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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hft | |||||||||
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タイトル | THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE EXTRACELLULAR DOMAIN OF HUMAN TISSUE FACTOR AT 1.7 ANGSTROMS RESOLUTION | |||||||||
![]() | HUMAN TISSUE FACTOR | |||||||||
![]() | COAGULATION FACTOR | |||||||||
機能・相同性 | ![]() activation of blood coagulation via clotting cascade / activation of plasma proteins involved in acute inflammatory response / serine-type peptidase complex / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / NGF-stimulated transcription / positive regulation of positive chemotaxis / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / cytokine receptor activity / positive regulation of TOR signaling / positive regulation of endothelial cell proliferation ...activation of blood coagulation via clotting cascade / activation of plasma proteins involved in acute inflammatory response / serine-type peptidase complex / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / NGF-stimulated transcription / positive regulation of positive chemotaxis / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / cytokine receptor activity / positive regulation of TOR signaling / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of interleukin-8 production / protein processing / phospholipid binding / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of angiogenesis / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / blood coagulation / collagen-containing extracellular matrix / protease binding / positive regulation of cell migration / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / cell surface / extracellular space / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Muller, Y.A. / De Vos, A.M. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of the extracellular domain of human tissue factor refined to 1.7 A resolution. 著者: Muller, Y.A. / Ultsch, M.H. / de Vos, A.M. #1: ![]() タイトル: Analysis of the Factor Viia Binding Site on Human Tissue Factor: Effects of Tissue Factor Mutations on the Kinetics and Thermodynamics of Binding 著者: Kelley, R.F. / Costas, K.E. / O'Connell, E.M. / Lazarus, R.A. #2: ![]() タイトル: Structure of the Extracellular Domain of Human Tissue Factor: Location of the Factor Viia Binding Site 著者: Muller, Y.A. / Ultsch, M.H. / Kelley, R.F. / De Vos, A.M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 55.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 43.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 429.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 431.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 27 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24697.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | THE FACTOR VII BINDING SITE WAS IDENTIFIED BY ALA-SCANNING MUTAGENESIS (KELLEY ET AL., 1995; SEE ...THE FACTOR VII BINDING SITE WAS IDENTIFIED |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.44 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 49 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 100 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: drop contains 0.05 ml of protein solution and 0.01 ml of reservoir solution | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 波長: 0.908 Å |
検出器 | タイプ: FUJI FILM / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.908 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.69→6 Å / Num. obs: 24199 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.058 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.058 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.69→6 Å / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 27.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.69→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ/X-PLOR / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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