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hg3
タイトルReaction centre from Rhodobacter sphaeroides strain R-26.1 complexed with brominated phosphatidylcholine
要素(Reaction center protein ...) x 3
キーワードPHOTOSYNTHESIS/MEMBRANE PROTEIN / PHOTOSYNTHESIS / PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER / LIPID BINDING SITES / BROMINATED LIPIDS / MEMBRANE PROTEIN / PHOTOSYNTHESIS-MEMBRANE PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / photosynthetic electron transport in photosystem II / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal ...Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / CARDIOLIPIN / : / HEPTANE-1,2,3-TRIOL / : / Chem-PC9 / PHOSPHATE ION / UBIQUINONE-10 / Reaction center protein H chain ...BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / CARDIOLIPIN / : / HEPTANE-1,2,3-TRIOL / : / Chem-PC9 / PHOSPHATE ION / UBIQUINONE-10 / Reaction center protein H chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Roszak, A.W. / Gardiner, A.T. / Isaacs, N.W. / Cogdell, R.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Brominated Lipids Identify Lipid Binding Sites on the Surface of the Reaction Center from Rhodobacter sphaeroides.
著者: Roszak, A.W. / Gardiner, A.T. / Isaacs, N.W. / Cogdell, R.J.
履歴
登録2006年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details
改定 1.42018年2月28日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Reaction center protein L chain
M: Reaction center protein M chain
H: Reaction center protein H chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,55435
ポリマ－93,8113
非ポリマー13,74232
水8,143452
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area41800 Å2
ΔGint-227 kcal/mol
Surface area28820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.844, 139.844, 184.335
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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Reaction center protein ... , 3種, 3分子 LMH

#1: タンパク質 Reaction center protein L chain / Photosynthetic reaction center L subunit


分子量: 31346.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Strain R-26.1 of Rhodobacter sphaeroides bacteria is a partial revertant of the R-26 chemical mutant of the wild-type strain 2.4.1. While R-26 has no LH2 antenna and no carotenoid, the R-26.1 ...詳細: Strain R-26.1 of Rhodobacter sphaeroides bacteria is a partial revertant of the R-26 chemical mutant of the wild-type strain 2.4.1. While R-26 has no LH2 antenna and no carotenoid, the R-26.1 has altered LH2 antenna and no carotenoid. Reaction center from R-26.1 strain is therefore identical with the wild-type strain 2.4.1 except for the missing carotenoid.
由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株: R26.1 / 参照: UniProt: P0C0Y8
#2: タンパク質 Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center M subunit


分子量: 34398.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Strain R-26.1 of Rhodobacter sphaeroides bacteria is a partial revertant of the R-26 chemical mutant of the wild-type strain 2.4.1. While R-26 has no LH2 antenna and no carotenoid, the R-26.1 ...詳細: Strain R-26.1 of Rhodobacter sphaeroides bacteria is a partial revertant of the R-26 chemical mutant of the wild-type strain 2.4.1. While R-26 has no LH2 antenna and no carotenoid, the R-26.1 has altered LH2 antenna and no carotenoid. Reaction center from R-26.1 strain is therefore identical with the wild-type strain 2.4.1 except for the missing carotenoid.
由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株: R26.1 / 参照: UniProt: P0C0Y9
#3: タンパク質 Reaction center protein H chain / Photosynthetic reaction center H subunit


分子量: 28066.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Strain R-26.1 of Rhodobacter sphaeroides bacteria is a partial revertant of the R-26 chemical mutant of the wild-type strain 2.4.1. While R-26 has no LH2 antenna and no carotenoid, the R-26.1 ...詳細: Strain R-26.1 of Rhodobacter sphaeroides bacteria is a partial revertant of the R-26 chemical mutant of the wild-type strain 2.4.1. While R-26 has no LH2 antenna and no carotenoid, the R-26.1 has altered LH2 antenna and no carotenoid. Reaction center from R-26.1 strain is therefore identical with the wild-type strain 2.4.1 except for the missing carotenoid.
由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株: R26.1 / 参照: UniProt: P0C0Y7

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非ポリマー , 12種, 484分子

#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6
#6: 化合物 ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン


分子量: 889.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H76N4O6
#7: 化合物 ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)


分子量: 863.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4
#8: 化合物 ChemComp-HTO / HEPTANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 148.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16O3
#9: 化合物
ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#10: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#11: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#12: 化合物 ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#13: 化合物 ChemComp-PC9 / (7R,14S)-14,15-DIBROMO-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE / 6,7-DIBROMO-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 920.892 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H83Br2NO8P / コメント: リン脂質*YM
#14: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#15: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.81 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Potassium phosphate, LDAO, 1,2,3-heptanetriol, dioxane, Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 16.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月17日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→34.36 Å / Num. obs: 57840 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 57.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.629 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 8353 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Unpublished structure of reaction centre at 1.95A resolution

解像度: 2.7→34.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 14.697 / SU ML: 0.137 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL
Isotropic thermal model: TLS thermal mode followed by the restrained refinement of atomic coordinates and isotropic B-factors; all details in the pdb-file
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.265 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Hydrogens have been added in the riding positions; the above average isotropic B value is an average residual B after TLS refinement while the final average atomic B is 53.5
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19944 2852 5 %RANDOM
Rwork0.16444 ---
all0.16624 57529 --
obs0.16624 54677 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.887 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20.15 Å20 Å2
2--0.3 Å20 Å2
3----0.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→34.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6468 0 895 452 7815
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0227725
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025346
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8562.05910520
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.253.00312803
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1755827
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.67122.637292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.748151012
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3821533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.21035
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.028057
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021583
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.21756
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2020.25438
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.20.23660
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.23559
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2451
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0450.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2240.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2650.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2180.219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6741.54100
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1481.51694
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.25326570
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.20533680
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2744.53946
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 187 -
Rwork0.216 3993 -
obs-3993 99.79 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 56.3583 Å / Origin y: 60.8711 Å / Origin z: 64.9591 Å
111213212223313233
T-0.2543 Å20.0914 Å20.0493 Å2--0.0426 Å20.0223 Å2---0.2017 Å2
L1.537 °20.5663 °2-0.5686 °2-1.1653 °2-0.4178 °2--1.0601 °2
S-0.0109 Å °0.0418 Å °0.0289 Å °-0.0839 Å °0.0557 Å °-0.0634 Å °-0.0679 Å °-0.0892 Å °-0.0448 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L1 - 281
2X-RAY DIFFRACTION1M1 - 301
3X-RAY DIFFRACTION1H11 - 250
4X-RAY DIFFRACTION1M311 - 313
5X-RAY DIFFRACTION1L312 - 314
6X-RAY DIFFRACTION1M401
7X-RAY DIFFRACTION1L402
8X-RAY DIFFRACTION1M500
9X-RAY DIFFRACTION1M501
10X-RAY DIFFRACTION1L502
11X-RAY DIFFRACTION1H700 - 709
12X-RAY DIFFRACTION1M703 - 704
13X-RAY DIFFRACTION1L701 - 708
14X-RAY DIFFRACTION1M800 - 802
15X-RAY DIFFRACTION1H901 - 904
16X-RAY DIFFRACTION1M907 - 920
17X-RAY DIFFRACTION1L905 - 909
18X-RAY DIFFRACTION1H1001 - 1452
19X-RAY DIFFRACTION1M1004 - 1451
20X-RAY DIFFRACTION1L1002 - 1444

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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