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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hdo | ||||||
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タイトル | Crystal structure of putative phosphoglycolate phosphatase (np_784602.1) from Lactobacillus plantarum at 1.50 A resolution | ||||||
![]() | Phosphoglycolate phosphatase | ||||||
![]() | HYDROLASE / np_784602.1 / putative phosphoglycolate phosphatase / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics / JCSG | ||||||
機能・相同性 | ![]() phosphoglycolate phosphatase / phosphoglycolate phosphatase activity / inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of putative phosphoglycolate phosphatase (np_784602.1) from Lactobacillus plantarum at 1.50 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 56.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 43.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 424.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 424.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23835.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: np_784602.1, gph1 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q88YA8, UniProt: F9UM81*PLUS, phosphoglycolate phosphatase | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.09 % |
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結晶化 | 温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 4.2 詳細: 0.4M KH2PO3, 1.6M NaH2PO3, 0.1M Phosphate Citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月7日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing) プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.5→29.424 Å / Num. obs: 32658 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 8.784 % / Biso Wilson estimate: 22.126 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 7.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3.DUE TO SEVERAL STRONG ICE RINGS, 1316 REFLECTIONS WITH INTENSITIES >=15 * (EXPECTED MEAN INTENSITY) BETWEEN 1.516-1.533, 1.890-1.930, 2.025-2.080, 2.210-2.289 ANGSTROMS WERE OMITTED FROM THE FINAL REFINEMENT. 4.TWO PHOSPHATE IONS FROM CRYSTALLIZATION BUFFER WERE MODELED.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.763 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.424 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.504→1.543 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 24.3027 Å / Origin y: 21.9784 Å / Origin z: 22.2181 Å
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精密化 TLSグループ | Selection: ALL |